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- PDB-8alu: Crystal structure of the teichoic acid binding domain of SlpA, S-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8alu
タイトルCrystal structure of the teichoic acid binding domain of SlpA, S-layer protein from Lactobacillus acidophilus (aa. 314-444)
要素S-layer protein
キーワードCELL ADHESION / s-layer / surface layer / cell wall binding / teichoic acids
機能・相同性Lactobacillus surface layer protein / Surface layer protein A domain / Surface layer protein A domain / structural constituent of cell wall / S-layer / peptidoglycan-based cell wall / extracellular region / PHOSPHATE ION / S-layer protein
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Eder, M. / Dordic, A. / Sagmeister, T. / Vejzovic, D. / Pavkov-Keller, T.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP29432 オーストリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: The molecular architecture of Lactobacillus S-layer: Assembly and attachment to teichoic acids.
著者: Sagmeister, T. / Gubensak, N. / Buhlheller, C. / Grininger, C. / Eder, M. / Ðordic, A. / Millan, C. / Medina, A. / Murcia, P.A.S. / Berni, F. / Hynonen, U. / Vejzovic, D. / Damisch, E. / ...著者: Sagmeister, T. / Gubensak, N. / Buhlheller, C. / Grininger, C. / Eder, M. / Ðordic, A. / Millan, C. / Medina, A. / Murcia, P.A.S. / Berni, F. / Hynonen, U. / Vejzovic, D. / Damisch, E. / Kulminskaya, N. / Petrowitsch, L. / Oberer, M. / Palva, A. / Malanovic, N. / Codee, J. / Keller, W. / Uson, I. / Pavkov-Keller, T.
履歴
登録2022年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0183
ポリマ－14,8281
非ポリマー1902
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area420 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area7720 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)80.430, 27.050, 61.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.046, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-636-

HOH

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要素

#1: タンパク質 S-layer protein


分子量: 14827.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
遺伝子: CXB72_00965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A809K9V2
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Index screen condition #80 (0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25 % PEG 3350) with a protein stock solution of 20 mg/mL in 20 mM ADA pH 6.5 and 100 mM NaCl.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→40.21 Å / Num. obs: 12330 / % possible obs: 84.51 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 35.99 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 15.46
反射 シェル解像度: 2.09→2.17 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique obs: 340 / CC1/2: 0.751 / Rpim(I) all: 0.418 / Rrim(I) all: 0.7 / % possible all: 44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
autoPROCdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QEH

7qeh


解像度: 2.09→40.21 Å / SU ML: 0.3115 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.6413
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2597 1228 9.96 %
Rwork0.2079 11102 -
obs0.2133 12330 80.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→40.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1045 0 10 45 1100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00171071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.39751444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0449159
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0014178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.2878640
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.180.3721610.3286605X-RAY DIFFRACTION39.22
2.18-2.280.3839850.3045796X-RAY DIFFRACTION51.4
2.28-2.40.29911150.26391066X-RAY DIFFRACTION69.68
2.4-2.550.31051650.261418X-RAY DIFFRACTION92.84
2.55-2.740.28761700.28181437X-RAY DIFFRACTION94.03
2.74-3.020.29781630.23831485X-RAY DIFFRACTION94.17
3.02-3.460.28531510.20971433X-RAY DIFFRACTION95.08
3.46-4.350.22341680.17731459X-RAY DIFFRACTION94.98
4.35-40.210.21651500.15961403X-RAY DIFFRACTION91.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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