PDB-7qfg: Crystal structure of S-layer protein SlpA from Lactobacillus acid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qfg

タイトル

Crystal structure of S-layer protein SlpA from Lactobacillus acidophilus, domain III (aa 309-444)

要素

S-layer protein

キーワード

CELL ADHESION / Surface Layer protein / SlpA / Lactobacillus acidophilus / Cell-wall binding / LTA binding

機能・相同性

Lactobacillus surface layer protein / Surface layer protein A domain / Surface layer protein A domain / structural constituent of cell wall / S-layer / peptidoglycan-based cell wall / extracellular region / S-layer protein

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Sagmeister, T. / Eder, M. / Pavkov-Keller, T.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: The molecular architecture of Lactobacillus S-layer: Assembly and attachment to teichoic acids.
著者: Sagmeister, T. / Gubensak, N. / Buhlheller, C. / Grininger, C. / Eder, M. / Ðordic, A. / Millan, C. / Medina, A. / Murcia, P.A.S. / Berni, F. / Hynonen, U. / Vejzovic, D. / Damisch, E. / ...

履歴

登録	2021年12月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qfg.cif.gz	74.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qfg.ent.gz	52.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qfg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qfg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qfg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qecC 7qehSC 7qfiC 7qfjC 7qfkC 7qflC 7qldC 7qleC 7qlhC 8aluC 8aolC 8bt9C 8q1oC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-layer protein

ヘテロ分子

17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.628, 43.943, 42.488
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.824, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	S-layer protein 分子量: 16632.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus acidophilus (乳酸菌) 遺伝子: CXB72_00965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A809K9V2
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.51 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein stock solution of 20 mg/mL in 20 mM Hepes pH 8 and 100 mM NaCl; Index screen condition A9 (0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 3.0 M Sodium chloride) with protein end concentration of 10 mg/mL ...詳細: Protein stock solution of 20 mg/mL in 20 mM Hepes pH 8 and 100 mM NaCl; Index screen condition A9 (0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 3.0 M Sodium chloride) with protein end concentration of 10 mg/mL corresponding to 50% of protein solution in the 1.0 uL drop

結晶

マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.51 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein stock solution of 20 mg/mL in 20 mM Hepes pH 8 and 100 mM NaCl; Index screen condition A9 (0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 3.0 M Sodium chloride) with protein end concentration of 10 mg/mL ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.2543 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2543 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→41.99 Å / Num. obs: 22102 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Num. unique obs: 2193 / CC_1/2: 0.951 / R_pim(I) all: 0.141 / R_rim(I) all: 0.206

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7QEH

7qeh

解像度: 1.65→41.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 1.315 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1836	1143	5.172 %
R_work	0.1585	20958	-
all	0.16	-	-
obs	-	22101	99.321 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.567 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.134 Å²	-0 Å²	-0.092 Å²
2-	-	0.609 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.682 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→41.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1081	0	18	197	1296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.908	1.67	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.457	1.599	2497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.026	5	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.61	22.222	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.856	15	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.205	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	263
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	963
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	614
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.151	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.16	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.54	1.385	548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.49	1.38	547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.279	2.071	685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.284	2.075	686
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.119	1.742	573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.116	1.743	574
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.855	2.454	828
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.852	2.455	829
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.84	17.115	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.608	16.548	1195

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.693	0.196	93	0.162	1532	X-RAY DIFFRACTION	99.267
1.693-1.739	0.236	75	0.163	1491	X-RAY DIFFRACTION	99.7452
1.739-1.79	0.186	75	0.154	1482	X-RAY DIFFRACTION	99.7438
1.79-1.845	0.201	73	0.162	1432	X-RAY DIFFRACTION	99.4055
1.845-1.905	0.185	74	0.159	1369	X-RAY DIFFRACTION	99.5172
1.905-1.972	0.199	86	0.161	1318	X-RAY DIFFRACTION	99.9288
1.972-2.046	0.181	64	0.149	1293	X-RAY DIFFRACTION	99.7794
2.046-2.129	0.184	60	0.142	1248	X-RAY DIFFRACTION	99.2413
2.129-2.224	0.178	66	0.154	1174	X-RAY DIFFRACTION	99.5185
2.224-2.332	0.192	61	0.148	1139	X-RAY DIFFRACTION	99.2556
2.332-2.458	0.165	58	0.151	1093	X-RAY DIFFRACTION	99.3097
2.458-2.607	0.223	52	0.171	1024	X-RAY DIFFRACTION	99.6296
2.607-2.786	0.169	55	0.175	972	X-RAY DIFFRACTION	99.2271
2.786-3.009	0.208	50	0.178	885	X-RAY DIFFRACTION	99.1516
3.009-3.295	0.171	41	0.164	830	X-RAY DIFFRACTION	98.307
3.295-3.681	0.163	40	0.144	750	X-RAY DIFFRACTION	98.75
3.681-4.247	0.182	36	0.137	669	X-RAY DIFFRACTION	98.4637
4.247-5.192	0.113	40	0.14	552	X-RAY DIFFRACTION	98.5025
5.192-7.303	0.216	32	0.18	439	X-RAY DIFFRACTION	98.3299

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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