PDB-7qfl: Crystal structure of S-layer protein SlpA from Lactobacillus acid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qfl

タイトル

Crystal structure of S-layer protein SlpA from Lactobacillus acidophilus, domain II (aa 199-308)

要素

S-layer protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / s-layer / surface layer / bacterial / lactobacillus acidophilus / SlpA / self-assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of cell wall / S-layer / peptidoglycan-based cell wall
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Sagmeister, T. / Dordic, A. / Eder, E. / Pavkov-Keller, T.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: The molecular architecture of Lactobacillus S-layer: Assembly and attachment to teichoic acids.
著者: Sagmeister, T. / Gubensak, N. / Buhlheller, C. / Grininger, C. / Eder, M. / Ðordic, A. / Millan, C. / Medina, A. / Murcia, P.A.S. / Berni, F. / Hynonen, U. / Vejzovic, D. / Damisch, E. / ...

履歴

登録	2021年12月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qfl.cif.gz	56.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qfl.ent.gz	38.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qfl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qfl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qfl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qecSC 7qehC 7qfgC 7qfiC 7qfjC 7qfkC 7qldC 7qleC 7qlhC 8aluC 8aolC 8bt9C 8q1oC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-layer protein

ヘテロ分子

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.851, 55.851, 63.732
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-576- HOH

#1: タンパク質	S-layer protein / Surface layer protein / SA-protein 分子量: 14158.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus acidophilus (乳酸菌) 遺伝子: slpA, LBA0169 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35829
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: protein stock solution of 18.5 mg/mL in 20 mM Hepes pH 8 and 100 mM NaCl; JCSG+ screen condition 1-1 (0.18 M lithium sulfate, 90 mM sodium acetate pH 4.5 and 45 % w/v PEG 400) with protein ...詳細: protein stock solution of 18.5 mg/mL in 20 mM Hepes pH 8 and 100 mM NaCl; JCSG+ screen condition 1-1 (0.18 M lithium sulfate, 90 mM sodium acetate pH 4.5 and 45 % w/v PEG 400) with protein end concentration of 12.3 mg/mL corresponding to 66.67 % of protein solution in the 1.5 uL drop.

結晶

マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.38 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: protein stock solution of 18.5 mg/mL in 20 mM Hepes pH 8 and 100 mM NaCl; JCSG+ screen condition 1-1 (0.18 M lithium sulfate, 90 mM sodium acetate pH 4.5 and 45 % w/v PEG 400) with protein ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→48.37 Å / Num. obs: 23163 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 21345 / CC_1/2: 0.821 / R_pim(I) all: 0.427 / R_rim(I) all: 0.953

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7QEC

7qec

解像度: 1.4→48.368 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 0.836 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1981	1177	5.088 %
R_work	0.1702	21956	-
all	0.172	-	-
obs	-	23133	99.97 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.088 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.361 Å²	-0.181 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.361 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.171 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→48.368 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	765	0	9	85	859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	811
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.032	1.643	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.547	1.587	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.325	5	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.481	26	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.405	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.184	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	959
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	183
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	635
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.273	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.725	1.724	426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.643	1.72	424
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.468	2.578	533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.472	2.579	534
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.554	2.118	385
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.554	2.119	386
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.008	3.034	580
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.004	3.035	581
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.608	21.74	827
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.468	21.345	814

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.226	85	0.246	1603	0.246	1691	0.887	0.901	99.8226	0.217
1.436-1.476	0.255	97	0.218	1525	0.22	1622	0.896	0.915	100	0.192
1.476-1.518	0.23	98	0.193	1508	0.196	1607	0.921	0.935	99.9378	0.164
1.518-1.565	0.211	69	0.171	1483	0.173	1552	0.949	0.947	100	0.145
1.565-1.616	0.17	61	0.158	1436	0.158	1497	0.963	0.961	100	0.138
1.616-1.673	0.175	69	0.166	1400	0.167	1469	0.958	0.961	100	0.146
1.673-1.736	0.197	88	0.158	1330	0.16	1418	0.959	0.962	100	0.141
1.736-1.807	0.173	53	0.147	1306	0.148	1359	0.95	0.965	100	0.137
1.807-1.887	0.207	52	0.154	1243	0.156	1296	0.95	0.961	99.9228	0.147
1.887-1.979	0.19	75	0.155	1172	0.157	1247	0.953	0.965	100	0.154
1.979-2.086	0.182	62	0.157	1128	0.158	1190	0.958	0.969	100	0.159
2.086-2.212	0.206	57	0.161	1084	0.163	1141	0.952	0.964	100	0.168
2.212-2.365	0.176	72	0.149	1003	0.15	1075	0.957	0.969	100	0.16
2.365-2.554	0.181	65	0.155	923	0.157	988	0.961	0.965	100	0.169
2.554-2.796	0.214	34	0.161	889	0.163	923	0.936	0.957	100	0.179
2.796-3.125	0.183	29	0.167	809	0.167	838	0.961	0.965	100	0.19
3.125-3.606	0.177	35	0.17	711	0.17	746	0.965	0.968	100	0.195
3.606-4.411	0.135	31	0.163	616	0.162	647	0.974	0.97	100	0.2
4.411-6.212	0.318	20	0.207	494	0.21	514	0.94	0.963	100	0.246
6.212-48.368	0.271	25	0.235	285	0.238	310	0.954	0.944	100	0.312

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