PDB-8aet: Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - C-terminal ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aet

タイトル

Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - C-terminal E779W variant

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / site-directed mutagenesis / bi-functional enzyme / reductase / malonyl-CoA / 3-hydroxypropionate / 3-HP cycle

機能・相同性

fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / metal ion binding / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

機能・相同性情報

生物種

Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kabasakal, B.V. / Murray, J.W.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/F017324/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/D524840/1	英国
Wellcome Trust	202926/Z/16/Z	英国

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2023
タイトル: Dynamic lid domain of Chloroflexus aurantiacus Malonyl-CoA reductase controls the reaction.
著者: Kabasakal, B.V. / Cotton, C.A.R. / Murray, J.W.

履歴

登録	2022年7月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aet.cif.gz	269 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aet.ent.gz	213.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aet.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8aet_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aet_full_validation.pdf.gz	435 KB	表示
XML形式データ	8aet_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	8aet_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/8aet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/8aet	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a30SC 8a7sC 8a8tC 8aeoC 8aeqC 8aerC 8aewC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

73.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
148 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.167, 139.643, 73.306
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.29, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1552- HOH
2	1	A-1753- HOH

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 73378.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア) 遺伝子: Caur_2614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9WIU3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5, 1.4 M Sodium acetate trihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50.3 Å / Num. obs: 112286 / % possible obs: 97.93 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.24 Å² / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05477 / R_pim(I) all: 0.05477 / R_rim(I) all: 0.07746 / Net I/σ(I): 7.41
反射シェル	解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.4288 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 10828 / CC_1/2: 0.691 / CC star: 0.904 / R_pim(I) all: 0.4288 / R_rim(I) all: 0.6064 / % possible all: 96.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8A30

8a30

解像度: 2→50.3 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2201	2898	5.06 %
R_work	0.1905	-	-
obs	0.192	57248	97.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4984	0	25	366	5375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5097
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.803	6920
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.594	1897
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	787
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	910

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.03	0.3058	120	0.2595	2251	X-RAY DIFFRACTION	85
2.03-2.06	0.2918	145	0.2518	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.2527	134	0.2315	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.14	0.2499	156	0.217	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.19	0.2418	147	0.2226	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.23	0.5155	126	0.4388	2323	X-RAY DIFFRACTION	88
2.23-2.29	0.559	102	0.4844	2109	X-RAY DIFFRACTION	78
2.29-2.34	0.2653	151	0.2088	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.41	0.2362	137	0.1898	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.48	0.237	146	0.1834	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.56	0.2165	153	0.1873	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.65	0.2187	129	0.1806	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.75	0.1807	109	0.1786	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.88	0.2092	125	0.181	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.03	0.2384	154	0.1867	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.22	0.2359	131	0.195	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.47	0.1993	133	0.1715	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.82	0.2035	155	0.1747	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
3.82-4.37	0.1645	130	0.1441	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
4.37-5.51	0.149	166	0.149	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
5.51-10	0.2003	149	0.1625	2695	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9798	-0.6149	-0.0028	3.0332	0.7199	0.8701	-0.0362	-0.0339	-0.1761	0.1218	-0.0103	0.1583	0.0757	0.0257	0.0466	0.1856	0.0204	0.0226	0.2241	0.0318	0.2007	-5.6297	12.0899	16.8447
2	3.4835	0.021	1.2945	1.5186	0.2745	2.9711	-0.039	-0.1506	-0.0286	0.1669	0.0787	0.3321	-0.0477	-0.0985	-0.0137	0.1798	0.0556	0.0258	0.1637	-0.0135	0.2877	-35.8354	43.373	14.8122
3	0.3903	-0.071	-0.1093	1.2809	0.4414	0.9752	0.0022	0.0906	0.019	-0.0741	-0.0129	-0.0213	-0.2522	0.0634	0.001	0.2341	0.0014	0.0001	0.2405	0.019	0.1479	-4.2684	40.0431	14.0323

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 562 through 784 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 785 through 898 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 899 through 1219 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)