PDB-8aeq: Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - C-terminal ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aeq

タイトル

Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - C-terminal R773Q variant

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Rossmann fold (ロスマンフォールド) /

site-directed mutagenesis / bi-functional enzyme /

reductase (還元酵素) /

malonyl-CoA (マロニルCoA) / 3-hydroxypropionate / 3-HP cycle

機能・相同性

fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

機能・相同性情報

生物種

Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Kabasakal, B.V. / Murray, J.W.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/F017324/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/D524840/1	英国
Wellcome Trust	202926/Z/16/Z	英国

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2023
タイトル: Dynamic lid domain of Chloroflexus aurantiacus Malonyl-CoA reductase controls the reaction.
著者: Kabasakal, B.V. / Cotton, C.A.R. / Murray, J.W.

履歴

登録	2022年7月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aeq.cif.gz	267.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aeq.ent.gz	211.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aeq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/8aeq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/8aeq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a30SC 8a7sC 8a8tC 8aeoC 8aerC 8aetC 8aewC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

73.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
147 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.069, 123.652, 74.252
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.50, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1319- HOH
2	1	A-1811- HOH

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 73292.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア) 株: ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl / 遺伝子: Caur_2614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9WIU3
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5, 1.4 M Sodium acetate trihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→47.67 Å / Num. obs: 196275 / % possible obs: 96.61 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 26.22 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.02829 / R_pim(I) all: 0.02829 / R_rim(I) all: 0.04001 / Net I/σ(I): 11.08
反射シェル	解像度: 1.64→1.699 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.8341 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 19284 / CC_1/2: 0.368 / CC star: 0.733 / R_pim(I) all: 0.8341 / % possible all: 94.63

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8A30

8a30

解像度: 1.64→47.67 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2055	5076	4.85 %
R_work	0.1795	-	-
obs	0.1808	104644	96.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→47.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4791	0	0	538	5329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4889
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.765	6633
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.646	1812
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	763
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	872

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.66	0.356	148	0.3188	3184	X-RAY DIFFRACTION	93
1.66-1.68	0.3093	158	0.308	3261	X-RAY DIFFRACTION	95
1.68-1.7	0.3034	179	0.2978	3224	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7-1.72	0.2833	191	0.28	3249	X-RAY DIFFRACTION	95
1.72-1.74	0.2994	170	0.2814	3240	X-RAY DIFFRACTION	95
1.74-1.77	0.3109	176	0.2801	3237	X-RAY DIFFRACTION	95
1.77-1.79	0.3375	186	0.2909	3267	X-RAY DIFFRACTION	96
1.79-1.82	0.3326	165	0.2853	3313	X-RAY DIFFRACTION	96
1.82-1.85	0.2974	171	0.2655	3254	X-RAY DIFFRACTION	96
1.85-1.88	0.2387	179	0.2387	3276	X-RAY DIFFRACTION	96
1.88-1.91	0.2633	174	0.2184	3296	X-RAY DIFFRACTION	96
1.91-1.94	0.2433	159	0.2104	3269	X-RAY DIFFRACTION	96
1.94-1.98	0.2428	143	0.2009	3297	X-RAY DIFFRACTION	96
1.98-2.02	0.242	152	0.1971	3323	X-RAY DIFFRACTION	96
2.02-2.07	0.2236	165	0.1913	3343	X-RAY DIFFRACTION	97
2.07-2.11	0.2256	162	0.1942	3363	X-RAY DIFFRACTION	97
2.11-2.17	0.2386	158	0.1964	3320	X-RAY DIFFRACTION	96
2.17-2.23	0.2142	166	0.1867	3321	X-RAY DIFFRACTION	97
2.23-2.29	0.2078	170	0.1785	3332	X-RAY DIFFRACTION	97
2.29-2.36	0.1924	155	0.1781	3354	X-RAY DIFFRACTION	97
2.36-2.45	0.1941	141	0.1802	3323	X-RAY DIFFRACTION	97
2.45-2.55	0.2029	161	0.1791	3379	X-RAY DIFFRACTION	97
2.55-2.66	0.2099	176	0.1826	3378	X-RAY DIFFRACTION	98
2.66-2.8	0.2291	211	0.1888	3300	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8-2.98	0.2188	182	0.1849	3385	X-RAY DIFFRACTION	98
2.98-3.21	0.1993	160	0.1808	3431	X-RAY DIFFRACTION	98
3.21-3.53	0.1954	172	0.1638	3378	X-RAY DIFFRACTION	98
3.53-4.04	0.1672	175	0.1419	3385	X-RAY DIFFRACTION	98
4.04-5.09	0.1509	172	0.1363	3424	X-RAY DIFFRACTION	99
5.09-10	0.1865	199	0.1628	3462	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0527	-0.6041	0.0849	2.4027	0.543	1.5942	-0.0482	-0.1173	-0.2283	0.1998	0.0221	0.2003	0.2515	0.0297	0.0195	0.1609	0.0307	0.028	0.1945	0.0331	0.1731	-7.2263	5.4252	15.9677
2	1.458	-1.5356	-0.3145	2.474	0.7071	0.5863	-0.0292	0.1462	-0.4308	0.01	-0.2459	0.8342	-0.1308	-0.2307	0.2117	0.197	0.0533	0.002	0.2702	-0.0285	0.4719	-33.9105	25.9684	9.667
3	0.7636	-0.4815	-0.4402	2.5046	1.229	1.4558	0.0553	0.0501	0.1241	-0.2427	0.0401	-0.175	-0.424	0.1211	-0.0614	0.2828	-0.0225	0.0191	0.2225	0.0267	0.1445	-4.636	37.1761	17.2457

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 559 through 784 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 785 through 937 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 938 through 1200 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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