PDB-8aeo: Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - C-terminal ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aeo

タイトル

Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - C-terminal R773A variant

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / site-directed mutagenesis / bi-functional enzyme / reductase / malonyl-CoA / 3-hydroxypropionate / 3-HP cycle

機能・相同性

fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / metal ion binding / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

機能・相同性情報

生物種

Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Kabasakal, B.V. / Murray, J.W.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/F017324/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/D524840/1	英国
Wellcome Trust	202926/Z/16/Z	英国

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2023
タイトル: Dynamic lid domain of Chloroflexus aurantiacus Malonyl-CoA reductase controls the reaction.
著者: Kabasakal, B.V. / Cotton, C.A.R. / Murray, J.W.

履歴

登録	2022年7月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aeo.cif.gz	269.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aeo.ent.gz	213.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aeo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8aeo_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aeo_full_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示
XML形式データ	8aeo_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	8aeo_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/8aeo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/8aeo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a30SC 8a7sC 8a8tC 8aeqC 8aerC 8aetC 8aewC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

73.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
147 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.715, 140.264, 73.838
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.84, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1581- HOH
2	1	A-1814- HOH
3	1	A-1819- HOH

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 73235.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア) 株: ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl / 遺伝子: Caur_2614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9WIU3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 1 M Ammonium phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→48.77 Å / Num. obs: 161792 / % possible obs: 98.34 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 32.82 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.03436 / R_pim(I) all: 0.03436 / R_rim(I) all: 0.0486 / Net I/σ(I): 10.56
反射シェル	解像度: 1.763→1.826 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 16583 / CC_1/2: 0.592 / CC star: 0.862 / R_pim(I) all: 0.354 / R_rim(I) all: 0.5007 / % possible all: 99.44

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8A30

8a30

解像度: 1.76→48.77 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 24.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2015	7852	4.9 %
R_work	0.1721	-	-
obs	0.1736	160185	93.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→48.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4862	0	20	442	5324

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4968
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.746	6743
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.545	1842
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	770
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	884

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.78	0.3636	246	0.3308	5097	X-RAY DIFFRACTION	94
1.78-1.8	0.3392	303	0.3026	5303	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8-1.83	0.3061	262	0.2938	5268	X-RAY DIFFRACTION	97
1.83-1.85	0.2952	255	0.271	5292	X-RAY DIFFRACTION	97
1.85-1.87	0.3478	302	0.2747	5250	X-RAY DIFFRACTION	97
1.87-1.9	0.3498	289	0.2895	5260	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9-1.93	0.3086	255	0.2906	5277	X-RAY DIFFRACTION	96
1.93-1.95	0.3377	300	0.2822	5100	X-RAY DIFFRACTION	95
1.95-1.99	0.2902	240	0.2557	5240	X-RAY DIFFRACTION	96
1.99-2.02	0.2382	254	0.2263	5308	X-RAY DIFFRACTION	96
2.02-2.05	0.2597	286	0.2063	5185	X-RAY DIFFRACTION	96
2.05-2.09	0.2164	250	0.2006	5237	X-RAY DIFFRACTION	95
2.09-2.13	0.2149	291	0.1905	5155	X-RAY DIFFRACTION	96
2.13-2.17	0.2084	264	0.1864	5225	X-RAY DIFFRACTION	96
2.17-2.22	0.2452	255	0.2055	5146	X-RAY DIFFRACTION	95
2.22-2.27	0.2733	298	0.2345	4994	X-RAY DIFFRACTION	93
2.27-2.33	0.2167	253	0.2074	5035	X-RAY DIFFRACTION	93
2.33-2.39	0.2681	263	0.1903	5030	X-RAY DIFFRACTION	92
2.39-2.46	0.1988	256	0.1748	5016	X-RAY DIFFRACTION	92
2.46-2.54	0.2528	241	0.1767	5012	X-RAY DIFFRACTION	92
2.54-2.63	0.2572	241	0.1739	4987	X-RAY DIFFRACTION	91
2.63-2.74	0.1825	227	0.1789	5073	X-RAY DIFFRACTION	91
2.74-2.86	0.2413	256	0.1846	4917	X-RAY DIFFRACTION	90
2.86-3.01	0.2072	250	0.1818	4766	X-RAY DIFFRACTION	89
3.01-3.2	0.1908	262	0.1763	4819	X-RAY DIFFRACTION	88
3.2-3.45	0.1984	227	0.1603	4751	X-RAY DIFFRACTION	87
3.45-3.8	0.1792	261	0.1447	4850	X-RAY DIFFRACTION	89
3.8-4.35	0.1463	259	0.1285	4820	X-RAY DIFFRACTION	89
4.35-5.47	0.1352	244	0.126	4895	X-RAY DIFFRACTION	90
5.48-10	0.1688	262	0.1468	5025	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8218	-0.4464	0.0811	2.4631	0.7444	1.0743	-0.0043	-0.0114	-0.1663	0.1056	-0.0481	0.1535	0.0789	-0.0367	0.052	0.1979	0.0082	0.0234	0.28	0.0374	0.2427	-5.7697	12.7201	16.8654
2	4.3738	-0.5342	1.014	3.8209	1.0561	3.5565	-0.1934	-0.3069	0.0088	0.4097	0.2185	0.3507	-0.0167	-0.05	-0.0028	0.2407	0.0732	0.0241	0.2696	-0.0093	0.3285	-36.1628	44.0001	14.8103
3	5.303	-4.7831	-0.4686	4.5576	0.6562	0.1663	0.3643	0.6471	-0.2011	-0.3989	-0.5534	0.5712	-0.1854	-0.1816	0.185	0.3073	0.0644	-0.0242	0.4026	-0.032	0.4382	-19.2191	17.2288	0.6208
4	0.1308	-0.3091	-0.3238	1.9632	1.1293	0.9684	0.0779	0.1341	0.0599	-0.4992	-0.0869	-0.0409	-0.494	-0.0638	0.0177	0.5048	0.0051	-0.0116	0.4138	0.0517	0.3134	-2.7669	43.5802	9.7201
5	0.7681	-0.3818	-0.433	2.4261	0.8119	1.6435	-0.0362	-0.0001	0.1293	0.0634	0.0053	-0.2107	-0.3487	0.1215	0.0382	0.3444	-0.028	-0.0458	0.3148	0.0278	0.2305	-2.4266	44.7698	24.8161
6	0.6704	-0.418	0.7929	4.1736	-1.1364	2.9989	0.0577	0.2877	0.2775	-0.457	-0.1844	-0.3156	-0.244	0.0617	0.1157	0.3857	0.0036	0.0487	0.3666	0.0465	0.2405	-2.759	45.4669	9.5686

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 562 through 784 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 785 through 898 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 899 through 937 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 938 through 1000 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1001 through 1127 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1128 through 1208 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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