PDB-8a7s: Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - C-terminal ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a7s

タイトル

Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - C-terminal NADP bound

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / bi-functional enzyme / reductase / malonyl-CoA / 3-hydroxypropionate / 3-HP cycle

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.542 Å

データ登録者

Kabasakal, B.V. / Murray, J.W.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/F017324/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/D524840/1	英国
Wellcome Trust	202926/Z/16/Z	英国

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2023
タイトル: Dynamic lid domain of Chloroflexus aurantiacus Malonyl-CoA reductase controls the reaction.
著者: Kabasakal, B.V. / Cotton, C.A.R. / Murray, J.W.

履歴

登録	2022年6月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a7s.cif.gz	283 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a7s.ent.gz	222.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a7s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a7s_validation.pdf.gz	822.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a7s_full_validation.pdf.gz	824.5 KB	表示
XML形式データ	8a7s_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	8a7s_validation.cif.gz	46.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/8a7s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/8a7s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a30SC 8a8tC 8aeoC 8aeqC 8aerC 8aetC 8aewC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

74.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
148 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.196, 140.718, 74.314
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.41, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1470- HOH
2	1	A-1586- HOH
3	1	A-1850- HOH
4	1	A-1988- HOH

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 73321.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア) 遺伝子: Caur_2614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9WIU3
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.8 M succinic acid, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.542→49.03 Å / Num. obs: 212003 / % possible obs: 86.45 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.74 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04613 / R_pim(I) all: 0.04613 / R_rim(I) all: 0.06524 / Net I/σ(I): 4.2
反射シェル	解像度: 1.542→1.597 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.4495 / Num. unique obs: 4951 / CC_1/2: 0.628 / CC star: 0.878 / R_pim(I) all: 0.4495 / R_rim(I) all: 0.6357 / % possible all: 38.23

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8A30

8a30

解像度: 1.542→49.03 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1979	10325	5.01 %	5614
R_work	0.1702	-	-	-
obs	0.1715	206234	80.04 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.542→49.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5053	0	49	619	5721

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5221
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.798	7097
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.294	1976
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	808
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	935

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.542-1.56	0.3269	95	0.3044	1444	X-RAY DIFFRACTION	20
1.56-1.58	0.2775	130	0.2775	2507	X-RAY DIFFRACTION	31
1.58-1.6	0.3278	153	0.2888	2850	X-RAY DIFFRACTION	35
1.6-1.62	0.2793	145	0.2754	3168	X-RAY DIFFRACTION	38
1.62-1.64	0.3042	212	0.2653	3394	X-RAY DIFFRACTION	42
1.64-1.66	0.2845	209	0.2636	3808	X-RAY DIFFRACTION	47
1.66-1.68	0.2584	223	0.2576	4179	X-RAY DIFFRACTION	52
1.68-1.71	0.2785	261	0.2524	4762	X-RAY DIFFRACTION	58
1.71-1.74	0.2733	267	0.2486	5282	X-RAY DIFFRACTION	65
1.74-1.77	0.2938	324	0.2938	6342	X-RAY DIFFRACTION	77
1.77-1.8	0.3317	355	0.3132	6528	X-RAY DIFFRACTION	81
1.8-1.83	0.3161	401	0.2706	7369	X-RAY DIFFRACTION	90
1.83-1.86	0.2604	443	0.2396	7668	X-RAY DIFFRACTION	95
1.86-1.9	0.2521	375	0.2192	7937	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9-1.94	0.2371	419	0.2059	7922	X-RAY DIFFRACTION	97
1.94-1.99	0.2118	442	0.1988	7851	X-RAY DIFFRACTION	97
1.99-2.04	0.2139	422	0.1957	7958	X-RAY DIFFRACTION	97
2.04-2.09	0.1962	428	0.1902	7997	X-RAY DIFFRACTION	98
2.09-2.15	0.2221	424	0.1847	7995	X-RAY DIFFRACTION	98
2.15-2.22	0.1899	417	0.1745	8050	X-RAY DIFFRACTION	98
2.22-2.3	0.2049	431	0.1707	8063	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3-2.4	0.2086	465	0.1699	7912	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4-2.5	0.2047	338	0.1692	8177	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5-2.64	0.1873	397	0.173	8054	X-RAY DIFFRACTION	99
2.64-2.8	0.1975	441	0.1708	8075	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8-3.02	0.2101	449	0.1722	8027	X-RAY DIFFRACTION	99
3.02-3.32	0.1802	431	0.1704	8162	X-RAY DIFFRACTION	99
3.32-3.8	0.1884	408	0.1455	8130	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8-4.79	0.1485	391	0.1243	8150	X-RAY DIFFRACTION	100
4.79-10	0.1644	429	0.1403	8148	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7621	-0.4237	-0.0741	2.0312	0.3895	0.8423	-0.0543	-0.0553	-0.2126	0.1353	-0.0039	0.1732	0.1114	-0.0284	0.0566	0.152	0.0076	0.0213	0.2019	0.0368	0.2033	-6.3263	12.7941	16.5739
2	3.6378	0.0122	1.0113	1.83	0.7388	3.0189	0.0043	-0.1059	-0.0166	0.2041	0.0702	0.2368	0.05	-0.1125	-0.0622	0.1674	0.0365	0.0361	0.1672	0.0103	0.2504	-35.9731	44.1344	15.0067
3	0.2823	-0.0774	-0.185	1.2039	0.3911	0.7888	0.0175	0.013	-0.0133	-0.0271	-0.0294	-0.0297	-0.1905	0.0096	0.0058	0.1631	0.0092	-0.0065	0.1924	0.017	0.1162	-4.2657	40.8242	14.2335

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 562 through 785 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 786 through 898 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 899 through 1219 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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