PDB-8a30: Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - C-terminal Apo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a30

タイトル

Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - C-terminal Apo

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / bi-functional enzyme / reductase / malonyl-CoA / 3-hydroxypropionate / 3-HP cycle

機能・相同性

fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / metal ion binding / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

機能・相同性情報

生物種

Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Kabasakal, B.V. / Murray, J.W.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/F017324/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/D524840/1	英国
Wellcome Trust	202926/Z/16/Z	英国

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2023
タイトル: Dynamic lid domain of Chloroflexus aurantiacus Malonyl-CoA reductase controls the reaction.
著者: Kabasakal, B.V. / Cotton, C.A.R. / Murray, J.W.

履歴

登録	2022年6月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a30.cif.gz	293.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a30.ent.gz	232.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a30.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a30_validation.pdf.gz	416.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a30_full_validation.pdf.gz	416.7 KB	表示
XML形式データ	8a30_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	8a30_validation.cif.gz	44.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a30	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a7sC 8a8tC 8aeoC 8aeqC 8aerC 8aetC 8aewC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

73.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
147 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.138, 140.181, 74.026
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.65, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1441- HOH
2	1	A-1567- HOH
3	1	A-1683- HOH
4	1	A-1974- HOH
5	1	A-1989- HOH

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 73321.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア) 遺伝子: Caur_2614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9WIU3
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.8 M Succinic acid, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→55.5 Å / Num. obs: 154410 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.09 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.04132 / R_pim(I) all: 0.04132 / R_rim(I) all: 0.05843 / Net I/av σ(I): 9.93 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 1.441 / Num. unique obs: 15025 / CC_1/2: 0.203 / CC star: 0.581

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	(1.20.1_4487: ???)	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.45→55.5 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	14408	4.99 %	7654
R_work	0.1763	-	-	-
obs	0.1775	153739	94.05 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→55.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5027	0	1	617	5645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5172
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.762	7026
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.472	1933
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	799
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	931

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.47	0.4369	427	0.4334	7541	X-RAY DIFFRACTION	78
1.47-1.48	0.4168	431	0.4137	8437	X-RAY DIFFRACTION	86
1.48-1.5	0.4041	433	0.3998	8705	X-RAY DIFFRACTION	88
1.5-1.52	0.3858	506	0.3833	8755	X-RAY DIFFRACTION	91
1.52-1.54	0.375	449	0.375	9156	X-RAY DIFFRACTION	94
1.54-1.56	0.398	484	0.3588	9223	X-RAY DIFFRACTION	94
1.56-1.58	0.3623	509	0.352	9170	X-RAY DIFFRACTION	94
1.58-1.61	0.337	485	0.3295	9001	X-RAY DIFFRACTION	94
1.61-1.63	0.3826	420	0.3241	9106	X-RAY DIFFRACTION	93
1.63-1.66	0.3315	437	0.3057	8976	X-RAY DIFFRACTION	92
1.66-1.69	0.3061	444	0.2904	9329	X-RAY DIFFRACTION	95
1.69-1.72	0.3068	437	0.2784	9200	X-RAY DIFFRACTION	94
1.72-1.75	0.2992	477	0.2648	9066	X-RAY DIFFRACTION	94
1.75-1.79	0.2809	481	0.2615	9421	X-RAY DIFFRACTION	96
1.79-1.83	0.2544	521	0.2429	9321	X-RAY DIFFRACTION	96
1.83-1.87	0.2685	458	0.2166	9334	X-RAY DIFFRACTION	96
1.87-1.92	0.2194	466	0.2003	9231	X-RAY DIFFRACTION	95
1.92-1.97	0.2125	507	0.1852	9026	X-RAY DIFFRACTION	93
1.97-2.03	0.1933	556	0.1708	9321	X-RAY DIFFRACTION	96
2.03-2.09	0.181	556	0.1666	9156	X-RAY DIFFRACTION	95
2.09-2.17	0.212	484	0.1603	9441	X-RAY DIFFRACTION	97
2.17-2.25	0.1688	504	0.1516	9369	X-RAY DIFFRACTION	97
2.25-2.35	0.1724	489	0.1463	9468	X-RAY DIFFRACTION	96
2.36-2.48	0.1702	469	0.1507	9098	X-RAY DIFFRACTION	94
2.48-2.63	0.1902	423	0.1493	9462	X-RAY DIFFRACTION	97
2.63-2.84	0.1845	481	0.1557	9386	X-RAY DIFFRACTION	96
2.84-3.12	0.2059	558	0.1577	9486	X-RAY DIFFRACTION	98
3.12-3.58	0.1733	462	0.1432	9394	X-RAY DIFFRACTION	96
3.58-4.5	0.1469	523	0.1151	9373	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5-10	0.1324	531	0.1254	9539	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5047	-0.3129	-0.0108	1.6001	0.404	0.5468	-0.037	-0.058	-0.1325	0.1468	0.0003	0.0929	0.0775	0.0133	0.0402	0.1625	0.0092	-0.0052	0.2054	0.036	0.117	-6.0268	11.9394	16.6114
2	3.2534	0.4746	0.7985	2.7657	0.7079	2.7175	0.0028	-0.1691	0.0038	0.1402	0.0598	0.1781	0.0109	-0.0702	-0.0366	0.1238	0.0387	0.0053	0.1695	-0.0013	0.1064	-35.8	42.7836	14.7237
3	0.2362	-0.0611	-0.1374	0.838	0.2988	0.528	0.0129	0.0202	0.0038	-0.0358	-0.0041	-0.0236	-0.1572	0.0306	-0.0081	0.2245	0.0051	-0.0261	0.2516	0.0135	0.0881	-4.2923	40.0873	14.2401

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 561 through 782 )	A	561 - 782
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 783 through 898 )	A	783 - 898
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 899 through 1219 )	A	899 - 1219

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