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万見
- PDB-7zst: Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zst
タイトルCrystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from Plasmodium falciparum in complex with FLA-01
要素Aspartate carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Aspartate transcarbamoylase / Plasmodium falciparum / fragment-based screening / inhibitor / malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JUF / aspartate carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wang, C. / Zhang, B. / Groves, M.R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Scholarship Council 中国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Small-Molecule Allosteric Inhibitors of Pf ATC as Antimalarials.
著者: Wang, C. / Zhang, B. / Kruger, A. / Du, X. / Visser, L. / Domling, A.S.S. / Wrenger, C. / Groves, M.R.
履歴
登録2022年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.22022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate carbamoyltransferase
B: Aspartate carbamoyltransferase
C: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,7289
ポリマ－121,0523
非ポリマー6766
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.284, 89.735, 137.052
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.215, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
32A
42C
53B
63C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPPROPROAA47 - 38111 - 345
221ASPASPALAALABB47 - 37711 - 341
332ASPASPSERSERAA47 - 37211 - 336
442ASPASPSERSERCC47 - 37211 - 336
553ILEILESERSERBB46 - 37310 - 337
663ILEILESERSERCC46 - 37310 - 337

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase


分子量: 40350.762 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1344800 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5K1K910, aspartate carbamoyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 50分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-JUF / 2-azanyl-~{N}-(2-methoxyethyl)-5-phenyl-thiophene-3-carboxamide / 5-フェニル-N-(2-メトキシエチル)-2-アミノチオフェン-3-カルボアミド


分子量: 276.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16N2O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200mM NaCl, 15%(w/v)PEG3350, 100mM bis-tris propane, 2%(v/v)DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.504 Å / Num. obs: 47374 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.012 / Num. unique obs: 4608 / CC1/2: 0.878 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.016

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ILQ

5ilq


解像度: 2.5→49.504 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 35.11 / SU ML: 0.341 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.456 / ESU R Free: 0.3 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2824 2448 5.168 %
Rwork0.2359 44924 -
all0.238 --
obs-47372 99.93 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 57.712 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.637 Å2-0 Å2-4.35 Å2
2--0.688 Å2-0 Å2
3----0.235 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.504 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7749 0 42 44 7835
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0137923
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0157606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6711.6410698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2251.58717557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7365954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.04923.97403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.024101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.952151472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8251531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021770
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.21667
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1940.27528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.23891
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.23934
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1890.210
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1570.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1820.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2640.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3790.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1932.2383837
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1932.2383836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0623.3514784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0623.3514785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9732.3314086
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9382.3254078
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6313.4555914
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6053.4475903
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.05626.1778692
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.01426.1678689
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0990.0510381
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.1140.0510115
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.1090.0510220
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.099170.05008
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.099170.05008
23AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.114470.05008
24CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.114470.05008
35BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.108820.05008
36CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.108820.05008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.5650.361790.3313329X-RAY DIFFRACTION100
2.565-2.6350.3341550.3083226X-RAY DIFFRACTION99.9704
2.635-2.7120.3581800.3243137X-RAY DIFFRACTION99.9699
2.712-2.7950.3411750.3013008X-RAY DIFFRACTION99.9686
2.795-2.8860.3431540.2872963X-RAY DIFFRACTION99.9679
2.886-2.9880.3691480.2782887X-RAY DIFFRACTION99.9671
2.988-3.10.331550.2782745X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.2270.3061600.2822633X-RAY DIFFRACTION99.9284
3.227-3.370.2981420.2592536X-RAY DIFFRACTION99.8881
3.37-3.5350.2891290.2662434X-RAY DIFFRACTION99.922
3.535-3.7250.3531270.2592334X-RAY DIFFRACTION99.8377
3.725-3.9510.291080.2322202X-RAY DIFFRACTION99.9567
3.951-4.2240.2451140.222047X-RAY DIFFRACTION99.9538
4.224-4.5610.2611190.1991930X-RAY DIFFRACTION99.9512
4.561-4.9960.2351060.1761770X-RAY DIFFRACTION99.9467
4.996-5.5840.245850.211585X-RAY DIFFRACTION99.8207
5.584-6.4440.301810.2161428X-RAY DIFFRACTION99.9338
6.444-7.8850.214650.1991231X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17970.13570.49242.3464-0.90684.12430.07560.0732-0.0407-0.512-0.00440.11510.17450.1225-0.07120.19-0.0443-0.16810.2474-0.04910.438120.199337.7094-16.9284
21.84180.60961.29381.3951-0.23042.5339-0.0009-0.06520.00630.0298-0.0885-0.0442-0.0310.18720.08940.0217-0.0718-0.02990.3449-0.08120.434945.016249.830216.7034
30.94970.3530.43043.491-0.02990.85230.1558-0.1781-0.3933-0.0005-0.01740.06860.4947-0.0135-0.13840.3613-0.0911-0.16830.51080.13140.597628.84389.58915.2734
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA47 - 382
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA401
3X-RAY DIFFRACTION2ALLB46 - 377
4X-RAY DIFFRACTION3ALLC44 - 373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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