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Yorodumi- PDB-7zgs: Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from P... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zgs | ||||||
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Title | Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from Plasmodium falciparum with bound inhibitor 2-phenylethan-1-amine | ||||||
Components | Aspartate carbamoyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Aspartate transcarbamoylase / Plasmodium falciparum / fragment-based screening / inhibitor / malaria | ||||||
Function / homology | Function and homology information aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum 3D7 (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.349 Å | ||||||
Authors | Wang, C. / Zhang, B. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2022 Title: Discovery of Small-Molecule Allosteric Inhibitors of Pf ATC as Antimalarials. Authors: Wang, C. / Zhang, B. / Kruger, A. / Du, X. / Visser, L. / Domling, A.S.S. / Wrenger, C. / Groves, M.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7zgs.cif.gz | 743.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7zgs.ent.gz | 604.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7zgs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7zgs_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7zgs_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 7zgs_validation.xml.gz | 37.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7zgs_validation.cif.gz | 52 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgs | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7zczC 7zeaC 7zhiC 7zidC 7zp2C 7zstC 5ilqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 40350.762 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum 3D7 (eukaryote) / Strain: isolate 3D7 / Gene: PF3D7_1344800 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0A5K1K910, aspartate carbamoyltransferase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 200mM NaCl, 15%(w/v)PEG3350, 100mM bis-tris propane, 2%(v/v)DMSO |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 291 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 3, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.349→45.131 Å / Num. obs: 56561 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 16.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.41 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Num. unique obs: 4298 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.448 / Rrim(I) all: 0.642 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5ILQ Resolution: 2.349→45.131 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / WRfactor Rfree: 0.265 / WRfactor Rwork: 0.21 / SU B: 21.436 / SU ML: 0.229 / Average fsc free: 0.8494 / Average fsc work: 0.8693 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.256 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 59.972 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.349→45.131 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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