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- PDB-7zhi: Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from P... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zhi | ||||||
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Title | Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from Plasmodium falciparum with bound inhibitor indole | ||||||
![]() | Aspartate carbamoyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Aspartate transcarbamoylase / Plasmodium falciparum / fragment-based screening / inhibitor / malaria | ||||||
Function / homology | ![]() aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, C. / Zhang, B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Discovery of Small-Molecule Allosteric Inhibitors of Pf ATC as Antimalarials. Authors: Wang, C. / Zhang, B. / Kruger, A. / Du, X. / Visser, L. / Domling, A.S.S. / Wrenger, C. / Groves, M.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 742.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 609.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7zczC ![]() 7zeaC ![]() 7zgsC ![]() 7zidC ![]() 7zp2C ![]() 7zstC ![]() 5ilqS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 40350.762 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A5K1K910, aspartate carbamoyltransferase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 57 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 200mM NaCl, 15%(w/v)PEG3350, 100mM bis-tris propane, 2%(v/v)DMSO |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 291 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 3, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.946→44.8 Å / Num. obs: 28662 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 9 |
Reflection shell | Resolution: 2.95→3.12 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Num. unique obs: 4263 / CC1/2: 0.857 / Rpim(I) all: 0.39 / Rrim(I) all: 0.566 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5ILQ Resolution: 2.946→43.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 44.653 / SU ML: 0.353 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.393 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 69.716 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.946→43.54 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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