PDB-7zea: Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zea

タイトル

Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from Plasmodium falciparum with bound inhibitor O-benzylhydroxylamine

要素

Aspartate carbamoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Aspartate transcarbamoylase / Plasmodium falciparum / fragment-based screening / inhibitor.

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.448 Å

データ登録者

Wang, C. / Zhang, B.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Small-Molecule Allosteric Inhibitors of Pf ATC as Antimalarials.
著者: Wang, C. / Zhang, B. / Kruger, A. / Du, X. / Visser, L. / Domling, A.S.S. / Wrenger, C. / Groves, M.R.

履歴

登録	2022年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: struct_ncs_ens / Item: _struct_ncs_ens.details
改定 1.2	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zea.cif.gz	740.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zea.ent.gz	604 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/7zea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/7zea	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zczC 7zgsC 7zhiC 7zidC 7zp2C 7zstC 5ilqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase

C: Aspartate carbamoyltransferase

ヘテロ分子

122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.025, 104.507, 87.301
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.470, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	B
6	3	C

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TYR	TYR	A	A	39 - 383	3 - 347
2	1	1	TYR	TYR	B	B	39 - 383	3 - 347
3	2	2	TYR	TYR	A	A	39 - 383	3 - 347
4	2	2	TYR	TYR	C	C	39 - 383	3 - 347
5	3	3	PHE	PHE	B	B	38 - 383	2 - 347
6	3	3	PHE	PHE	C	C	38 - 383	2 - 347

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains - A to B
2	Local NCS retraints between domains - A to C
3	Local NCS retraints between domains - B to C

#1: タンパク質	Aspartate carbamoyltransferase 分子量: 40350.762 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1344800 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5K1K910, aspartate carbamoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-OBZ / O-benzylhydroxylamine / O-ベンジルヒドロキシルアミン分子量: 123.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₉NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200mM NaCl, 15%(w/v)PEG3350, 100mM bis-tris propane, 2%(v/v)DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.448→45.278 Å / Num. obs: 50829 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.45→2.52 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.464 / Num. unique obs: 4363 / CC_1/2: 0.852 / R_pim(I) all: 0.443 / R_rim(I) all: 0.643

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ILQ

5ilq

解像度: 2.448→45.278 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 19.309 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.23 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2231	2430	4.783 %
R_work	0.1821	48379	-
all	0.184	-	-
obs	-	50809	99.306 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.665 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.472 Å²	0 Å²	0.097 Å²
2-	-	4.451 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.999 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.448→45.278 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8117	0	29	134	8280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	8299
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	7918
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.87	1.64	11210
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.347	1.586	18279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.037	5	996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.333	24.048	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.603	15	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.132	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9249
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	7571
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	4116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	3951
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.116	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.099	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.486	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.443	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.516	3.656	4002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.514	3.656	4001
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.949	5.479	4992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.949	5.479	4993
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.755	3.916	4297
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.713	3.913	4290
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.292	5.755	6218
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.273	5.75	6207
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.423	42.283	9098
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.383	42.241	9079
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.095	0.05	10580
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.086	0.05	10735
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.105	0.05	10829

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09479	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09479	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08641	0.05008
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08641	0.05008
3	5	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1046	0.05008
3	6	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1046	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.448-2.512	0.309	141	0.298	3579	X-RAY DIFFRACTION	98.1271
2.512-2.581	0.299	162	0.279	3450	X-RAY DIFFRACTION	99.3126
2.581-2.656	0.274	205	0.258	3364	X-RAY DIFFRACTION	99.5259
2.656-2.737	0.296	154	0.242	3308	X-RAY DIFFRACTION	99.2546
2.737-2.827	0.254	195	0.216	3175	X-RAY DIFFRACTION	99.6747
2.827-2.926	0.303	147	0.218	3050	X-RAY DIFFRACTION	99.595
2.926-3.036	0.271	155	0.206	2974	X-RAY DIFFRACTION	99.745
3.036-3.16	0.232	141	0.192	2893	X-RAY DIFFRACTION	99.508
3.16-3.301	0.219	106	0.182	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.6512
3.301-3.462	0.226	113	0.191	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.3929
3.462-3.649	0.233	91	0.187	2539	X-RAY DIFFRACTION	99.7345
3.649-3.87	0.202	121	0.181	2370	X-RAY DIFFRACTION	99.6002
3.87-4.136	0.212	133	0.159	2220	X-RAY DIFFRACTION	99.3246
4.136-4.467	0.189	102	0.131	2044	X-RAY DIFFRACTION	99.3979
4.467-4.893	0.152	102	0.121	1904	X-RAY DIFFRACTION	99.1597
4.893-5.469	0.204	109	0.158	1728	X-RAY DIFFRACTION	99.5125
5.469-6.312	0.222	105	0.181	1505	X-RAY DIFFRACTION	99.6904
6.312-7.723	0.269	63	0.167	1291	X-RAY DIFFRACTION	98.9043
7.723-10.893	0.138	51	0.133	1011	X-RAY DIFFRACTION	97.7001

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9079	-1.0337	-0.2194	0.8903	0.0974	1.6821	-0.0593	0.1337	-0.1387	-0.0022	0.0608	-0.0289	0.156	0.1796	-0.0015	0.0365	-0.014	0.0065	0.1834	-0.0015	0.0151	50.813	0.1773	13.3849
2	2.0928	0.0667	-0.8592	1.1715	-1.2204	2.9604	-0.0643	0.0252	-0.1566	0.0307	0.026	0.0944	0.2284	-0.0588	0.0383	0.051	-0.027	0.0216	0.064	-0.0048	0.0244	21.6359	-4.7219	45.7057
3	1.7962	0.3375	0.8359	0.9537	-0.2306	3.6411	-0.0336	0.3307	0.0089	-0.1317	0.0589	0.232	0.0263	-0.1719	-0.0253	0.0218	-0.0131	-0.0231	0.2626	0.0329	0.1179	8.8227	9.2378	6.59

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	39 - 383
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	38 - 383
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	38 - 383

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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