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- PDB-7zsq: human purine nucleoside phosphorylase in complex with JS-555 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zsq
タイトルhuman purine nucleoside phosphorylase in complex with JS-555
要素Purine nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / PNP-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase
類似検索 - 分子機能
Putative purine nucleotide phosphorylase / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JTO / polyethylene glycol / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 6-tungstotellurate(VI) / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Djukic, S. / Pachl, P. / Rezacova, P.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000729European Union
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Design, Synthesis, Biological Evaluation, and Crystallographic Study of Novel Purine Nucleoside Phosphorylase Inhibitors.
著者: Skacel, J. / Djukic, S. / Baszczynski, O. / Kalcic, F. / Bilek, T. / Chalupsky, K. / Kozak, J. / Dvorakova, A. / Tloust'ova, E. / Kral'ova, Z. / Smidkova, M. / Voldrich, J. / Rumlova, M. / ...著者: Skacel, J. / Djukic, S. / Baszczynski, O. / Kalcic, F. / Bilek, T. / Chalupsky, K. / Kozak, J. / Dvorakova, A. / Tloust'ova, E. / Kral'ova, Z. / Smidkova, M. / Voldrich, J. / Rumlova, M. / Pachl, P. / Brynda, J. / Vuckova, T. / Fabry, M. / Snasel, J. / Pichova, I. / Rezacova, P. / Mertlikova-Kaiserova, H. / Janeba, Z.
履歴
登録2022年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase
B: Purine nucleoside phosphorylase
C: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,77111
ポリマ－83,1743
非ポリマー3,5988
水7,512417
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.070, 90.930, 143.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase


分子量: 27724.584 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: deoD, E5M05_03615, E5M23_14660, E5M52_18960, E5M78_19105, ERS013440_01955, ERS027646_00621, ERS027659_03654, SAMEA2683035_02840
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045IAS2, purine-nucleoside phosphorylase

-
非ポリマー , 7種, 425分子

#2: 化合物 ChemComp-JTO / [2-[(4-oxidanylidene-3,5-dihydropyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)sulfanyl]phenoxy]methylphosphonic acid


分子量: 353.290 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12N3O5PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TEW / 6-tungstotellurate(VI)


分子量: 1614.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O24TeW6
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-P4K / polyethylene glycol / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42-tetradecaoxatetratetracontan-1-ol


分子量: 662.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H62O15
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30.00 % v/v Polyethylene glycol 400; 100 mM HEPES; pH 7.5; 200 mM Magnesium chloride; 1 mM TEW

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→48.38 Å / Num. obs: 140249 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.96 % / Biso Wilson estimate: 34.629 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rrim(I) all: 0.174 / Χ2: 0.887 / Net I/σ(I): 8.39 / Num. measured all: 976139
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.77-1.887.1872.5150.6216241622700225990.2532.7199.6
1.88-2.017.1571.3971.2415249421311213080.5321.505100
2.01-2.176.9530.7842.3113818619879198750.7730.847100
2.17-2.376.6550.443412148518256182550.9070.48100
2.37-2.656.8790.2736.5311381116545165440.9670.295100
2.65-3.067.210.15311.8410487214545145450.990.165100
3.06-3.746.8590.08520.018455312327123270.9970.093100
3.74-5.286.490.0531.0861832952895280.9980.055100
5.28-48.386.9270.04336.9436490527752680.9990.04799.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1g2o

1g2o


解像度: 1.77→48.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.547 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2137 1099 1.5 %RANDOM
Rwork0.1819 ---
obs0.1823 72306 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.63 Å2 / Biso mean: 30.516 Å2 / Biso min: 17.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→48.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5697 0 141 417 6255
Biso mean--35.15 36.85 -
残基数----790
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0135966
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0155723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6941.6578232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3691.56513102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7125789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.81920.483269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.49715834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0631550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026806
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021253
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.815 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 79 -
Rwork0.362 5239 -
obs--99.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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