PDB-7yxi: Drosophila melanogaster JMJD7 (dmJMJD7) in complex with Mn and N-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yxi

タイトル

Drosophila melanogaster JMJD7 (dmJMJD7) in complex with Mn and N-oxalylglycine (NOG)

要素

GH14974p

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE / OXYGENASE / JMJC / JMJC DOMAIN / JMJC DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 7 / JMJD7 / JMJC HYDROXYLASE / JMJC DEMETHYLASE / KDMS / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS / PTM / HYDROXYLATION / LYSYL HYDROXYLATION / DIMERISATION / TRANSLATION FACTOR / DEVELOPMENTALLY REGULATED GTP BINDING PROTEINS / DRG1 / DRG2 / TRAFAC GTPASE / HYPOXIA / NUCLEIC ACID- BINDING / METAL-BINDING / TRANSLATION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / DEVELOPMENT / CANCER / RIBOSOME BIOGENESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-lysine 3-dioxygenase activity / Protein hydroxylation / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / phospholipase A2 / hydrolase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Chowdhury, R. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Conservation of the unusual dimeric JmjC fold of JMJD7 from Drosophila melanogaster to humans.
著者: Chowdhury, R. / Abboud, M.I. / Wiley, J. / Tumber, A. / Markolovic, S. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2022年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: refine_ls_restr
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yxi.cif.gz	381.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yxi.ent.gz	315.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yxi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7yxi_validation.pdf.gz	1018.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yxi_full_validation.pdf.gz	1023.2 KB	表示
XML形式データ	7yxi_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	7yxi_validation.cif.gz	43 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yxi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7yxgSC 7yxhC 7yxjC 7yxkC 7yxlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (6) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GH14974p

B: GH14974p

ヘテロ分子

74 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.688, 64.930, 103.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.630, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	GH14974p / Jumonji domain containing 7 分子量: 36698.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: JMJD7, Dmel\CG10133, CG10133, Dmel_CG10133 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

GH14974p / Jumonji domain containing 7

分子量: 36698.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: JMJD7, Dmel\CG10133, CG10133, Dmel_CG10133 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9VU77, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 5種, 475分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン分子量: 147.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₅NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium ...詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium acetate (or alternatively, 0.1 M barium chloride), and 0.002 M manganese chloride. Cryo-protection: 20% v/v ethylene glycol.

結晶

マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.87 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: Sample: 16.0 mg/ml dmJMJD7 (in 50 mM Hepes-Na pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol), 2.0 mM MnCl2 and 4.0 mM compound. Reservoir: 0.1 M Bis-Tris pH 5.4, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 M ammonium ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月23日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 42025 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 28.1 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.063 / R_rim(I) all: 0.142 / R_sym value: 0.126 / Χ²: 1.042 / Net I/σ(I): 4.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Χ²	% possible all
2.1-2.18	4.9	4163	0.541	0.42	0.94	0.837	1.042	99.5
2.18-2.26	5	4165	0.7	0.327	0.733	0.653	1.03	99.7
2.26-2.37	4.9	4151	0.793	0.245	0.538	0.476	1.071	99.8
2.37-2.49	5.1	4214	0.87	0.188	0.423	0.377	1.064	99.9
2.49-2.65	5	4187	0.906	0.149	0.332	0.294	1.023	100
2.65-2.85	5.2	4186	0.949	0.102	0.231	0.207	1.027	100
2.85-3.14	5.1	4185	0.977	0.072	0.162	0.144	1.052	100
3.14-3.59	5.1	4218	0.988	0.047	0.107	0.096	1.038	100
3.59-4.52	5.1	4231	0.995	0.031	0.07	0.063	1.037	100
4.52-50	5	4325	0.996	0.025	0.056	0.05	1.032	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7YXG

7yxg

解像度: 2.1→43.969 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2034	2057	4.91 %
R_work	0.1717	39866	-
obs	0.1732	41923	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.46 Å² / B_iso mean: 38.3507 Å² / B_iso min: 9.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→43.969 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4929	0	53	468	5450
B_iso mean	-	-	28.07	37.81	-
残基数	-	-	-	-	624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5194
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.136	7115
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.498	4200
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	772
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	938

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1-2.1489	0.2916	148	0.2442	2488	94
2.1489-2.2026	0.2478	147	0.2271	2599	99
2.2026-2.2622	0.2499	138	0.2087	2660	100
2.2622-2.3287	0.2282	162	0.197	2627	100
2.3287-2.4039	0.2492	152	0.1948	2652	100
2.4039-2.4898	0.252	124	0.1878	2661	100
2.4898-2.5895	0.2522	145	0.1908	2652	100
2.5895-2.7073	0.2249	136	0.1854	2669	100
2.7073-2.85	0.206	107	0.166	2676	100
2.85-3.0286	0.2074	133	0.17	2678	100
3.0286-3.2623	0.185	160	0.1621	2651	100
3.2623-3.5905	0.1734	133	0.15	2681	100
3.5905-4.1097	0.1616	129	0.1407	2686	100
4.1097-5.1765	0.1663	113	0.1341	2729	100
5.1765-43.969	0.2081	130	0.2049	2757	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1976	1.6303	0.3665	7.0146	-0.5932	2.8196	0.0563	0.0434	-0.1275	0.1601	-0.0394	0.8926	0.4767	-0.452	0.0487	0.24	-0.0693	0.0124	0.217	-0.0315	0.2873	-29.1693	-3.9844	-18.2438
2	2.4605	1.553	0.5464	1.3353	0.8935	1.3287	-0.0967	0.3962	0.2277	-0.2312	0.0987	0.2693	-0.052	-0.022	0.076	0.2111	0.0148	-0.0111	0.2024	0.0022	0.2595	-17.8306	14.4031	-20.9359
3	1.9364	0.9529	1.0154	1.6903	0.0831	2.8661	-0.0083	-0.0425	0.2119	0.2243	-0.0485	0.1225	-0.3316	-0.0326	-0.0135	0.2146	0.0016	-0.0005	0.1831	-0.0022	0.239	-7.5878	14.4209	-16.8387
4	1.5843	-0.5106	-1.0074	0.7485	0.554	1.167	-0.1686	0.2445	0.8895	-0.5528	0.2196	0.1517	-0.2574	0.3737	-0.1271	0.4648	-0.1103	-0.0366	0.4104	0.0595	0.2639	1.0694	23.4732	-33.6929
5	6.5566	3.7341	3.4414	4.4142	-1.319	7.7235	-0.32	0.2791	-0.7123	-1.2445	0.3725	-0.8137	-0.4756	0.9617	0.2036	0.5643	-0.2144	0.1326	0.6859	-0.0503	0.5282	8.1497	18.8164	-47.7687
6	2.4521	0.589	-2.6462	0.8272	-0.6439	2.9853	-0.1958	0.5131	-0.3867	-0.4452	0.2634	-0.2682	0.2687	0.314	-0.1606	0.4445	-0.0724	0.0367	0.5615	-0.0715	0.3112	-5.483	5.2847	-49.0622
7	1.77	0.9038	0.1081	2.0074	0.899	2.2387	-0.2217	0.7955	-0.3626	-0.5965	0.2424	0.0947	-0.0542	0.0728	-0.0325	0.5513	-0.0514	-0.0473	0.5421	-0.0978	0.3513	-16.9628	-5.5373	-49.4221
8	1.1865	0.9075	-0.2744	0.4811	-0.0259	0.1198	-0.0766	0.5997	0.0799	-0.6318	0.2858	-0.371	-0.0332	0.4386	-0.1718	0.6756	-0.1731	0.0941	0.7018	-0.0737	0.4044	-0.0788	9.7293	-53.1497
9	3.9749	1.4247	0.3094	2.4268	1.3173	3.4913	-0.1391	0.593	0.04	-0.301	0.2456	-0.1799	0.5217	0.4672	-0.0517	0.4808	-0.0825	0.0477	0.6057	-0.0651	0.3206	-1.2873	9.3062	-45.8445
10	2.9448	2.1922	-1.8336	2.7521	-2.0281	4.8006	-0.0979	-0.0861	-0.3115	-0.0441	-0.1227	-0.319	-0.0983	0.894	0.0878	0.2618	-0.054	-0.0058	0.3798	-0.0249	0.294	5.6231	14.8206	-26.5433
11	0.9765	0.6055	-0.2836	3.0207	-1.7203	3.5212	-0.0305	-0.1501	-0.4828	-0.3219	0.0434	-0.0945	0.3775	0.6747	0.0988	0.2882	0.116	0.0786	0.416	0.0826	0.349	2.3466	7.6094	-31.546
12	2.1615	0.4374	-0.4137	1.0425	1.368	2.5996	-0.2564	0.4651	0.0212	-0.2725	0.1929	0.1977	-0.1475	-0.1859	-0.0002	0.3465	-0.0587	-0.0795	0.3692	0.0004	0.2423	-11.623	6.6693	-39.9427
13	2.0572	1.6931	-0.2813	2.0749	-0.8644	2.9687	-0.1582	0.23	0.0935	-0.3548	0.0304	0.0025	0.0131	0.1046	-0.0006	0.2672	0.0015	-0.0304	0.2313	0.0263	0.2134	-8.4633	12.4681	-32.5436
14	0.3834	-0.0883	0.1046	0.5373	0.549	2.439	-0.227	0.305	-0.3327	-0.3328	0.1544	-0.0091	0.2644	0.2549	0.079	0.3647	-0.0945	0.0007	0.3319	-0.0869	0.2185	-17.153	-3.77	-37.7744
15	3.7967	0.9494	-0.2774	1.6074	0.8139	4.379	-0.0172	1.0335	-1.0514	-0.8163	-0.2488	-0.3012	0.9363	1.2189	0.173	0.8185	-0.0641	0.1185	0.6305	-0.2263	0.4967	-8.6613	-9.0419	-54.2886
16	3.1778	0.7052	-0.6153	4.1518	0.4896	3.8304	-0.1236	0.3349	-0.0622	-0.0758	0.0968	0.1236	0.3426	-0.2369	0.0094	0.3898	-0.0822	-0.046	0.3743	-0.0689	0.2205	-18.8376	-1.739	-39.2711
17	2.6064	1.306	0.0303	1.5791	-0.1986	2.2343	-0.2106	0.5124	0.5201	-0.2515	0.2771	0.7786	0.1368	-0.4796	0.0205	0.2774	-0.0162	-0.0653	0.369	0.0457	0.3798	-24.6901	6.4615	-33.1994
18	1.7652	1.3255	0.107	2.2443	-0.8311	2.5232	0.047	0.2014	-0.0706	-0.2347	0.0037	-0.3788	0.1587	0.0333	-0.0304	0.218	0.015	-0.0062	0.2323	-0.0239	0.2332	-8.9567	10.0508	-26.5053
19	0.6059	-0.0694	1.0835	2.4904	-0.1905	2.6712	-0.4284	0.5385	0.0915	-0.6664	0.2576	-0.0958	0.1364	-0.1564	-0.0384	0.3401	-0.0366	-0.0492	0.3404	0.0395	0.2304	-11.3911	12.1607	-39.7022
20	1.8515	0.069	2.2209	3.0153	-2.6589	4.7826	-0.0305	0.0229	-0.2177	-0.1225	0.1314	-0.135	0.0983	0.2293	0.0426	0.238	0.0185	0.0165	0.4145	-0.0127	0.2489	-0.3193	9.194	-31.3929
21	4.5416	1.5578	0.0228	3.8264	-1.225	2.8697	0.5149	0.4744	0.4275	-0.0164	-0.3234	-0.18	0.4017	0.1499	-0.0845	0.3928	0.0888	0.0918	0.2648	0.0385	0.382	-12.7517	-6.7841	-20.75
22	8.4622	1.2219	1.5839	2.0536	-0.393	3.156	0.2452	0.8005	-1.3974	-0.4764	0.0268	-0.2068	0.6133	0.1022	-0.2709	0.5036	-0.0319	0.0229	0.2213	-0.0867	0.2836	-14.2098	-16.0735	-17.1877
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25	2.2392	-0.7662	-1.1116	1.9572	1.1918	3.1124	-0.1928	-0.7485	0.1816	0.2594	0.215	-0.2473	-0.2573	0.9103	-0.0257	0.2447	-0.0899	-0.0529	0.3418	-0.0511	0.3233	0.3048	6.8417	15.995
26	3.4959	-0.0879	-2.8823	1.0944	-0.2517	2.8503	0.3019	-1.0789	0.7794	0.0199	-0.311	0.1952	-0.4035	-0.0781	-0.112	0.5171	-0.1535	0.0531	0.5902	-0.209	0.4639	-11.2357	9.4172	28.4816
27	2.1227	0.2469	0.1584	1.7463	0.1734	2.0887	-0.1097	-0.3361	0.2825	0.1223	-0.0014	0.0819	-0.037	-0.0621	-0.0274	0.2301	-0.0046	0.0048	0.2913	-0.0285	0.299	-22.139	-3.9296	20.011
28	2.6365	2.4621	-0.8686	3.1574	-1.1451	1.2568	-0.1757	0.2698	-0.1649	-0.2059	0.2346	-0.0758	0.2392	-0.1518	-0.0073	0.1935	-0.0106	-0.0094	0.2527	0.0368	0.3279	-30.8362	-14.6695	12.5815
29	3.4778	0.1749	0.0391	2.2332	1.4965	1.0832	-0.1715	-0.9974	0.6163	0.2725	0.1145	0.286	-0.2979	0.0898	0.0269	0.3246	-0.0053	0.007	0.5383	-0.1006	0.3565	-20.315	0.3621	27.7082
30	3.1214	0.4939	-1.0111	5.2447	-1.6311	4.2219	0.0728	-0.0972	0.3227	0.0656	0.4624	0.4037	-0.479	-0.565	-0.1587	0.2548	0.0151	0.0645	0.3363	-0.0183	0.3174	-17.9655	1.1023	20.1962
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34	0.8706	0.4965	-0.0834	1.7664	-0.1182	2.7909	-0.0648	-0.0187	-0.0817	0.0402	0.0442	-0.0467	-0.0714	0.1068	-0.0101	0.1486	-0.0123	0.0235	0.1778	-0.0033	0.2159	-8.5884	-1.7703	8.2103
35	1.9039	1.0924	-0.3253	0.9491	-0.7419	0.9077	-0.1112	0.3471	0.0903	-0.2082	0.1004	0.0959	0.0931	-0.3938	-0.013	0.2161	-0.0284	-0.012	0.1865	0.0335	0.2514	-24.9574	-11.0768	4.4683
36	5.193	0.2354	-0.4195	4.2096	1.8185	1.181	-0.2456	0.0244	0.3533	0.3837	0.0566	0.9857	-0.3329	-0.8271	-0.1802	0.2951	0.0044	0.0857	0.4072	0.0662	0.4958	-37.3687	-9.042	17.5519
37	2.4519	0.0311	0.6848	2.9151	-0.3989	2.695	-0.1119	-0.3851	0.0339	-0.4804	0.4469	0.1354	0.3707	-0.2709	-0.1169	0.2665	-0.0445	-0.0096	0.2697	0.0639	0.2315	-22.8904	-13.4894	4.955
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39	1.4531	0.9288	0.7469	1.7906	-0.5498	1.8383	-0.1027	-0.0792	0.3288	-0.1845	-0.0721	-0.0442	0.0474	-0.0224	-0.0056	0.2192	-0.0113	0.0289	0.182	-0.0389	0.2411	-8.3295	-0.2666	1.7891
40	1.0963	-0.1376	-0.3963	0.9521	-0.8729	1.9972	-0.0172	-0.0663	-0.1208	-0.0612	0.023	0.0109	0.0646	0.3365	-0.0666	0.1702	-0.0201	0.0011	0.1859	-0.0071	0.2367	-11.4691	-6.7968	13.4086
41	0.7536	-0.1785	0.9493	2.1118	-2.3803	4.8343	0.0402	-0.0042	0.0524	0.0487	-0.0751	-0.0784	-0.2173	-0.2352	-0.0064	0.2703	0.0107	0.0293	0.2232	-0.0321	0.2719	-12.0177	6.3734	8.2317
42	1.3307	0.9521	0.9882	4.4689	0.4776	3.1529	-0.0218	-0.1284	-0.0105	0.2433	0.298	0.2014	0.3335	0.0247	-0.1812	0.2918	-0.0025	-0.0225	0.2964	-0.0086	0.2829	-21.6745	-2.9068	-11.1372

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:18)	A	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 19:27)	A	19 - 27
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 28:49)	A	28 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 50:62)	A	50 - 62
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 63:73)	A	63 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 74:86)	A	74 - 86
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 87:99)	A	87 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 100:114)	A	100 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 115:135)	A	115 - 135
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 136:154)	A	136 - 154
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 155:165)	A	155 - 165
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 166:178)	A	166 - 178
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 179:195)	A	179 - 195
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 196:215)	A	196 - 215
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 216:234)	A	216 - 234
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 235:245)	A	235 - 245
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 246:265)	A	246 - 265
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 266:276)	A	266 - 276
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 277:286)	A	277 - 286
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 287:294)	A	287 - 294
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain A and resid 295:312)	A	295 - 312
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 1:18)	B	1 - 18
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 19:27)	B	19 - 27
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 28:49)	B	28 - 49
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 50:62)	B	50 - 62
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 63:73)	B	63 - 73
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 74:86)	B	74 - 86
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 87:99)	B	87 - 99
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30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 115:135)	B	115 - 135
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 136:154)	B	136 - 154
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 155:165)	B	155 - 165
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 166:178)	B	166 - 178
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 179:195)	B	179 - 195
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39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 266:276)	B	266 - 276
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 277:286)	B	277 - 286
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain B and resid 287:294)	B	287 - 294
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain B and resid 295:312)	B	295 - 312

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新型コロナ情報

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