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- PDB-7y9a: Crystal structure of sDscam Ig1-2 domains, isoform beta2v6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y9a
タイトルCrystal structure of sDscam Ig1-2 domains, isoform beta2v6
要素Down Syndrome Cell Adhesion Molecules
キーワードCELL ADHESION / cell surface receptor
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Chelicerata (節足動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Chen, Q. / Yu, Y. / Cheng, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for the self-recognition of sDSCAM in Chelicerata.
著者: Cheng, J. / Yu, Y. / Wang, X. / Zheng, X. / Liu, T. / Hu, D. / Jin, Y. / Lai, Y. / Fu, T.M. / Chen, Q.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code / _pdbx_initial_refinement_model.source_name / _pdbx_initial_refinement_model.type
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Down Syndrome Cell Adhesion Molecules
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0893
ポリマ－21,3311
非ポリマー1,7582
水27015
1
A: Down Syndrome Cell Adhesion Molecules
ヘテロ分子

A: Down Syndrome Cell Adhesion Molecules
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1776
ポリマ－42,6622
非ポリマー3,5154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5760 Å2
ΔGint59 kcal/mol
Surface area22800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.256, 49.018, 82.024
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.663, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Down Syndrome Cell Adhesion Molecules


分子量: 21331.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chelicerata (節足動物) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-3) ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-3)][beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 878.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-3][LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3-2/a3-b1_a4-c1_a6-e1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][b-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH7.0, 20 % (w/v) PEG 6,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 8315 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / CC1/2: 0.971 / CC star: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 1.477 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 50140
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.545.10.2113740.9730.9930.0990.2340.95389.7
2.54-2.5950.223920.9670.9920.1040.2440.9395.1
2.59-2.645.20.1994110.9690.9920.0950.2221.00996.9
2.64-2.695.30.1824040.9810.9950.0840.2011.23296
2.69-2.755.30.1734020.9870.9970.0810.1921.16599.5
2.75-2.825.30.1664220.9880.9970.0760.1831.16399.8
2.82-2.8960.1664080.9730.9930.0760.1831.108100
2.89-2.966.30.1484230.9920.9980.0630.1621.214100
2.96-3.056.30.1444120.9910.9980.0630.1581.223100
3.05-3.156.50.1214200.9940.9980.0520.1321.331100
3.15-3.266.40.1114130.9940.9990.0480.1211.232100
3.26-3.396.10.114280.9880.9970.0490.121.525100
3.39-3.556.20.1054120.990.9970.0460.1151.677100
3.55-3.736.80.0934250.9960.9990.0390.1011.583100
3.73-3.976.60.0864230.9940.9980.0360.0941.736100
3.97-4.276.60.0754210.9960.9990.0320.0811.816100
4.27-4.76.20.0734220.9930.9980.0330.0811.853100
4.7-5.386.80.0714240.9950.9990.0290.0771.788100
5.38-6.786.20.0694310.9950.9990.030.0761.684100
6.78-506.10.0684480.9960.9990.0290.0752.58999.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DMK

3dmk


解像度: 2.51→26.88 Å / SU ML: 0.4202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 32.9393
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2785 418 5.05 %
Rwork0.2413 7867 -
obs0.2432 8285 97.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→26.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1474 0 118 15 1607
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00631627
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08122227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0746294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052263
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.4936974
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.870.35921280.30732506X-RAY DIFFRACTION94.14
2.87-3.620.32791430.26532649X-RAY DIFFRACTION99.89
3.62-26.880.23671470.21412712X-RAY DIFFRACTION99.51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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