+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7y4x | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of sDscam Ig1 domain, isoform alpha7 | ||||||
![]() | Down syndrome cell adhesion molecule | ||||||
![]() | CELL ADHESION / cell surface receptor | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, Q. / Yu, Y. / Cheng, J. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for the self-recognition of sDSCAM in Chelicerata. Authors: Cheng, J. / Yu, Y. / Wang, X. / Zheng, X. / Liu, T. / Hu, D. / Jin, Y. / Lai, Y. / Fu, T.M. / Chen, Q. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 53.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 35.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1018 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1018.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 11.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7y54C ![]() 7y5jC ![]() 7y5rC ![]() 7y6eC ![]() 7y6oC ![]() 7y73C ![]() 7y8hC ![]() 7y8iC ![]() 7y8sC ![]() 7y95C ![]() 7y9aC ![]() 6zr7S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 10888.456 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Sugar | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.43 Å3/Da / Density % sol: 64.19 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.0, 25% PEG 3,350, 5% Jeffamine M-600 pH7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 5, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97855 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.95→50 Å / Num. obs: 6793 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 24.3 % / CC1/2: 0.965 / CC star: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.214 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 164824 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6zr7 Resolution: 2.952→32.714 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.62 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.952→32.714 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|