PDB-7y5j: Crystal structure of sDscam Ig1 domain, isoform alpha1v7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y5j

タイトル

Crystal structure of sDscam Ig1 domain, isoform alpha1v7

要素

Down Syndrome Cell Adhesion Molecules

キーワード

CELL ADHESION / cell surface receptor

生物種

Chelicerata (節足動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Chen, Q. / Yu, Y. / Cheng, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for the self-recognition of sDSCAM in Chelicerata.
著者: Cheng, J. / Yu, Y. / Wang, X. / Zheng, X. / Liu, T. / Hu, D. / Jin, Y. / Lai, Y. / Fu, T.M. / Chen, Q.

履歴

登録	2022年6月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y5j.cif.gz	72.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y5j.ent.gz	53.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7y5j_validation.pdf.gz	412.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y5j_full_validation.pdf.gz	413 KB	表示
XML形式データ	7y5j_validation.xml.gz	7.6 KB	表示
CIF形式データ	7y5j_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/7y5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/7y5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7y4xC 7y54C 7y5rC 7y6eC 7y6oC 7y73C 7y8hC 7y8iC 7y8sC 7y95C 7y9aC 6zr7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Down Syndrome Cell Adhesion Molecules

11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.773, 64.773, 113.046
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-237- HOH
2	1	A-241- HOH

#1: タンパク質	Down Syndrome Cell Adhesion Molecules 分子量: 11237.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chelicerata (節足動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.62 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1 M Sodium citrate tribasic, 100 mM Sodium cacodylate/ Hydrochloric acid pH6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 19264 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37.8 % / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.094 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 727817

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	35.9	1.016	940	0.936	0.171	1.031	0.965	100
1.63-1.66	39.1	0.855	939	0.957	0.138	0.867	0.977	100
1.66-1.69	39.3	0.731	933	0.965	0.118	0.741	1.032	100
1.69-1.72	39.1	0.568	926	0.982	0.092	0.576	1.046	100
1.72-1.76	38.4	0.53	944	0.982	0.086	0.537	1.043	100
1.76-1.8	37	0.406	946	0.99	0.067	0.412	1.102	100
1.8-1.85	37.5	0.327	940	0.991	0.054	0.332	1.122	100
1.85-1.9	38.9	0.262	940	0.999	0.043	0.266	1.184	100
1.9-1.95	39.6	0.213	952	0.996	0.035	0.216	1.196	100
1.95-2.02	39.1	0.18	948	0.997	0.029	0.182	1.207	100
2.02-2.09	38.6	0.16	949	0.998	0.026	0.162	1.18	100
2.09-2.17	36.5	0.142	949	0.997	0.024	0.144	1.122	100
2.17-2.27	37.6	0.13	947	0.997	0.021	0.132	1.074	100
2.27-2.39	39.5	0.116	973	0.998	0.019	0.118	0.986	100
2.39-2.54	38.8	0.109	959	0.998	0.018	0.111	0.96	100
2.54-2.74	37.7	0.098	974	0.999	0.016	0.099	0.897	100
2.74-3.01	36.8	0.092	978	0.998	0.015	0.093	0.916	100
3.01-3.45	38.7	0.087	990	0.996	0.014	0.088	0.932	100
3.45-4.34	35.3	0.081	1023	0.998	0.014	0.082	0.934	100
4.34-50	33.4	0.065	1114	0.999	0.011	0.066	0.737	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZR7

6zr7

解像度: 1.6→21.202 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2141	920	4.79 %
R_work	0.1891	18272	-
obs	0.1903	19192	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.29 Å² / B_iso mean: 24.901 Å² / B_iso min: 5.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→21.202 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	753	0	0	156	909
B_iso mean	-	-	-	33	-
残基数	-	-	-	-	95

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.6-1.6842	0.2761	121	0.2374	2537
1.6842-1.7897	0.233	121	0.219	2569
1.7897-1.9278	0.2194	137	0.208	2548
1.9278-2.1216	0.2358	122	0.1813	2586
2.1216-2.4282	0.2196	144	0.1866	2577
2.4282-3.0579	0.2147	145	0.2013	2633
3.0579-21.202	0.1863	130	0.1678	2822

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3453	0.6508	-0.0679	2.7053	-0.8019	5.5301	-0.0696	0.1174	-0.2813	0.0545	0.0714	0.0185	0.18	-0.1937	-0.0097	0.1118	-0.0373	0.0227	0.0298	-0.0125	0.1181	18.7243	-22.3974	-5.2269
2	1.7444	-0.2868	0.0589	0.8285	-1.7072	3.6988	-0.0068	-0.0449	0.2686	-0.0824	0.0797	0.1186	-0.2241	-0.1146	-0.0053	0.2062	-0.0287	-0.019	0.0375	0.0161	0.0992	19.9949	-11.3347	-7.1715
3	7.0504	-3.2367	-7.4091	5.0072	2.5075	9.464	-0.1566	-0.2302	0.0767	0.0944	-0.0118	-0.3408	0.0817	0.7671	0.1841	0.064	-0.048	0.0213	0.1017	0.0208	0.128	28.6675	-14.8243	-9.1892
4	2.1108	-0.0177	-0.5298	1.6314	-0.7708	4.0173	0.0345	-0.2055	0.0015	0.1257	-0.0211	0.0242	-0.0005	-0.0851	0.0177	0.0946	-0.0316	0.0179	0.0416	0.0018	0.0643	18.9403	-17.3243	-0.5341
5	1.2894	1.7222	-1.5407	4.8172	-4.7655	5.4994	-0.1698	0.1543	0.133	-0.2359	0.0474	0.2574	0.0356	-0.1105	-0.2449	0.2214	-0.0604	-0.0323	0.0737	0.0874	0.1426	15.2294	-11.0098	-15.1478
6	1.9361	-0.3824	1.3117	2.7115	0.1289	4.7809	0.0481	-0.4957	-0.4324	0.2957	-0.015	0.143	0.3825	-0.1551	0.0384	0.1202	-0.0504	0.1154	0.1631	0.0727	0.1399	12.1835	-23.8475	4.7589

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:26)	A	2 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 27:50)	A	27 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 51:57)	A	51 - 57
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 58:77)	A	58 - 77
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 78:90)	A	78 - 90
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 91:95)	A	91 - 95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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