+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7y54 | ||||||
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Title | Crystal structure of sDscam Ig1 domain, isoform alpha1 | ||||||
Components | Down Syndrome Cell Adhesion Molecules | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / cell surface receptor | ||||||
Biological species | Chelicerata (chelicerates) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.787 Å | ||||||
Authors | Chen, Q. / Yu, Y. / Cheng, J. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023 Title: Structural basis for the self-recognition of sDSCAM in Chelicerata. Authors: Cheng, J. / Yu, Y. / Wang, X. / Zheng, X. / Liu, T. / Hu, D. / Jin, Y. / Lai, Y. / Fu, T.M. / Chen, Q. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7y54.cif.gz | 70.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7y54.ent.gz | 50.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7y54.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/7y54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/7y54 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7y4xC 7y5jC 7y5rC 7y6eC 7y6oC 7y73C 7y8hC 7y8iC 7y8sC 7y95C 7y9aC 6zr7S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 11023.512 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chelicerata (chelicerates) / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 40% isopropanol, 100 mM Imidazole pH 6.5, 15% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 5, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.787→50 Å / Num. obs: 10665 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.4 % / CC1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 8.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.787→1.83 Å / Num. unique obs: 508 / CC1/2: 0.94 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6ZR7 Resolution: 1.787→20.686 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / Phase error: 23.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.4 Å2 / Biso mean: 22.4558 Å2 / Biso min: 8.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.787→20.686 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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