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- PDB-7y6o: Crystal structure of sDscam Ig1-3 domains, isoform alpha25 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y6o
タイトルCrystal structure of sDscam Ig1-3 domains, isoform alpha25
要素Down Syndrome Cell Adhesion Molecules
キーワードCELL ADHESION / cell surface receptor
生物種Chelicerata (節足動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.102 Å
データ登録者Chen, Q. / Yu, Y. / Cheng, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for the self-recognition of sDSCAM in Chelicerata.
著者: Cheng, J. / Yu, Y. / Wang, X. / Zheng, X. / Liu, T. / Hu, D. / Jin, Y. / Lai, Y. / Fu, T.M. / Chen, Q.
履歴
登録2022年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Down Syndrome Cell Adhesion Molecules
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7582
ポリマ－32,5371
非ポリマー2211
水00
1
A: Down Syndrome Cell Adhesion Molecules
ヘテロ分子

A: Down Syndrome Cell Adhesion Molecules
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5164
ポリマ－65,0742
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_455y-1/3,x+1/3,-z+1/31
Buried area3710 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area31150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.484, 117.484, 171.494
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Down Syndrome Cell Adhesion Molecules


分子量: 32536.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chelicerata (節足動物) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M KSCN, 15% (w/v) PEG 2,000, 0.1 M Glycine, 0.1 M Bis-Tris pH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 8498 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16 % / CC1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 135929
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1-3.1712.20.9175650.9030.9740.2610.9570.93599.6
3.17-3.2514.20.715380.9640.9910.1910.7360.98299.8
3.25-3.34150.6685610.9510.9870.1760.6910.96100
3.34-3.4416.40.5075560.980.9950.1280.5231.053100
3.44-3.5517.40.3895690.9890.9970.0960.4011.054100
3.55-3.6817.40.3085580.9940.9980.0760.3171.007100
3.68-3.8217.10.245500.9960.9990.0590.2471.054100
3.82-416.40.1895640.9940.9980.0480.1951.036100
4-4.2115.80.1525700.9930.9980.0390.1571.05100
4.21-4.4717.20.1335620.9950.9990.0330.1371.126100
4.47-4.8217.20.1215590.9960.9990.030.1241.108100
4.82-5.316.30.1135760.9960.9990.0280.1161.061100
5.3-6.0616.40.0985740.99810.0250.1020.92100
6.06-7.6416.50.0945770.9970.9990.0240.0970.816100
7.64-5014.70.0886190.9960.9990.0240.0910.81699.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZR7

6zr7


解像度: 3.102→33.915 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2874 354 4.72 %
Rwork0.2511 --
obs0.2529 7501 88.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.102→33.915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2234 0 14 0 2248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042295
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7633119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.523845
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.107360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003401
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.102-3.55020.3795900.30051743X-RAY DIFFRACTION66
3.5502-4.47130.28221110.24812679X-RAY DIFFRACTION100
4.4713-33.9150.25841530.23742725X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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