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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y22 | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of Klebsiella phage Kp7 tail complex applied with C6 symmetry | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Complex / Podophage / short non-contractile tail | ||||||
生物種 | Klebsiella phage Kp7 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, L. / Xiang, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure and assembly of the Klebsiella pneumoniae phage tail fibers 著者: Huang, L. / Xiang, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7y22.cif.gz | 449.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7y22.ent.gz | 364.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7y22.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7y22_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7y22_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7y22_validation.xml.gz | 102.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7y22_validation.cif.gz | 152.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/7y22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/7y22 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58339.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage Kp7 (ファージ) #2: タンパク質 | 分子量: 27228.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage Kp7 (ファージ) #3: タンパク質 | | 分子量: 87904.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage Kp7 (ファージ) #4: タンパク質 | 分子量: 36062.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage Kp7 (ファージ) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Klebsiella phage Kp7 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Klebsiella phage Kp7 (ファージ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Klebsiella pneumoniae ATCC 43816 |
ウイルス殻 | 直径: 600 nm / 三角数 (T数): 7 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 横: 3710 / 縦: 3710 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.0.8 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26075 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | B value: 47 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |