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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xyy | ||||||
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タイトル | TRIM E3 ubiquitin ligase WT | ||||||
![]() | Tripartite motif-containing protein 72 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / TRIM / Tripartite motif / Ubiquitin ligase / Coiled coil / B-box / PRY-SPRY / LIGASE / METAL BINDING PROTEIN / TRIM72 / MG53 | ||||||
機能・相同性 | ![]() muscle system process / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of myotube differentiation / vesicle budding from membrane / plasma membrane repair / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / ubiquitin conjugating enzyme binding / muscle organ development / phosphatidylserine binding / exocytosis ...muscle system process / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of myotube differentiation / vesicle budding from membrane / plasma membrane repair / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / ubiquitin conjugating enzyme binding / muscle organ development / phosphatidylserine binding / exocytosis / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle membrane / protein homooligomerization / sarcolemma / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / zinc ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Park, S.H. / Song, H.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and activation of the RING E3 ubiquitin ligase TRIM72 on the membrane. 著者: Si Hoon Park / Juhyun Han / Byung-Cheon Jeong / Ju Han Song / Se Hwan Jang / Hyeongseop Jeong / Bong Heon Kim / Young-Gyu Ko / Zee-Yong Park / Kyung Eun Lee / Jaekyung Hyun / Hyun Kyu Song / ![]() ![]() ![]() 要旨: Defects in plasma membrane repair can lead to muscle and heart diseases in humans. Tripartite motif-containing protein (TRIM)72 (mitsugumin 53; MG53) has been determined to rapidly nucleate vesicles ...Defects in plasma membrane repair can lead to muscle and heart diseases in humans. Tripartite motif-containing protein (TRIM)72 (mitsugumin 53; MG53) has been determined to rapidly nucleate vesicles at the site of membrane damage, but the underlying molecular mechanisms remain poorly understood. Here we present the structure of Mus musculus TRIM72, a complete model of a TRIM E3 ubiquitin ligase. We demonstrated that the interaction between TRIM72 and phosphatidylserine-enriched membranes is necessary for its oligomeric assembly and ubiquitination activity. Using cryogenic electron tomography and subtomogram averaging, we elucidated a higher-order model of TRIM72 assembly on the phospholipid bilayer. Combining structural and biochemical techniques, we developed a working molecular model of TRIM72, providing insights into the regulation of RING-type E3 ligases through the cooperation of multiple domains in higher-order assemblies. Our findings establish a fundamental basis for the study of TRIM E3 ligases and have therapeutic implications for diseases associated with membrane repair. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 392.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 272.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 603.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 639.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999918096518, 8.77402917676E-5, -0.0127981466755), (0.000358888102215, -0.999391044431, -0.0348914246087), (-0.0127934145566, -0.0348931599821, 0.999309159335) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999918096518, 8.77402917676E-5, -0.0127981466755), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52808.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.8 M NaCl, 8% (v/v) Ethanol |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 7.1→50 Å / Num. obs: 5511 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 331.08 Å2 / CC1/2: 0.974 / CC star: 0.993 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 7.1→7.22 Å / Num. unique obs: 251 / CC1/2: 0.561 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7XV2 解像度: 7.1→49.03 Å / SU ML: 1.2948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.6623 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 295.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 7.1→49.03 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.12145693467 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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