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- PDB-7x0p: Crystal structure of sugar binding protein CbpD from Clostridium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x0p
タイトルCrystal structure of sugar binding protein CbpD from Clostridium thermocellum
要素CbpD
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / ABC-transporter / substrate binding protein / cellodextrin
機能・相同性Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Periplasmic binding protein-like I / Peripla_BP_4 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Dong, S. / Yao, X. / Feng, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070125 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170051 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171203 中国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Deciphering Cellodextrin and Glucose Uptake in Clostridium thermocellum.
著者: Yan, F. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Yao, X. / Chen, C. / Xiao, Y. / Bayer, E.A. / Shoham, Y. / You, C. / Cui, Q. / Feng, Y.
履歴
登録2022年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CbpD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5001
ポリマ－37,5001
非ポリマー00
水6,539363
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.910, 63.170, 69.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-442-

HOH

21A-496-

HOH

31A-529-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CbpD / Peripla_BP_4 domain-containing protein


分子量: 37500.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / JCM 9322 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372
遺伝子: Cthe_2446 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DI69
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M Sodium acetate, pH 4.5, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→33.467 Å / Num. obs: 86939 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 1.925 % / Biso Wilson estimate: 19.48 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 167390 / Scaling rejects: 32
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.541.9370.5131.9112483676764430.6850.68595.2
1.54-1.581.9460.4222.2912416669463800.7660.56495.3
1.58-1.631.9460.3522.8111951641161400.8050.47295.8
1.63-1.681.9430.283.4811634624459880.8710.37795.9
1.68-1.731.9440.2324.2511269602957960.9010.31396.1
1.73-1.791.9460.1655.410946585456260.9470.22296.1
1.79-1.861.9430.1356.7310556564554330.960.18296.2
1.86-1.941.9270.1028.69889544751320.9790.13994.2
1.94-2.021.9350.07510.429720523050240.9880.10296.1
2.02-2.121.930.05912.479213498647730.9920.0895.7
2.12-2.241.9250.05214.68725478845320.9910.07194.7
2.24-2.371.920.04716.447922448441260.9920.06492
2.37-2.541.9240.03917.37748419240270.9940.05496.1
2.54-2.741.9080.03618.827184393337650.9950.0595.7
2.74-31.9020.03520.636523361534300.9950.04794.9
3-3.351.8870.03122.285821329330840.9950.04393.7
3.35-3.871.8360.02922.974725284425740.9950.0490.5
3.87-4.741.8780.02623.854225244922500.9950.03691.9
4.74-6.711.8710.02423.523303186017650.9960.03494.9
6.71-33.4671.7470.02323113710396510.9960.03362.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XSS

5xss


解像度: 1.5→33.467 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 3857 4.44 %
Rwork0.1698 83062 -
obs0.1711 86919 94.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.52 Å2 / Biso mean: 36.4131 Å2 / Biso min: 10.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→33.467 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2341 0 0 363 2704
Biso mean---40.4 -
残基数----311
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5-1.51820.34181390.2965302695
1.5182-1.53750.29821300.2835289195
1.5375-1.55770.26011380.2697299495
1.5577-1.5790.30761390.2575305796
1.579-1.60160.24581380.2538291795
1.6016-1.62550.24781430.2395308796
1.6255-1.65090.23971360.2316291396
1.6509-1.6780.22831410.2256305896
1.678-1.70690.21621400.2198300996
1.7069-1.73790.2461360.212303696
1.7379-1.77140.24441390.2162295896
1.7714-1.80750.261430.2128307596
1.8075-1.84680.2391380.2091294596
1.8468-1.88980.26311440.225308396
1.8898-1.9370.2091280.2056283893
1.937-1.98940.24541450.2054302996
1.9894-2.04790.18751460.1765306896
2.0479-2.1140.1781360.1803291695
2.114-2.18950.20971410.1735304996
2.1895-2.27720.24331320.1746278190
2.2772-2.38080.17861370.1678296295
2.3808-2.50630.23021390.1663302196
2.5063-2.66330.21221390.1619300396
2.6633-2.86880.19081390.158296795
2.8688-3.15730.22491420.1514301895
3.1573-3.61370.16871320.1423286392
3.6137-4.5510.16021330.1169286192
4.551-33.40.13981240.1473263784
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8210.4018-1.01281.4356-0.71772.30720.3379-1.36250.33470.4339-0.25270.0407-0.17940.6915-0.02780.3599-0.14470.02030.7021-0.15570.181510.444-10.93627.843
23.463-0.8747-2.30655.69111.61095.52870.7055-0.37811.4690.14740.15581.1617-0.8061-0.7063-0.21380.32430.02690.21070.3418-0.03510.5909-3.234-10.24825.563
34.81480.3382-4.06284.55881.2165.61460.62290.14750.8853-0.11240.18110.8735-0.4907-0.4781-0.6770.31940.00210.06590.1911-0.00790.3981-4.273-4.31724.498
42.9297-0.1569-1.03832.23660.971.98210.0092-0.0021-0.0763-0.1674-0.0148-0.1567-0.05130.1709-0.0050.11330.0157-0.01020.11960.03280.13438.46-9.4959.509
51.5076-0.11310.03661.98090.25621.63310.0011-0.0025-0.19770.0425-0.02330.00210.1380.06270.02760.10280.0042-0.0060.09650.02420.17319.087-26.276-0.81
62.00060.0198-0.18722.82850.91551.7472-0.0038-0.2213-0.37940.20570.0406-0.24210.2030.3245-0.06270.13270.0277-0.03540.19570.06070.217716.586-29.4226.324
71.74221.0085-0.81422.44120.97553.30620.5724-1.30540.62410.1407-0.2353-0.4179-0.50210.7753-0.21750.2549-0.1788-0.01010.5283-0.17640.207915.685-10.77618.273
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 58:132 )A58 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 133:154 )A133 - 154
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 155:171 )A155 - 171
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 172:202 )A172 - 202
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 203:271 )A203 - 271
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 272:305 )A272 - 305
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 306:350 )A306 - 350

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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