PDB-7x0k: Crystal structure of sugar binding protein CbpB complexed wtih ce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x0k

タイトル

Crystal structure of sugar binding protein CbpB complexed wtih cellotriose from Clostridium thermocellum

要素

CpbB

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / ABC-transporter / substrate binding protein / cellodextrin

機能・相同性

beta-cellotriose

機能・相同性情報

生物種

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Dong, S. / Yao, X. / Feng, Y.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32070125	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32170051	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32171203	中国

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Deciphering Cellodextrin and Glucose Uptake in Clostridium thermocellum.
著者: Yan, F. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Yao, X. / Chen, C. / Xiao, Y. / Bayer, E.A. / Shoham, Y. / You, C. / Cui, Q. / Feng, Y.

履歴

登録	2022年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x0k.cif.gz	474.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x0k.ent.gz	396 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7x0k_validation.pdf.gz	963.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x0k_full_validation.pdf.gz	965.5 KB	表示
XML形式データ	7x0k_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	7x0k_validation.cif.gz	59.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7x0gC 7x0hC 7x0iC 7x0jC 7x0lC 7x0mC 7x0nC 7x0oC 7x0pC 7x0qC 7x0rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CpbB

B: CpbB

ヘテロ分子

92.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CpbB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
46.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CpbB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.440, 44.150, 113.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.980, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

CpbB

分子量: 45855.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotriose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 943 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 M Ammonium phosphate monobasic, pH 4.6, 22% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→40.958 Å / Num. obs: 136991 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.485 % / B_iso Wilson estimate: 17.8 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_rim(I) all: 0.133 / Χ²: 1.099 / Net I/σ(I): 6.88

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74	3.497	0.809	1.54	35291	10539	10092	0.603	0.95	95.8
1.74-1.79	3.368	0.676	1.79	33366	10388	9906	0.675	0.798	95.4
1.79-1.84	3.275	0.544	2.17	31307	10075	9560	0.734	0.648	94.9
1.84-1.9	3.553	0.44	2.89	33232	9716	9354	0.826	0.516	96.3
1.9-1.96	3.59	0.352	3.59	32783	9489	9132	0.893	0.411	96.2
1.96-2.03	3.502	0.28	4.31	30824	9132	8803	0.924	0.329	96.4
2.03-2.11	3.445	0.224	5.22	29439	8921	8546	0.945	0.263	95.8
2.11-2.19	3.258	0.188	5.85	25553	8426	7843	0.959	0.223	93.1
2.19-2.29	3.538	0.166	6.9	28032	8191	7924	0.967	0.195	96.7
2.29-2.4	3.566	0.152	7.45	26732	7766	7497	0.974	0.178	96.5
2.4-2.53	3.545	0.128	8.51	25259	7383	7125	0.979	0.15	96.5
2.53-2.69	3.519	0.115	9.28	23666	7032	6725	0.982	0.136	95.6
2.69-2.87	3.351	0.097	10.23	20549	6609	6132	0.984	0.116	92.8
2.87-3.1	3.622	0.088	11.93	21561	6118	5953	0.988	0.103	97.3
3.1-3.4	3.556	0.078	13.34	19449	5663	5470	0.99	0.091	96.6
3.4-3.8	3.543	0.073	14.5	17034	5074	4808	0.989	0.085	94.8
3.8-4.39	3.422	0.067	14.97	14269	4512	4170	0.99	0.078	92.4
4.39-5.38	3.681	0.067	15.97	13565	3790	3685	0.991	0.078	97.2
5.38-7.6	3.635	0.072	15.89	10014	2940	2755	0.989	0.084	93.7
7.6-40.958	3.617	0.073	16.96	5451	1597	1507	0.989	0.086	94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→40.958 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2156	3852	2.81 %
R_work	0.1796	133139	-
obs	0.1806	136991	95.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.61 Å² / B_iso mean: 21.8061 Å² / B_iso min: 6.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→40.958 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6293	0	132	943	7368
B_iso mean	-	-	18.98	29.32	-
残基数	-	-	-	-	813

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7-1.7207	0.2918	134	0.2685	4666	96
1.7207-1.7425	0.3156	128	0.2601	4796	96
1.7425-1.7655	0.3284	157	0.2637	4772	96
1.7655-1.7896	0.3085	126	0.2507	4726	95
1.7896-1.8152	0.2684	150	0.2434	4633	94
1.8152-1.8423	0.2811	131	0.2354	4885	96
1.8423-1.8711	0.2556	141	0.2163	4732	96
1.8711-1.9018	0.224	154	0.2088	4744	96
1.9018-1.9346	0.2394	131	0.2029	4861	96
1.9346-1.9697	0.2538	134	0.1986	4687	96
1.9697-2.0076	0.2586	135	0.2018	4883	97
2.0076-2.0486	0.227	124	0.1862	4788	97
2.0486-2.0931	0.2326	159	0.1828	4779	96
2.0931-2.1418	0.2424	131	0.1806	4674	95
2.1418-2.1954	0.2344	127	0.1853	4588	92
2.1954-2.2547	0.2116	135	0.1716	4801	97
2.2547-2.3211	0.2195	138	0.1722	4900	97
2.3211-2.396	0.1913	139	0.1713	4749	96
2.396-2.4816	0.2256	132	0.1682	4806	96
2.4816-2.581	0.2215	147	0.1689	4838	97
2.581-2.6984	0.2099	149	0.1728	4659	95
2.6984-2.8406	0.2436	129	0.1781	4605	92
2.8406-3.0186	0.2053	147	0.182	4831	97
3.0186-3.2515	0.2169	122	0.1687	4838	97
3.2515-3.5786	0.1801	149	0.1583	4796	96
3.5786-4.096	0.1533	129	0.1482	4602	92
4.096-5.1589	0.195	140	0.1477	4779	97
5.1589-40.9	0.1945	134	0.1882	4721	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4767	0.1252	-1.9075	1.3146	0.7675	2.6334	-0.268	0.2107	-0.2596	0.0392	-0.2002	-0.0507	0.4602	0.0336	0.429	0.1653	0.0135	0.0174	0.1064	0.0032	0.1958	-15.0934	6.4248	37.4875
2	1.1121	0.3806	0.2908	1.6379	1.1586	1.9713	0.0382	0.1899	-0.1552	-0.2056	0.0605	-0.0259	0.0153	0.027	-0.1141	0.2101	-0.0023	0.0052	0.1891	-0.0163	0.1711	20.2234	28.111	9.0598
3	1.9014	0.4009	-0.0023	2.7166	-0.0964	2.4258	-0.0389	0.1953	0.1031	-0.1782	0.0944	0.1988	-0.2417	-0.1766	-0.0442	0.1405	0.0133	-0.0007	0.1631	0.0164	0.1434	5.896	32.0777	12.9894
4	0.4415	0.2219	0.1366	1.4075	-0.8864	2.0408	0.0495	0.1161	0.0002	-0.135	-0.0303	0.1065	0.1164	0.0762	-0.0505	0.0856	-0	0.0098	0.1145	-0.0359	0.1407	9.7319	19.3775	24.3632
5	0.896	0.1932	0.0345	1.9101	-0.3304	1.5815	-0.0431	-0.0697	-0.1698	0.1058	-0.0043	-0.3725	0.1751	0.2301	0.0541	0.1218	0.032	-0.0005	0.1649	-0.0039	0.186	17.0063	11.9727	41.8983
6	1.2055	-0.1087	-0.4177	0.9054	0.1806	0.7849	0.0278	0.0172	-0.0241	-0.0468	-0.0414	-0.0924	0.0765	0.0827	0.0056	0.0984	0.0021	0.0052	0.1158	0.004	0.1203	13.8095	19.4053	35.1972
7	1.3956	0.1349	0.0885	2.7255	-0.9169	2.1362	0.0178	0.1789	0.0785	-0.3426	0.0827	0.0781	-0.0553	0.0391	-0.0839	0.1512	-0.0164	0.0067	0.1105	-0.0039	0.095	11.7482	25.3513	6.7747
8	0.4383	-0.1289	-0.0715	0.039	0.0563	1.004	-0.0157	0.0124	-0.0339	-0.0176	0.0453	-0.0361	0.0222	0.0791	-0.0292	0.1204	0.0048	0.0096	0.1376	0.004	0.1705	8.977	20.729	25.997
9	2.5389	-1.6852	0.5008	2.0567	-1.4079	1.8217	0.1336	-0.0154	0.2347	-0.1783	-0.0208	-0.1487	0.0582	0.0944	-0.0549	0.2071	-0.0406	0.0086	0.1956	-0.0611	0.208	10.1439	35.9912	45.1815
10	1.7997	-0.1001	0.1221	1.2342	-0.1352	1.3239	0.0625	0.2061	0.0613	-0.1732	-0.0473	0.0392	0.0784	0.0106	-0.0155	0.1497	0.0048	-0.0003	0.138	-0.0047	0.0866	-28.2162	25.979	13.5872
11	0.4018	0.0984	0.1732	0.5685	0.4298	1.9498	0.0221	0.0898	0.0304	-0.115	0.0149	0.0128	-0.0058	0.0731	-0.0637	0.0789	0.0047	0.0054	0.0706	0.0203	0.1413	-21.1628	30.7191	29.8298
12	2.0487	0.5379	0.2205	1.0852	0.6248	1.7571	0.0562	0.0496	0.0341	0.0384	-0.0034	0.0408	-0.0157	-0.1031	-0.0593	0.0868	0.0147	0.0082	0.0726	0.0242	0.1048	-24.749	31.0378	50.2289
13	1.0903	-0.6749	-0.074	0.8474	0.1362	0.3383	0.0464	0.0304	0.0297	-0.0343	-0.0404	0.0451	-0.0528	-0.0244	-0.0058	0.1248	-0.0042	-0.0013	0.0951	-0.0009	0.1276	-23.3331	25.9793	39.8703
14	0.9866	-0.0509	-0.0015	1.8866	1.1142	1.7966	0.0274	0.2214	0.0527	-0.3257	-0.0539	0.0077	-0.166	-0.0153	0.0287	0.1405	0.0142	-0.0244	0.1357	0.0147	0.0845	-26.3627	31.7182	11.4496
15	0.1398	-0.1248	0.213	0.2409	-0.5199	0.9031	-0.0188	0.025	0.0282	0.0041	0.0377	0.0376	-0.0064	-0.0725	-0.0195	0.1482	-0.0039	0.0021	0.1165	-0.0005	0.1601	-21.29	26.4322	32.9207

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 436 through 455 )	B	436 - 455
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 103 )	A	49 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 104 through 147 )	A	104 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 148 through 177 )	A	148 - 177
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 178 through 219 )	A	178 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 220 through 332 )	A	220 - 332
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 333 through 369 )	A	333 - 369
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 370 through 427 )	A	370 - 427
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 428 through 454 )	A	428 - 454
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 49 through 147 )	B	49 - 147
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 148 through 177 )	B	148 - 177
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 178 through 218 )	B	178 - 218
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 219 through 332 )	B	219 - 332
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 333 through 369 )	B	333 - 369
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 370 through 435 )	B	370 - 435

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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