PDB-7x0i: Crystal structure of sugar binding protein CbpB from Clostridium ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x0i

タイトル

Crystal structure of sugar binding protein CbpB from Clostridium thermocellum

要素

CbpB

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / ABC-transporter / substrate binding protein / cellodextrin

生物種

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Dong, S. / Yao, X. / Feng, Y.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32070125	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32170051	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32171203	中国

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Deciphering Cellodextrin and Glucose Uptake in Clostridium thermocellum.
著者: Yan, F. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Yao, X. / Chen, C. / Xiao, Y. / Bayer, E.A. / Shoham, Y. / You, C. / Cui, Q. / Feng, Y.

履歴

登録	2022年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	7x0gC 7x0hC 7x0jC 7x0kC 7x0lC 7x0mC 7x0nC 7x0oC 7x0pC 7x0qC 7x0rC C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CbpB

B: CbpB

90.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: CbpB

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CbpB

登録者が定義した集合体
45.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.460, 67.350, 180.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CbpB 分子量: 45245.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 732 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.31 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M Sodium acetate, pH 4.5, 18% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→41.118 Å / Num. obs: 163957 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.85 % / B_iso Wilson estimate: 18.38 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_rim(I) all: 0.133 / Χ²: 1.107 / Net I/σ(I): 12.41 / Num. measured all: 1123151 / Scaling rejects: 718

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74	6.706	0.992	2.09	81592	12215	12167	0.508	1.077	99.6
1.74-1.79	6.893	0.819	3.29	81642	11874	11844	0.739	0.887	99.7
1.79-1.84	7.022	0.658	4.99	81165	11569	11558	0.87	0.711	99.9
1.84-1.9	6.89	0.71	5.74	76112	11139	11046	0.876	0.77	99.2
1.9-1.96	6.621	0.626	7.04	71967	10925	10869	0.895	0.68	99.5
1.96-2.03	6.859	0.349	8.99	71722	10485	10456	0.956	0.378	99.7
2.03-2.11	6.523	0.264	10.33	66347	10179	10172	0.972	0.288	99.9
2.11-2.19	6.595	0.212	11.85	63587	9711	9641	0.978	0.23	99.3
2.19-2.29	7.162	0.189	13.67	66740	9337	9319	0.984	0.204	99.8
2.29-2.4	7.214	0.153	15.03	64518	8966	8944	0.989	0.165	99.8
2.4-2.53	7.118	0.131	15.95	60442	8503	8491	0.991	0.142	99.9
2.53-2.69	7.005	0.111	17.33	56198	8023	8023	0.992	0.12	100
2.69-2.87	6.794	0.093	18.71	51359	7574	7559	0.994	0.101	99.8
2.87-3.1	6.159	0.08	19.29	42628	6998	6921	0.994	0.088	98.9
3.1-3.4	7.221	0.074	22.62	46797	6483	6481	0.995	0.08	100
3.4-3.8	7.185	0.071	24.15	41929	5841	5836	0.996	0.077	99.9
3.8-4.39	7.023	0.067	24.88	36209	5167	5156	0.996	0.072	99.8
4.39-5.38	6.694	0.065	24.71	29140	4355	4353	0.995	0.07	100
5.38-7.6	6.511	0.068	24.34	21474	3367	3298	0.995	0.073	98
7.6-41.118	6.354	0.071	24.6	11583	1841	1823	0.991	0.078	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→41.118 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2022	3818	2.33 %
R_work	0.1651	160126	-
obs	0.166	163944	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.69 Å² / B_iso mean: 31.8072 Å² / B_iso min: 7.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→41.118 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6319	0	0	732	7051
B_iso mean	-	-	-	36.52	-
残基数	-	-	-	-	816

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7-1.7215	0.3554	142	0.3516	6020	100
1.7215-1.7442	0.284	140	0.316	5862	99
1.7442-1.7681	0.3246	157	0.3341	5987	100
1.7681-1.7933	0.3199	143	0.3003	5890	100
1.7933-1.8201	0.217	135	0.2189	6014	100
1.8201-1.8485	0.2268	147	0.2052	5842	100
1.8485-1.8788	0.2588	159	0.2035	5947	100
1.8788-1.9112	0.2902	114	0.2394	5873	99
1.9112-1.946	0.2771	131	0.2223	5915	99
1.946-1.9834	0.267	157	0.1915	5976	100
1.9834-2.0239	0.214	147	0.1756	5890	100
2.0239-2.0679	0.1848	127	0.1735	5985	100
2.0679-2.116	0.2568	145	0.1697	5920	100
2.116-2.1689	0.2086	149	0.1651	5890	99
2.1689-2.2275	0.199	126	0.1612	5921	100
2.2275-2.2931	0.2375	139	0.1647	5952	100
2.2931-2.3671	0.2084	149	0.1531	5934	100
2.3671-2.4517	0.1799	139	0.1494	5931	100
2.4517-2.5498	0.1845	147	0.1493	5934	100
2.5498-2.6659	0.2141	138	0.1493	5964	100
2.6659-2.8064	0.1637	152	0.1496	5980	100
2.8064-2.9822	0.2128	141	0.1447	5908	99
2.9822-3.2123	0.1971	144	0.1422	5887	99
3.2123-3.5354	0.181	142	0.1369	5946	100
3.5354-4.0467	0.1584	148	0.1281	5930	100
4.0467-5.0968	0.1488	129	0.1257	5948	100
5.0968-41.118	0.1891	131	0.1724	5880	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8483	0.4376	0.6129	5.8284	0.8969	1.8703	-0.0402	-0.359	-0.2696	0.4281	0.0919	-0.1423	0.2002	-0.0008	-0.0412	0.2265	0.0755	0.0099	0.2415	0.0462	0.1435	24.6352	-28.2502	-21.1592
2	3.4541	0.0513	0.648	3.2293	0.0146	3.1823	-0.0196	-0.0753	-0.0222	0.0817	0.1212	-0.3507	-0.106	0.3409	-0.0578	0.0991	0.0298	-0.0216	0.149	-0.0253	0.1736	32.596	-20.3142	-31.9712
3	6.6383	-1.7247	1.9933	1.0605	-0.4426	1.1381	0.02	0.1577	0.1799	-0.0499	-0.0261	-0.0823	0.0174	0.1331	0.0087	0.1317	0.0085	-0.0078	0.0891	-0.031	0.114	16.2711	-16.7045	-39.7111
4	3.1741	0.6139	2.1295	0.7958	0.208	4.0675	-0.0155	0.0733	0.0588	-0.0416	0.0226	0.1289	-0.0298	-0.0426	0.0055	0.1315	0.0211	0.0001	0.0419	-0.0215	0.1323	-0.2207	-6.5226	-42.9747
5	5.9467	2.1323	0.9816	3.9688	-0.44	2.7637	0.0076	0.244	-0.0917	0.0303	-0.0252	-0.3404	0.0507	0.4304	0.0135	0.0982	0.0238	-0.0148	0.1351	-0.0068	0.1111	22.2127	-2.1547	-40.6251
6	2.411	1.0582	-0.1114	2.9532	-0.854	1.5234	0.0751	-0.1146	-0.0527	0.0506	-0.0538	0.1598	0.0773	-0.0253	-0.0338	0.1077	0.0146	-0.0208	0.0826	-0.0371	0.0847	3.5846	-9.238	-35.3617
7	2.0707	-0.3688	0.6491	1.1843	-0.4623	1.1785	0.1189	0.1735	-0.1213	-0.0213	-0.0507	-0.0005	0.1187	0.1716	-0.0608	0.1592	0.0232	-0.0201	0.0907	-0.0551	0.0987	16.02	-17.8474	-37.7188
8	6.8393	-0.7953	3.6748	2.3305	-1.0709	5.608	-0.0366	0.0615	-0.4352	0.1165	0.1141	0.0356	0.1401	0.155	-0.0952	0.1366	0.0356	0.001	0.0757	-0.0076	0.1782	23.1697	-31.0108	-34.4898
9	1.1133	0.1171	0.0272	2.9114	0.5719	0.4839	0.0417	-0.0188	-0.0072	0.0295	-0.0334	0.0153	0.0096	0.0335	-0.0083	0.1247	0.012	-0.0113	0.1132	0.0102	0.0671	15.5025	-8.5232	-37.1427
10	5.0351	-5.5916	3.6369	7.2192	-2.8605	3.9967	0.0025	0.1599	0.7114	0.1039	-0.0727	-0.8039	-0.175	0.3708	0.1278	0.1538	-0.0558	-0.0253	0.148	-0.0296	0.2746	25.6592	6.9984	-33.5069
11	2.3151	-0.8666	-0.1281	2.488	-0.4746	1.1136	-0.0158	-0.1722	-0.119	0.153	0.0176	0.2365	-0.0821	-0.1044	-0.0502	0.174	0.0095	0.038	0.1653	-0.0275	0.1079	-11.6503	9.9878	-17.2549
12	1.3152	0.1188	0.2958	2.7293	-1.17	4.4537	-0.0733	-0.5468	-0.8001	0.3796	0.1605	0.2325	0.52	0.2292	0.0415	0.354	0.1189	0.0626	0.3951	0.1915	0.342	5.8663	-14.4136	-3.3763
13	3.0863	-0.396	0.284	2.4474	1.0095	2.0686	-0.2118	-0.5042	-0.3612	0.2169	0.2358	0.0739	0.1366	0.205	-0.0177	0.2136	0.0384	0.028	0.2468	0.0486	0.1218	3.868	-5.9201	-8.7646
14	2.7168	-1.7325	0.0701	1.9935	0.0808	0.5034	-0.1474	-0.4057	-0.0457	0.2863	0.2026	0.0639	-0.0048	0.0484	-0.0741	0.2392	0.0049	0.0367	0.2185	-0.0219	0.0898	-2.0235	5.5287	-10.0801

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 49 through 103 )	A	49 - 103
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 104 through 147 )	A	104 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 148 through 177 )	A	148 - 177
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 178 through 220 )	A	178 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 221 through 248 )	A	221 - 248
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 249 through 308 )	A	249 - 308
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 309 through 345 )	A	309 - 345
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 346 through 380 )	A	346 - 380
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 381 through 435 )	A	381 - 435
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 436 through 458 )	A	436 - 458
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 49 through 177 )	B	49 - 177
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 178 through 220 )	B	178 - 220
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 221 through 319 )	B	221 - 319
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 320 through 454 )	B	320 - 454

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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