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万見
- PDB-7wsj: Crystal structure of the tandem B-box domain of Arabidopsis thali... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wsj
タイトルCrystal structure of the tandem B-box domain of Arabidopsis thaliana CONSTANS
要素Zinc finger protein CONSTANS
キーワードPLANT PROTEIN / tandem b-box / Zn-coordinating motif / photoperiodic flowering
機能・相同性
機能・相同性情報


far-red light signaling pathway / regulation of flower development / response to far red light / flower development / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger protein CONSTANS-like / : / CCT domain / CCT motif / CCT domain profile. / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein CONSTANS
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dahal, P. / Pathak, D. / Kwon, E. / Kim, D.Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Not funded 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of a tandem B-box domain from Arabidopsis CONSTANS.
著者: Dahal, P. / Kwon, E. / Pathak, D. / Kim, D.Y.
履歴
登録2022年1月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein CONSTANS
B: Zinc finger protein CONSTANS
C: Zinc finger protein CONSTANS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,82215
ポリマ－36,0373
非ポリマー78512
水1,42379
1
A: Zinc finger protein CONSTANS
B: Zinc finger protein CONSTANS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,54810
ポリマ－24,0252
非ポリマー5238
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11480 Å2
手法PISA
2
C: Zinc finger protein CONSTANS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2745
ポリマ－12,0121
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area6300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.090, 159.090, 55.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger protein CONSTANS


分子量: 12012.432 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CO, At5g15840, F14F8_220 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39057
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 1.39 M Lithium Sulfate, 4.55% MPD, 85 mM Imidazole-HCl pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 1.28176 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28176 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.93 Å / Num. obs: 19958 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Num. unique obs: 2059 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→45.93 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2363 954 4.79 %
Rwork0.204 18981 -
obs0.2055 19935 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.34 Å2 / Biso mean: 59.3381 Å2 / Biso min: 23.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→45.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2100 0 12 79 2191
Biso mean--77.75 52.95 -
残基数----279
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.530.31871550.28282638279397
2.53-2.680.26181360.25072733286999
2.68-2.890.31131520.24832743289599
2.89-3.180.25481300.23942708283898
3.18-3.640.2461420.20212714285699
3.64-4.590.19771290.1812727285698
4.59-45.930.19191100.1732718282897
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.2184 Å / Origin y: 23.3896 Å / Origin z: 26.3455 Å
111213212223313233
T0.5161 Å20.0717 Å2-0.0361 Å2-0.356 Å2-0.072 Å2--0.4585 Å2
L0.7914 °2-0.0557 °2-0.6005 °2-1.1735 °20.4222 °2--0.8077 °2
S-0.1291 Å °0.1278 Å °-0.3984 Å °0.1482 Å °0.0135 Å °-0.0832 Å °0.4477 Å °0.0653 Å °0.0761 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA17 - 109
2X-RAY DIFFRACTION1allB17 - 109
3X-RAY DIFFRACTION1allC17 - 109
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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