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- PDB-7wkh: the grass carp IFNa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wkh
タイトルthe grass carp IFNa
要素Interferon
キーワードCYTOKINE / fish / interferon
機能・相同性Interferon beta / type I interferon receptor binding / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Four-helical cytokine-like, core / cytokine activity / defense response to virus / extracellular region / Interferon
機能・相同性情報
生物種Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Zou, J. / WANG, J. / Wang, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32030112 中国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022
タイトル: Structural and Functional Analyses of Type I IFNa Shed Light Into Its Interaction With Multiple Receptors in Fish.
著者: Wang, Z. / Xu, J. / Feng, J. / Wu, K. / Chen, K. / Jia, Z. / Zhu, X. / Huang, W. / Zhao, X. / Liu, Q. / Wang, B. / Chen, X. / Wang, J. / Zou, J.
履歴
登録2022年1月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0511
ポリマ－19,0511
非ポリマー00
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.617, 32.767, 56.762
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.208, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-362-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Interferon / Type 1 interferon


分子量: 19051.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
遺伝子: IFN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2HZY8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20%(W/V) PEG 3350, 200 mM Ammonium citrate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 28576 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.971 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 1.58→4.29 Å / Num. unique obs: 21056 / CC1/2: 0.971

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データ削減
pointlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3piv

3piv


解像度: 1.58→27.755 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 1034 4.919 %
Rwork0.1884 19987 -
all0.19 --
obs-21021 99.602 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 14.245 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.036 Å20 Å2-0.017 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.035 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→27.755 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1326 0 0 166 1492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.582-1.6230.279580.1811452X-RAY DIFFRACTION96.7949
1.623-1.6670.186800.1761425X-RAY DIFFRACTION100
1.667-1.7150.277620.1861380X-RAY DIFFRACTION100
1.715-1.7680.246760.1941369X-RAY DIFFRACTION100
1.768-1.8260.263650.1961311X-RAY DIFFRACTION100
1.826-1.890.213690.1941263X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.9610.25660.2311204X-RAY DIFFRACTION98.4496
1.961-2.0410.234660.1871194X-RAY DIFFRACTION100
2.041-2.1320.208480.1751110X-RAY DIFFRACTION99.8276
2.132-2.2360.228680.1941087X-RAY DIFFRACTION100
2.236-2.3570.233620.211041X-RAY DIFFRACTION100
2.357-2.4990.243500.184984X-RAY DIFFRACTION100
2.499-2.6710.239480.186908X-RAY DIFFRACTION99.8955
2.671-2.8850.24400.179867X-RAY DIFFRACTION99.8899
2.885-3.1590.222410.187791X-RAY DIFFRACTION100
3.159-3.5310.181300.173740X-RAY DIFFRACTION100
3.531-4.0740.181440.161637X-RAY DIFFRACTION99.8534
4.074-4.9830.23240.157541X-RAY DIFFRACTION100
4.983-7.0190.348260.268428X-RAY DIFFRACTION100
7.019-27.7550.238110.216255X-RAY DIFFRACTION96.7273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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