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万見
- PDB-7whm: Closed spike of Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7whm
タイトルClosed spike of Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus
要素PPPDE domain-containing protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Cell attachment / Membrane penetration
機能・相同性PPPDE peptidase domain / PPPDE domain profile. / peptidase activity / PPPDE domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhang, Y. / Cui, Y. / Sun, J. / Zhou, Z.H.
資金援助 中国, 米国, 10件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31672489 中国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE028583 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)1S10RR23057 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Multiple conformations of trimeric spikes visualized on a non-enveloped virus.
著者: Yinong Zhang / Yanxiang Cui / Jingchen Sun / Z Hong Zhou /
要旨: Many viruses utilize trimeric spikes to gain entry into host cells. However, without in situ structures of these trimeric spikes, a full understanding of this dynamic and essential process of viral ...Many viruses utilize trimeric spikes to gain entry into host cells. However, without in situ structures of these trimeric spikes, a full understanding of this dynamic and essential process of viral infections is not possible. Here we present four in situ and one isolated cryoEM structures of the trimeric spike of the cytoplasmic polyhedrosis virus, a member of the non-enveloped Reoviridae family and a virus historically used as a model in the discoveries of RNA transcription and capping. These structures adopt two drastically different conformations, closed spike and opened spike, which respectively represent the penetration-inactive and penetration-active states. Each spike monomer has four domains: N-terminal, body, claw, and C-terminal. From closed to opened state, the RGD motif-containing C-terminal domain is freed to bind integrins, and the claw domain rotates to expose and project its membrane insertion loops into the cellular membrane. Comparison between turret vertices before and after detachment of the trimeric spike shows that the trimeric spike anchors its N-terminal domain in the iris of the pentameric RNA-capping turret. Sensing of cytosolic S-adenosylmethionine (SAM) and adenosine triphosphate (ATP) by the turret triggers a cascade of events: opening of the iris, detachment of the spike, and initiation of endogenous transcription.
履歴
登録2021年12月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月26日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_audit_support
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_audit_support.country

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-32504
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-32504
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PPPDE domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,3701
ポリマ－140,3701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 PPPDE domain-containing protein


分子量: 140370.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: D0EZK7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bombyx mori cypovirus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Bombyx mori
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
170 mmol/L (mM)2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol dihydrochloride (Tris-HCl)C4H12ClNO31
2100 mmol/L (mM)Sodium ChlorideNaCl1
310 mmol/L (mM)Magnesium ChlorideMgCl21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 310662 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0069828
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61913325
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d30.2171349
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0481517
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041737

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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