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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wfd | ||||||||||||||||||
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タイトル | Left PSI in the cyclic electron transport supercomplex NDH-PSI from Arabidopsis | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Supercomplex / PSI / NDH-PSI / plant / Arabidopsis / cyclic electron transport | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / chloroplast photosystem I / chloroplast stromal thylakoid / response to low light intensity stimulus / chloroplast membrane / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I ...photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / chloroplast photosystem I / chloroplast stromal thylakoid / response to low light intensity stimulus / chloroplast membrane / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / thylakoid / chloroplast envelope / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / response to cold / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein stabilization / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / extracellular region / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Pan, X. / Li, M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Mol Plant / 年: 2022 タイトル: Supramolecular assembly of chloroplast NADH dehydrogenase-like complex with photosystem I from Arabidopsis thaliana. 著者: Xiaodong Su / Duanfang Cao / Xiaowei Pan / Lifang Shi / Zhenfeng Liu / Luca Dall'Osto / Roberto Bassi / Xinzheng Zhang / Mei Li / 要旨: Cyclic electron transport/flow (CET/CEF) in chloroplasts is a regulatory process essential for the optimization of plant photosynthetic efficiency. A crucial CEF pathway is catalyzed by a membrane- ...Cyclic electron transport/flow (CET/CEF) in chloroplasts is a regulatory process essential for the optimization of plant photosynthetic efficiency. A crucial CEF pathway is catalyzed by a membrane-embedded NADH dehydrogenase-like (NDH) complex that contains at least 29 protein subunits and associates with photosystem I (PSI) to form the NDH-PSI supercomplex. Here, we report the 3.9 Å resolution structure of the Arabidopsis thaliana NDH-PSI (AtNDH-PSI) supercomplex. We constructed structural models for 26 AtNDH subunits, among which 11 are unique to chloroplasts and stabilize the core part of the NDH complex. In the supercomplex, one NDH can bind up to two PSI-light-harvesting complex I (PSI-LHCI) complexes at both sides of its membrane arm. Two minor LHCIs, Lhca5 and Lhca6, each present in one PSI-LHCI, interact with NDH and contribute to supercomplex formation and stabilization. Collectively, our study reveals the structural details of the AtNDH-PSI supercomplex assembly and provides a molecular basis for further investigation of the regulatory mechanism of CEF in plants. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wfd.cif.gz | 800.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wfd.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7wfd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/7wfd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/7wfd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AAAB
#1: タンパク質 | 分子量: 83315.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: P56766, photosystem I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 82555.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: P56767, photosystem I |
-タンパク質 , 1種, 1分子 AC
#3: タンパク質 | 分子量: 9049.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: P62090, photosystem I |
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-Photosystem I reaction center subunit ... , 9種, 9分子 ADAEAFAGAHAIAJAKAL
#4: タンパク質 | 分子量: 22336.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q9SA56 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 14984.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q9S831 |
#6: タンパク質 | 分子量: 24203.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q9SHE8 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17103.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q9S7N7 |
#8: タンパク質 | 分子量: 15291.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q9SUI6 |
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4137.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: P56768 |
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5011.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: P56769 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13219.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q9SUI5 |
#12: タンパク質 | 分子量: 23070.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q9SUI4 |
-Chlorophyll a-b binding protein ... , 2種, 2分子 A1A4
#13: タンパク質 | 分子量: 26021.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q01667 |
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#15: タンパク質 | 分子量: 27760.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: P27521 |
-Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein ... , 2種, 2分子 A3A6
#14: タンパク質 | 分子量: 29206.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q9SY97 |
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#16: タンパク質 | 分子量: 29969.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q8LCQ4 |
-糖 , 2種, 6分子
#22: 糖 | ChemComp-LMU / #23: 糖 | ChemComp-DGD / | |
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-非ポリマー , 9種, 205分子
#17: 化合物 | ChemComp-CLA / #18: 化合物 | #19: 化合物 | ChemComp-LHG / #20: 化合物 | ChemComp-BCR / #21: 化合物 | #24: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #25: 化合物 | #26: 化合物 | ChemComp-CHL / #27: 化合物 | ChemComp-XAT / ( |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cylic electron transfer supercomplex from Arabidopsis タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136022 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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