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万見
- PDB-7wf5: c-Src in complex with ponatinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wf5
タイトルc-Src in complex with ponatinib
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
キーワードONCOPROTEIN / Inhibitor / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / Co-stimulation by CD28 ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / Co-stimulation by CD28 / Co-inhibition by CTLA4 / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / RAF activation / PIP3 activates AKT signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / Downregulation of ERBB4 signaling / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / DCC mediated attractive signaling / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / immune system process / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell junction / cell-cell junction / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / cell differentiation / cytoskeleton / mitochondrial inner membrane / regulation of cell cycle / cell adhesion / endosome membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...: / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0LI / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.798 Å
データ登録者Guo, M. / Duan, Y. / Dai, S. / Chen, X. / Chen, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81570537 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural study of ponatinib in inhibiting SRC kinase.
著者: Guo, M. / Duan, Y. / Dai, S. / Li, J. / Chen, X. / Qu, L. / Chen, Z. / Wei, H. / Jiang, L. / Chen, Y.
履歴
登録2021年12月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5184
ポリマ－65,4532
非ポリマー1,0652
水8,791488
1
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2592
ポリマ－32,7271
非ポリマー5331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2592
ポリマ－32,7271
非ポリマー5331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.927, 63.632, 74.505
Angle α, β, γ (deg.)79.140, 89.500, 88.800
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 257 through 263 or (resid 264...
21(chain B and (resid 257 through 276 or (resid 277...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSPROPRO(chain A and (resid 257 through 263 or (resid 264...AA257 - 26310 - 16
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 257 through 263 or (resid 264...AA26417
13LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 257 through 263 or (resid 264...AA257 - 53310 - 286
14LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 257 through 263 or (resid 264...AA257 - 53310 - 286
15LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 257 through 263 or (resid 264...AA257 - 53310 - 286
16LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 257 through 263 or (resid 264...AA257 - 53310 - 286
21LYSLYSGLYGLY(chain B and (resid 257 through 276 or (resid 277...BB257 - 27610 - 29
22CYSCYSCYSCYS(chain B and (resid 257 through 276 or (resid 277...BB27730

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / Proto-oncogene c-Src / pp60c-src / p60-Src


分子量: 32726.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-0LI / 3-(imidazo[1,2-b]pyridazin-3-ylethynyl)-4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}benzam ide / Ponatinib / ポナチニブ


分子量: 532.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H27F3N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M MES (pH 6.4), 50mM sodium acetate, 10mM MgCl2, 2% glycerol, 8% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.798→50 Å / Num. obs: 68050 / % possible obs: 96.79 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.101 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 23.23
反射 シェル解像度: 1.798→1.83 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.858 / Num. unique obs: 3354 / CC1/2: 0.685 / CC star: 0.902 / Rpim(I) all: 0.512 / Rsym value: 0.692 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OIQ

2oiq


解像度: 1.798→30.909 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1826 2010 2.96 %
Rwork0.1623 66008 -
obs0.1629 68018 96.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.91 Å2 / Biso mean: 33.4998 Å2 / Biso min: 11.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.798→30.909 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4182 0 78 488 4748
Biso mean--23.59 41.48 -
残基数----526
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1602X-RAY DIFFRACTION4.576TORSIONAL
12B1602X-RAY DIFFRACTION4.576TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.798-1.84270.31541320.2645438590
1.8427-1.89260.28651440.2394467996
1.8926-1.94820.25581400.2188466596
1.9482-2.01110.22841490.1942476097
2.0111-2.0830.191400.1792472297
2.083-2.16640.24061450.1621467297
2.1664-2.26490.20741470.1683476497
2.2649-2.38430.19451420.1613472197
2.3843-2.53360.17311440.1659478898
2.5336-2.72910.20831460.1667475198
2.7291-3.00360.18911470.1672477298
3.0036-3.43770.1691490.1544478998
3.4377-4.32920.1481440.1375475998
4.3292-30.9090.13821410.142478198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.56470.62930.56092.9370.04725.6330.00470.34350.124-0.78470.1280.06670.1206-0.23530.01880.5258-0.02490.00340.33460.04760.1348-7.261337.6221-21.1419
24.1425-2.8255-1.73673.1457-0.56333.1961-0.112-0.23890.4684-0.24610.298-0.0378-0.269-0.20950.04770.3876-0.0075-0.01040.30840.04690.1984-6.927941.8495-12.5098
32.32160.38870.49935.4757-0.23565.3802-0.17030.12950.7157-0.247-0.0296-0.445-0.27050.5517-0.03870.3777-0.02190.01710.33430.11020.2981-0.97741.6103-14.5728
41.2399-0.42250.20991.7445-1.17623.60480.06550.38520.1151-0.8971-0.1765-0.37340.41270.40060.10420.47610.05220.11210.35570.02480.23950.701831.0979-14.8045
51.4720.16420.1072.5763-1.01853.58120.0840.07280.2842-0.08950.07650.2112-0.0433-0.2672-0.06180.13230.0338-0.00460.16370.00540.1953-10.599236.68062.6458
61.9741-0.13180.01671.884-0.25762.1959-0.04540.120.0454-0.2005-0.0177-0.22980.05310.16520.04340.1590.00870.04010.1349-0.00470.15532.672528.63074.4246
73.6532-0.4406-0.2314.0574-0.46242.7857-0.0018-0.35320.27330.254-0.0249-0.7765-0.31580.44820.03090.2014-0.0468-0.03960.2311-0.05830.35768.899138.593116.6914
82.70470.1605-0.72123.98950.02863.0063-0.0623-0.3161-0.02710.2352-0.0938-0.39680.00710.32380.09060.18320.0241-0.03710.20440.02440.18796.585125.243418.0078
92.57370.2917-0.26685.3503-0.35072.6293-0.0259-0.1598-0.10570.4459-0.02790.31990.0605-0.15640.11640.2089-0.00140.02780.1669-0.00290.176-7.524419.962516.2906
101.8481.223-2.79431.8789-0.68445.45760.2342-0.2450.35110.85790.1273-0.0152-0.85250.1134-0.31870.6351-0.0239-0.06610.3327-0.01260.2494-1.841770.440743.4494
111.13920.0637-0.16422.3286-0.3262.6657-0.0114-0.16950.09330.3610.0542-0.0468-0.2006-0.0068-0.06120.14920.0165-0.01220.1609-0.010.1565-4.343263.498930.1252
122.2944-0.46660.9230.2003-0.46141.2704-0.1881-0.00750.16970.08490.05780.2115-0.174-0.19510.12070.15040.01260.00030.2149-0.00720.2686-19.399366.022121.0542
131.4778-0.802-0.19093.1069-0.58671.23330.03610.1715-0.0042-0.2551-0.03390.1033-0.0032-0.0564-0.01590.147-0.0172-0.01950.1669-0.02670.1435-10.117259.33749.812
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 257 through 272 )A257 - 272
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 273 through 289 )A273 - 289
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 290 through 303 )A290 - 303
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 304 through 334 )A304 - 334
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 335 through 359 )A335 - 359
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 360 through 456 )A360 - 456
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 457 through 476 )A457 - 476
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 477 through 508 )A477 - 508
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 509 through 533 )A509 - 533
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 254 through 289 )B254 - 289
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 290 through 402 )B290 - 402
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 403 through 440 )B403 - 440
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 441 through 533 )B441 - 533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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