PDB-7w6e: Polyketide cyclase OAC-F24I mutant from Cannabis sativa in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w6e

タイトル

Polyketide cyclase OAC-F24I mutant from Cannabis sativa in complex with 6-heptylresorcylic acid

要素

Olivetolic acid cyclase

キーワード

LYASE / olivetolic acid cyclase / polypeptide cyclase

機能・相同性

機能・相同性情報

olivetolic acid cyclase / olivetolic acid biosynthetic process / cannabinoid biosynthetic process / pollen tube adhesion / cyclase activity / terpenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cannabis sativa (アサ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Nakashima, Y. / Lee, Y.E. / Morita, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Org.Lett. / 年: 2022
タイトル: Dual Engineering of Olivetolic Acid Cyclase and Tetraketide Synthase to Generate Longer Alkyl-Chain Olivetolic Acid Analogs.
著者: Lee, Y.E. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Chen, X. / Morita, H.

履歴

登録	2021年12月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w6e.cif.gz	190.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w6e.ent.gz	126.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w6e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7w6e_validation.pdf.gz	907.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7w6e_full_validation.pdf.gz	908.6 KB	表示
XML形式データ	7w6e_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	7w6e_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7w6dC 7w6fC 7w6gC 5b08S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7w6f-d 2cbq-3 4l1h-2 6uup-3 1a7r-d 1ohq-d 4wkw-1 6b89-2 3cdy-d 6uup-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Olivetolic acid cyclase

B: Olivetolic acid cyclase

ヘテロ分子

24.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.574, 39.453, 43.083
Angle α, β, γ (deg.)	71.144, 76.495, 67.510
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Olivetolic acid cyclase 分子量: 12195.995 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cannabis sativa (アサ) / 遺伝子: OAC / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: I6WU39, olivetolic acid cyclase
#2: 化合物	ChemComp-8HL / 2-heptyl-4,6-bis(oxidanyl)benzoic acid / 2,4-ジヒドロキシ-6-ヘプチル安息香酸分子量: 252.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 35% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.07 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→40.45 Å / Num. obs: 70848 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 12.23 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.38→1.4 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 1781 / CC_1/2: 0.936 / R_rim(I) all: 0.353 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B08

5b08

解像度: 1.38→40.45 Å / SU ML: 0.1186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 16.4323
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.162	3555	5.02 %
R_work	0.1362	67293	-
obs	0.1375	70848	92.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→40.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1759	0	0	324	2083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0111	2043
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2254	2802
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0973	300
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0081	361
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.4444	768

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.38-1.4	0.2269	149	0.2175	2644	X-RAY DIFFRACTION	88.67
1.4-1.42	0.259	129	0.2123	2661	X-RAY DIFFRACTION	90.58
1.42-1.44	0.2204	127	0.2009	2624	X-RAY DIFFRACTION	91.21
1.44-1.46	0.1991	143	0.1953	2663	X-RAY DIFFRACTION	91.46
1.46-1.49	0.2376	176	0.1796	2727	X-RAY DIFFRACTION	93.16
1.49-1.51	0.1783	112	0.1851	2638	X-RAY DIFFRACTION	92.22
1.51-1.54	0.196	140	0.1832	2723	X-RAY DIFFRACTION	92.65
1.54-1.57	0.2389	143	0.1733	2691	X-RAY DIFFRACTION	92.98
1.57-1.6	0.1794	172	0.1641	2687	X-RAY DIFFRACTION	93.19
1.6-1.64	0.1502	143	0.1607	2753	X-RAY DIFFRACTION	93.36
1.64-1.67	0.1922	144	0.1535	2679	X-RAY DIFFRACTION	93.41
1.67-1.72	0.1747	143	0.1501	2764	X-RAY DIFFRACTION	93.83
1.72-1.76	0.1796	154	0.1566	2685	X-RAY DIFFRACTION	93.51
1.76-1.81	0.1906	160	0.1567	2726	X-RAY DIFFRACTION	95
1.81-1.87	0.1935	128	0.1499	2775	X-RAY DIFFRACTION	93.71
1.87-1.94	0.179	140	0.1419	2710	X-RAY DIFFRACTION	94.06
1.94-2.02	0.1482	138	0.1332	2760	X-RAY DIFFRACTION	94.09
2.02-2.11	0.1441	152	0.1287	2659	X-RAY DIFFRACTION	93.08
2.11-2.22	0.1486	164	0.1325	2710	X-RAY DIFFRACTION	93.07
2.22-2.36	0.1272	126	0.1203	2762	X-RAY DIFFRACTION	93.71
2.36-2.54	0.1441	130	0.1163	2693	X-RAY DIFFRACTION	92.62
2.54-2.8	0.1388	175	0.1202	2628	X-RAY DIFFRACTION	92.02
2.8-3.2	0.136	122	0.1201	2670	X-RAY DIFFRACTION	90.65
3.2-4.03	0.1332	125	0.1062	2654	X-RAY DIFFRACTION	89.99
4.03-40.45	0.1805	120	0.1263	2607	X-RAY DIFFRACTION	89.7

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.152256003357	0.135364544592	0.0984457789616	0.0843680656454	0.0594738824621	0.0286733221457	0.0788171391663	0.0503822867554	0.0321436222853	-0.0173102640162	-0.023851410944	-0.0694737210137	-0.0376100693919	0.015765750309	0.0222363941309	0.0727143976766	0.000733937450035	0.0082918426617	0.0880768918458	0.00643478819136	0.101485913906	17.4687198374	10.3779350608	9.84858589711
2	0.187715061913	0.263293569729	-0.0481164729851	0.458030122382	0.150739599232	0.677688076636	-0.0736465332357	-0.056301181599	0.14841363067	0.156612308448	0.0321835930819	-0.10191495133	0.0414366544394	0.0217089989066	-0.0125694030607	0.0813825348466	0.00680879084554	-0.0118961399628	0.0679812001117	0.00699493365251	0.0698584393051	12.2261362635	10.6034096422	22.3945380049
3	0.217528612563	0.187580523873	-0.0916108769435	0.244442214501	0.157320222077	0.356052513373	0.041445057677	0.0732812645198	-0.0477952714907	0.0765078095468	0.021078588138	0.099277903952	-0.0886663624173	-0.0445630603667	0.017122613662	0.0925354973676	0.0146523840615	-0.00460236458578	0.109981936373	0.00121889556171	0.13483925916	10.5329230105	21.7363813703	10.18328694
4	0.387633582879	-0.34753568684	-0.188176396692	0.728710950424	-0.0728588609287	0.393920143724	-0.00339520190861	0.00589941727709	0.00367236966572	-0.017793317647	-0.0416183187105	-0.0203066806504	0.0701890399163	0.0220263983157	-0.0138307260722	0.0741957648457	0.00271916688505	-0.0062668386648	0.0819887868065	-0.000147522907299	0.0866004659874	13.8381121559	5.98579724785	12.18232043
5	0.219557317659	-0.111143049921	-0.37290375861	0.456691460692	0.117369345162	0.453888700208	0.0257706379523	0.011687067992	-0.0428555741582	-0.00192207473142	0.027558587405	-0.100895738123	0.0437478941977	-0.00251092373048	0.000284826056442	0.0920875634605	-0.000518690700243	-0.00223571450693	0.0853714791945	-0.0002862991204	0.0967822086684	19.7597596604	19.3677204212	-5.31041895009
6	0.0117159425401	-0.0273094463276	-0.25543996103	0.474945905542	-0.290170834747	0.443746164026	-0.031779080148	-0.00264990828203	-0.0455142498093	-0.0225554963876	0.00959693376657	-0.0972971561527	-0.0138582588883	-0.026456655365	3.60748190774E-5	0.0956754269056	-0.00323080444535	-0.00737959508408	0.0871398946549	-0.000713492195593	0.116176548989	17.0852018203	14.0041833738	-0.0855174125455
7	0.366679231341	0.0570085719414	0.0329506191343	0.232235118145	-0.0250586902458	0.0352161499572	0.00165771994418	-0.00158267085834	0.00228972528533	-0.01042107321	0.0069831754195	-0.0271625512124	-0.071067642695	0.031677925107	4.71981831081E-5	0.0770732605749	-0.0164799143245	0.00393884290151	0.0510700062126	0.00450053950715	0.0447949671277	19.1992973284	28.4567349101	-2.21492277725
8	0.22966724981	0.3391767817	-0.0499075347122	0.378240744208	0.0462174219885	0.106930829202	0.0526891213669	0.000244280506679	-0.0986696217756	0.0236450258633	-0.0250603984633	-0.0108427383525	0.0992278831719	0.0316428701445	-0.00328597268087	0.0838009368411	0.00549638371804	-0.00209355986084	0.120816168276	-0.00576775769135	0.0964581529934	13.7636928704	20.5422853935	2.91888796225

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 11 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 12 through 38 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 39 through 56 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 57 through 101 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -2 through 32 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 33 through 56 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 57 through 85 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 86 through 101 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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