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Yorodumi- PDB-4wkw: Crystal Structure of a Conserved Hypothetical Protein from Mycoba... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wkw | ||||||
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Title | Crystal Structure of a Conserved Hypothetical Protein from Mycobacterium leprae Determined by Iodide SAD Phasing | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / SSGCID / Mycobacterium leprae / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium leprae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of a Conserved Hypothetical Protein from Mycobacterium leprae Authors: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Dranow, D.M. / Lukacs, C.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wkw.cif.gz | 165.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wkw.ent.gz | 129.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wkw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4wkw_validation.pdf.gz | 443.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4wkw_full_validation.pdf.gz | 443.5 KB | Display | |
Data in XML | 4wkw_validation.xml.gz | 15.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4wkw_validation.cif.gz | 21.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wkw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Details | biological unit is a monomer |
-Components
#1: Protein | Mass: 25379.523 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium leprae (bacteria) / Strain: Br4923 / Gene: MLBr01485 / Plasmid: MyleA.18251.a.A1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B8ZRP7, UniProt: A0A0H3MQY4*PLUS #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: at 40mg/ml mixed 1:1 with MCSG1(b1): 20% PEG-4000, 01.M MES/NaOH, pH=6.5, 0.6M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Sep 18, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rigaku Varimax HF / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Number: 292167 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.12 / D res high: 2.3 Å / Num. obs: 39867 / % possible obs: 98.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. all: 20285 / Num. obs: 20285 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 34.31 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 15.83 / Num. measured all: 59395 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→41.4 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.75 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 100.13 Å2 / Biso mean: 44.9558 Å2 / Biso min: 20.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→41.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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