PDB-6mxz: Structure of 53BP1 Tudor domains in complex with small molecule U...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mxz

タイトル

Structure of 53BP1 Tudor domains in complex with small molecule UNC3474

要素

TP53-binding protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING / DNA damage response / Tudor domain / 53BP1 / small molecule inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H4K20me2 reader activity / ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of isotype switching / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / DNA repair complex / telomeric DNA binding / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Cui, G. / Botuyan, M.V. / Schuller, D.J. / Mer, G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: An autoinhibited state of 53BP1 revealed by small molecule antagonists and protein engineering.
著者: Cui, G. / Botuyan, M.V. / Drane, P. / Hu, Q. / Bragantini, B. / Thompson, J.R. / Schuller, D.J. / Detappe, A. / Perfetti, M.T. / James, L.I. / Frye, S.V. / Chowdhury, D. / Mer, G.

履歴

登録	2018年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mxz.cif.gz	787.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mxz.ent.gz	677.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mxz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/6mxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/6mxz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mxxC 6mxyC 6my0C 8u4uC 2g3rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mxx-1 6mxx-3 6mxx-5 6mxx-4 3h1q-2 3h1q-1 3uho-2 6gi2-2 6mxx-2 3w4y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (5)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (4)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TP53-binding protein 1

B: TP53-binding protein 1

C: TP53-binding protein 1

D: TP53-binding protein 1

E: TP53-binding protein 1

F: TP53-binding protein 1

G: TP53-binding protein 1

H: TP53-binding protein 1

I: TP53-binding protein 1

J: TP53-binding protein 1

ヘテロ分子

141 kDa, 10 ポリマー
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1

A: TP53-binding protein 1

B: TP53-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
28.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: TP53-binding protein 1

D: TP53-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: TP53-binding protein 1

F: TP53-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 2 ポリマー
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4

G: TP53-binding protein 1

H: TP53-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 2 ポリマー
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5

I: TP53-binding protein 1

J: TP53-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.665, 160.708, 182.647
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	TP53-binding protein 1 / p53BP1 分子量: 13944.780 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53BP1 / プラスミド: pTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q12888
#2: 化合物	ChemComp-K6S / N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-(propan-2-yl)benzamide 分子量: 276.417 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₈N₂O
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.96 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2 M sodium formate; 0.1 M bis-tris propane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.6299 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6299 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→17.602 Å / Num. obs: 70459 / % possible obs: 97.25 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 46.1 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04462 / R_pim(I) all: 0.01975 / R_rim(I) all: 0.0489 / Net I/σ(I): 20.55
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.4362 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique obs: 5313 / CC_1/2: 0.951 / R_pim(I) all: 0.1889 / R_rim(I) all: 0.4761 / % possible all: 76.38

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2G3R

2g3r

解像度: 2.5→17.602 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.69

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2227	3464	5.03 %
R_work	0.1914	-	-
obs	0.1931	68884	97.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→17.602 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9501	0	121	667	10289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	11059
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.531	14963
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.8	4216
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1526
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1919

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5001-2.5342	0.2856	94	0.2682	1664	X-RAY DIFFRACTION	62
2.5342-2.5703	0.3315	117	0.2694	2143	X-RAY DIFFRACTION	82
2.5703-2.6085	0.2993	131	0.2752	2571	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6085-2.6492	0.2849	131	0.2638	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6492-2.6925	0.3064	143	0.2568	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6925-2.7387	0.2883	139	0.2622	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7387-2.7883	0.2924	134	0.2498	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7883-2.8417	0.2578	138	0.2553	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8417-2.8995	0.2837	151	0.2403	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8995-2.9623	0.2655	143	0.2235	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9623-3.0308	0.2523	139	0.2115	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0308-3.1062	0.2633	150	0.2175	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1062-3.1897	0.2525	140	0.2067	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1897-3.283	0.2496	149	0.2037	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.283-3.3882	0.1997	155	0.1914	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3882-3.5084	0.2214	141	0.1888	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5084-3.6477	0.2119	142	0.1855	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6477-3.8121	0.2332	137	0.1829	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8121-4.0109	0.1994	149	0.1611	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0109-4.2588	0.1937	138	0.1437	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2588-4.5823	0.156	128	0.1258	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5823-5.0336	0.1479	151	0.1399	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0336-5.7398	0.2104	131	0.1761	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7398-7.1499	0.2514	158	0.2113	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1499-17.6028	0.2134	135	0.2186	2895	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3786	0.1512	-1.5794	1.7766	-1.9567	4.2452	-0.2527	1.2069	-0.6902	-1.4639	0.5002	0.0421	0.8681	-0.5066	-0.2893	0.6869	-0.1605	0.0907	0.5709	-0.0699	0.4608	-17.595	-0.3067	-9.2385
2	2.9945	-1.852	3.7736	1.2116	-1.905	7.0098	-0.6114	0.4919	1.3856	-1.0942	-0.7241	-0.3383	-0.8579	1.534	1.0844	0.7807	-0.0071	0.0191	0.6189	-0.0018	0.38	-11.2441	12.1939	-13.3047
3	3.6039	0.2736	1.9944	1.2751	-0.2434	1.2879	0.1874	0.3411	0.1432	-0.2968	0.0263	0.3327	0.6191	-0.1208	-0.232	0.6065	-0.0523	-0.0272	0.5854	-0.1032	0.3952	-19.2224	2.5704	-10.3437
4	3.7204	-0.4095	-1.1683	3.4918	0.5512	0.5115	0.2128	0.8311	-0.0561	-0.5465	-0.306	0.3712	0.8728	0.1461	0.087	0.6879	0.0647	-0.0847	0.7004	-0.1038	0.3709	-20.4997	3.8652	-14.7765
5	2.3935	-1.7751	0.6741	2.1212	1.0227	3.0346	0.1112	0.134	0.1292	-0.594	-0.101	-0.5438	0.0607	0.0999	0.0332	0.3586	-0.0213	0.0422	0.3162	0.0627	0.45	-9.322	8.1801	-0.7313
6	3.4929	-0.309	-0.9575	3.8841	-0.8871	4.1788	-0.2117	-0.0784	0.453	0.2785	0.3167	-0.2264	0.363	-0.3622	-0.1068	0.4001	-0.0215	0.0313	0.2597	0.0093	0.3488	-11.7664	2.6776	8.9823
7	2.2188	-0.6123	-0.5127	3.037	-1.8132	4.1231	0.1371	-0.2478	0.2314	0.1468	-0.0642	-0.2578	-0.3636	-0.0047	-0.1053	0.3509	-0.0612	0.0233	0.2383	-0.0206	0.4104	-11.0259	8.0072	6.6462
8	4.2653	0.553	2.2272	4.2607	-0.0456	5.8418	0.3349	0.8433	-0.2737	-0.119	-0.1099	-0.4679	1.1864	1.296	-0.2721	0.6638	0.1396	0.1581	0.5217	-0.0581	0.5187	-5.292	0.008	-9.3623
9	8.9669	2.4627	-3.4245	5.2216	-5.8075	6.9322	0.2369	-0.7829	0.7093	1.1557	-0.2424	-0.134	-1.2888	0.7023	-0.0436	0.4025	0.1642	-0.0309	0.4035	-0.0938	0.4095	-18.5027	32.1059	-5.6236
10	3.0618	-1.0077	-1.2333	2.3766	-1.2298	3.3259	-0.0827	0.5465	-0.2038	-0.5288	-0.1215	0.2035	0.2381	-0.4649	0.1751	0.371	-0.0113	-0.0798	0.534	-0.0401	0.2881	-23.9694	21.3297	-10.5059
11	1.2592	-0.6066	-1.663	3.2505	-1.343	7.6184	-0.315	1.1718	0.1096	-0.5615	-0.0117	0.3145	0.3749	-0.766	0.3526	0.2693	-0.0015	-0.0508	0.6615	0.1699	0.51	-16.9329	25.74	-12.45
12	2.0964	0.3316	0.387	2.2046	0.413	3.6743	-0.1241	-0.1092	-0.0244	0.1627	0.1654	0.2772	-0.1603	-0.9849	-0.0482	0.237	0.0938	-0.0057	0.5877	0.034	0.4021	-27.1809	21.0004	-0.302
13	2.2576	0.3127	0.3775	4.6299	-0.7502	3.6213	-0.236	-0.3586	0.0126	0.0822	0.2357	0.4057	-0.1077	-1.0009	0.0089	0.2658	0.0909	0.0323	0.6716	0.0082	0.4678	-28.2705	21.9714	2.8903
14	6.0096	0.074	-0.0343	2.1861	-1.1848	3.3352	0.0026	-1.194	0.2291	0.325	0.4585	0.6272	0.1606	-0.2217	-0.3575	0.5236	-0.0872	0.0738	0.6721	0.0911	0.4504	4.4646	-40.7462	-26.8469
15	4.6564	-0.8834	0.2545	2.5232	-0.5886	1.7181	-0.265	-0.6051	-0.4859	0.3658	0.2415	0.0394	0.3326	0.0982	0.0428	0.4958	-0.0331	-0.0553	0.4455	0.0899	0.36	12.0324	-44.1113	-27.044
16	2.576	0.684	-0.2972	3.2155	-0.6823	3.199	-0.0006	0.0277	-0.0912	0.0012	0.1272	0.5855	0.2186	-0.8378	-0.1147	0.3298	-0.0793	-0.0472	0.5781	0.0389	0.3518	2.2285	-34.7953	-31.6808
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58	3.3725	-0.1393	1.242	1.0811	0.117	3.6473	-0.874	0.2463	0.5823	-0.5659	0.1593	0.4801	-1.7399	-0.0975	0.6826	0.994	-0.0245	-0.2865	0.477	-0.0548	0.919	26.3602	25.233	-39.3365
59	9.2376	1.5358	2.0349	8.4698	-1.408	5.7385	0.0969	-2.1696	0.2495	1.9342	-0.1345	-0.2164	-1.5608	1.213	-0.0098	0.9573	-0.1151	-0.0296	0.9816	0.0073	0.9485	34.9588	18.1804	-26.74
60	0.5785	0.0889	-0.2064	0.9483	0.2148	0.1437	-0.0523	-0.1477	0.745	-0.1185	-0.2698	0.0199	-1.2561	-0.1573	0.3124	1.0752	0.0768	-0.2057	0.4173	-0.1757	0.92	24.8632	26.5811	-33.357
61	0.4082	1.0315	-0.5036	3.4075	-2.346	2.1955	-0.8226	-0.5307	1.046	-0.7271	0.497	0.1075	-1.9672	-0.1155	0.2898	1.0765	0.0402	-0.1244	0.4921	-0.1157	0.8926	26.3208	23.25	-30.3817
62	1.5689	0.7542	1.2714	3.4669	0.5415	6.0544	-0.3008	0.4424	-0.2054	-0.4136	0.3884	-0.6519	-0.6775	1.1481	-0.0998	0.5331	-0.1458	0.161	0.5982	-0.0346	0.642	34.9643	10.0618	-42.3794
63	2.3455	1.5114	1.8109	3.041	1.0955	5.0939	-0.2245	0.9319	-0.4103	-0.2299	0.5323	-0.359	-0.0105	0.4774	-0.35	0.6289	-0.1468	0.1257	0.5644	-0.081	0.5836	33.807	8.1145	-41.6338
64	2.49	-2.2995	2.2814	7.0444	-0.638	4.359	0.3102	-0.1174	1.0915	-0.5234	-0.2939	-1.1724	-1.1724	1.2855	-0.0693	1.1773	-0.542	-0.0659	0.8846	0.009	1.1051	40.6029	24.1146	-38.9988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1485 through 1494 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1495 through 1500 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1501 through 1509 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1510 through 1531 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1532 through 1554 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1555 through 1564 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1565 through 1589 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1590 through 1603 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1484 through 1493 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1494 through 1509 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1510 through 1523 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1524 through 1563 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1564 through 1603 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 1484 through 1501 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1502 through 1523 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1524 through 1554 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 1555 through 1564 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 1565 through 1589 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 1590 through 1602 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 1484 through 1531 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 1532 through 1603 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 1483 through 1489 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 1490 through 1509 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 1510 through 1542 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 1543 through 1564 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 1565 through 1602 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 1485 through 1493 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 1494 through 1501 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 1502 through 1523 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 1524 through 1542 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 1543 through 1566 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 1567 through 1589 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 1590 through 1603 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 1483 through 1493 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 1494 through 1501 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 1502 through 1519 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 1520 through 1542 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 1543 through 1564 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 1565 through 1589 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 1590 through 1603 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 1484 through 1493 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 1494 through 1501 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 1502 through 1508 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 1509 through 1513 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 1514 through 1523 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 1524 through 1542 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 1543 through 1564 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 1565 through 1589 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resid 1590 through 1602 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'I' and (resid 1484 through 1493 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'I' and (resid 1494 through 1509 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'I' and (resid 1510 through 1519 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'I' and (resid 1520 through 1542 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'I' and (resid 1543 through 1553 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'I' and (resid 1554 through 1564 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'I' and (resid 1565 through 1585 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'I' and (resid 1586 through 1603 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'J' and (resid 1485 through 1494 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'J' and (resid 1495 through 1500 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'J' and (resid 1501 through 1519 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'J' and (resid 1520 through 1531 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'J' and (resid 1532 through 1576 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'J' and (resid 1577 through 1589 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'J' and (resid 1590 through 1602 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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