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Yorodumi- PDB-6mxz: Structure of 53BP1 Tudor domains in complex with small molecule U... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6mxz | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of 53BP1 Tudor domains in complex with small molecule UNC3474 | ||||||
Components | TP53-binding protein 1 | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / DNA damage response / Tudor domain / 53BP1 / small molecule inhibitor | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationubiquitin-modified histone reader activity / histone H4K20me2 reader activity / positive regulation of isotype switching / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / DNA repair complex / telomeric DNA binding / : / histone reader activity ...ubiquitin-modified histone reader activity / histone H4K20me2 reader activity / positive regulation of isotype switching / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / DNA repair complex / telomeric DNA binding / : / histone reader activity / SUMOylation of transcription factors / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / DNA damage checkpoint signaling / replication fork / transcription coregulator activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / protein homooligomerization / G2/M DNA damage checkpoint / double-strand break repair via nonhomologous end joining / kinetochore / p53 binding / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / histone binding / damaged DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / nuclear body / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Cui, G. / Botuyan, M.V. / Schuller, D.J. / Mer, G. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023Title: An autoinhibited state of 53BP1 revealed by small molecule antagonists and protein engineering. Authors: Cui, G. / Botuyan, M.V. / Drane, P. / Hu, Q. / Bragantini, B. / Thompson, J.R. / Schuller, D.J. / Detappe, A. / Perfetti, M.T. / James, L.I. / Frye, S.V. / Chowdhury, D. / Mer, G. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6mxz.cif.gz | 787.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6mxz.ent.gz | 677.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6mxz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6mxz_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6mxz_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
| Data in XML | 6mxz_validation.xml.gz | 52.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 6mxz_validation.cif.gz | 73.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/6mxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/6mxz | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6mxxC ![]() 6mxyC ![]() 6my0C ![]() 8u4uC ![]() 2g3rS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 13944.780 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TP53BP1 / Plasmid: pTEV / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-K6S / #3: Chemical | ChemComp-FMT / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.61 Å3/Da / Density % sol: 65.96 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 2 M sodium formate; 0.1 M bis-tris propane, pH 7.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: A1 / Wavelength: 0.6299 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Mar 23, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.6299 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→17.602 Å / Num. obs: 70459 / % possible obs: 97.25 % / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04462 / Rpim(I) all: 0.01975 / Rrim(I) all: 0.0489 / Net I/σ(I): 20.55 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.589 Å / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4362 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique obs: 5313 / CC1/2: 0.951 / Rpim(I) all: 0.1889 / Rrim(I) all: 0.4761 / % possible all: 76.38 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2G3R Resolution: 2.5→17.602 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 22.69
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→17.602 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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