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- PDB-8u4u: Crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domain homodimer engineer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u4u
タイトルCrystal structure of 53BP1 tandem Tudor domain homodimer engineered with two disulfide bridges
要素TP53-binding protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / 53BP1 / DNA damage response / DNA double-strand break repair / non-homologous end joining / homologous recombination / chromatin-binding protein / engineered protein
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K20me2 reader activity / ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of isotype switching / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / DNA repair complex / telomeric DNA binding / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination ...histone H4K20me2 reader activity / ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of isotype switching / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / DNA repair complex / telomeric DNA binding / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / : / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / DNA damage checkpoint signaling / replication fork / histone reader activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / transcription coregulator activity / G2/M DNA damage checkpoint / protein homooligomerization / kinetochore / double-strand break repair via nonhomologous end joining / p53 binding / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / histone binding / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / nuclear body / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour suppressor p53-binding protein-1 Tudor domain / : / Tumour suppressor p53-binding protein-1 Tudor / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / : / : / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2
類似検索 - ドメイン・相同性
TP53-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Cui, G. / Botuyan, M.V. / Thompson, J.R. / Mer, G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA132878 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM136262 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-20-1-0322/OC190394 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: An autoinhibited state of 53BP1 revealed by small molecule antagonists and protein engineering.
著者: Cui, G. / Botuyan, M.V. / Drane, P. / Hu, Q. / Bragantini, B. / Thompson, J.R. / Schuller, D.J. / Detappe, A. / Perfetti, M.T. / James, L.I. / Frye, S.V. / Chowdhury, D. / Mer, G.
履歴
登録2023年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TP53-binding protein 1
B: TP53-binding protein 1
C: TP53-binding protein 1
D: TP53-binding protein 1
E: TP53-binding protein 1
F: TP53-binding protein 1
G: TP53-binding protein 1
H: TP53-binding protein 1
I: TP53-binding protein 1
J: TP53-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,47010
ポリマ－140,47010
非ポリマー00
水00
1
A: TP53-binding protein 1
B: TP53-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0942
ポリマ－28,0942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12290 Å2
手法PISA
2
C: TP53-binding protein 1
D: TP53-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0942
ポリマ－28,0942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
3
E: TP53-binding protein 1
F: TP53-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0942
ポリマ－28,0942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
4
G: TP53-binding protein 1
H: TP53-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0942
ポリマ－28,0942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12150 Å2
手法PISA
5
I: TP53-binding protein 1
J: TP53-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0942
ポリマ－28,0942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.500, 161.825, 179.947
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
TP53-binding protein 1 / 53BP1 / p53-binding protein 1 / p53BP1


分子量: 14047.006 Da / 分子数: 10 / 変異: E1549C, E1567C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53BP1 / プラスミド: pHISPP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12888
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals of the protein (15 mg/mL) were obtained by the hanging drop vapor diffusion method, mixing 1 microliter of the sample in 50 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NaCl and 1 microliter of the ...詳細: Crystals of the protein (15 mg/mL) were obtained by the hanging drop vapor diffusion method, mixing 1 microliter of the sample in 50 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NaCl and 1 microliter of the reservoir solution (0.1 M Bis-Tris, pH 6.5) at 293 K. The crystals were cryoprotected with 25% (w/v) xylitol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.79→50 Å / Num. obs: 19541 / % possible obs: 89.41 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 109.86 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1197 / Rpim(I) all: 0.05194 / Rrim(I) all: 0.1311 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 3.79→3.926 Å / Rmerge(I) obs: 0.6143 / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / Num. unique obs: 1631 / CC1/2: 0.813 / Rpim(I) all: 0.2842 / Rrim(I) all: 0.6804

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.79→48.19 Å / SU ML: 0.5358 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.3893
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2997 1943 9.99 %
Rwork0.2459 17514 -
obs0.2513 19457 89.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 142.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.79→48.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9490 0 0 0 9490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00169680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.40413007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04361357
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031650
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.56063587
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.79-3.880.39111100.3519996X-RAY DIFFRACTION73.05
3.88-3.990.31641190.30781079X-RAY DIFFRACTION77.94
3.99-4.10.34931190.27981080X-RAY DIFFRACTION78.99
4.1-4.240.34411230.26331100X-RAY DIFFRACTION79.52
4.24-4.390.26491240.22281117X-RAY DIFFRACTION81.32
4.39-4.560.28561320.21841190X-RAY DIFFRACTION85.57
4.56-4.770.31121350.24171218X-RAY DIFFRACTION88.14
4.77-5.020.29311430.22421282X-RAY DIFFRACTION92.35
5.02-5.330.31491490.24651341X-RAY DIFFRACTION96.13
5.33-5.750.29711530.2451390X-RAY DIFFRACTION98.85
5.75-6.320.3551540.26441387X-RAY DIFFRACTION99.16
6.32-7.230.29721590.26471435X-RAY DIFFRACTION99.56
7.24-9.110.29331570.23191420X-RAY DIFFRACTION99.31
9.11-48.190.2551660.22561479X-RAY DIFFRACTION97.51
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.231277518851.688845766582.664028691264.69123934694-0.8337831929142.16870913155-0.097609104080.205345265388-0.33735452487-0.455030087575-0.0200410000002-0.5259082431390.3027800779440.5809155228360.1005075013271.211598042010.2340916900930.1016064174691.13422067315-0.09028545480781.1485228933811.3999157353-17.041978681-9.75319143218
25.92834952011-0.3856604171612.384769619756.87719883964-3.289152796616.23661128603-0.0617190362928-0.08556309101470.2635167690040.356914920097-0.01349797200880.829878937347-0.03931459190030.04536837071510.06028065671940.9293779596770.0255886671588-0.003608767710061.12706159498-0.1690280607691.01609454258-0.459210754501-22.4715024568-27.7360529994
37.946042096474.025957393660.4823308521995.200759891850.8984841135835.226605986570.18601945345-0.263449357633-0.274067785773-0.00258788911786-0.00711934824885-0.312493152347-0.0744532939187-0.518586171964-0.1454928653681.123235778750.03669829698310.0563790808430.961217053008-0.008707165420471.0460932658920.3074990071-57.3557602286-22.3580785697
48.867697140910.85236219354-2.72721416913.951690956581.00546141787.84407126430.0544335220128-0.05799978100310.5067570096590.6943703953720.0762948590556-0.4513410810010.1514356137880.382299713851-0.1129668920440.994010307261-0.0292617153256-0.1093132780310.94521122260.09674149202071.0060972243132.6076292677-42.6406963152-32.5493373302
55.570254557560.00578735310346-0.9211473009742.90060394651-2.703002183356.915202614060.17085018369-0.61362496609-0.4676091381950.338489209023-0.174174819704-0.6672876633720.3305296039270.2069765735040.004767044239541.08575728605-0.18706218903-0.09175859093061.30092003522-0.1057766643541.4857746656326.3368558424.03234849482.60112671114
66.36928242362.549007666260.5831478764696.442870270891.867556173196.89121322347-0.398180489068-0.4609905216640.04366721579810.6568203665730.2370956387420.00985628549845-0.149494886310.4430623961970.1066725787621.198320623440.04865095448070.08965405899861.12698241576-0.01112700635621.1171784107315.25077782865.064062238745.06105344878
77.44711710458-2.26096028316-1.781279202776.20922759278-0.1205449784836.09211642197-0.411337054076-0.02816970787390.117181824160.218976264389-0.00485531839986-0.7872631795090.03574422032240.5885505922340.3346011465470.982417495109-0.04265795322550.02939795776161.043592971020.04026459032851.1366604807944.5025702022-37.1183642123-75.4983853026
85.563557176343.27310208307-2.46558170827.92738828771-3.376418034243.31790000673-0.224615023250.3687290000360.0150066114531-0.2168447118870.0222628092407-0.2714732561740.106823859739-0.1416655896270.1508866656241.008305471510.190064426723-0.01189954983421.168500511470.01606839075450.97747733718434.3555380913-32.6442903651-56.5121687817
95.22478568274-0.3775089524610.3719485416493.94514923219-0.4602912088955.76358244908-0.04598491368940.1021344710040.151977724742-1.11393571079-0.292098766172-0.004758244736510.1186707513880.1766912553160.2382758705661.539794865990.242813473392-0.1526655172481.257102165840.05815355547121.255933395-3.0034196201-15.7563389522-52.5517110873
105.11102499526-0.960967758012-0.5544189326754.333213332370.5025205917983.52336240055-0.3097085786010.2793368048210.0151057691251-0.4227726420760.1007409510440.4757449293880.54791700168-0.03481726922420.143945119131.551761808130.147055000405-0.3299499367491.283449725880.02516699391491.47355492495-14.8470137375-2.19463235409-65.2653217829
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 1484 through 1602)AA1484 - 16021 - 119
22(chain 'B' and resid 1484 through 1602)BB1484 - 16021 - 119
33(chain 'C' and resid 1484 through 1602)CC1484 - 16021 - 119
44(chain 'D' and resid 1484 through 1602)DD1484 - 16021 - 119
55(chain 'E' and resid 1484 through 1602)EE1484 - 16021 - 119
66(chain 'F' and resid 1484 through 1603)FF1484 - 16031 - 120
77(chain 'G' and resid 1484 through 1603)GG1484 - 16031 - 120
88(chain 'H' and resid 1484 through 1603)HH1484 - 16031 - 120
99(chain 'I' and resid 1484 through 1602)II1484 - 16021 - 119
1010(chain 'J' and resid 1484 through 1602)JJ1484 - 16021 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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