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Yorodumi- PDB-7w2f: An open-like conformation of the sigma-1 receptor from Xenopus la... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7w2f | ||||||
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Title | An open-like conformation of the sigma-1 receptor from Xenopus laevis complexed with PRE084 by co-crystallization | ||||||
Components | Sigma non-opioid intracellular receptor 1 | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / sigma receptor / membrane receptor / S1R / ligand entry | ||||||
Function / homology | Function and homology information nuclear outer membrane / nuclear inner membrane / lipid transport / cytoplasmic vesicle / endoplasmic reticulum membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Xenopus laevis (African clawed frog) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Meng, F. / Sun, Z. / Zhou, X. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: An open-like conformation of the sigma-1 receptor reveals its ligand entry pathway. Authors: Meng, F. / Xiao, Y. / Ji, Y. / Sun, Z. / Zhou, X. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7w2f.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7w2f.ent.gz | 877.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7w2f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7w2f_validation.pdf.gz | 4.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7w2f_full_validation.pdf.gz | 4.6 MB | Display | |
Data in XML | 7w2f_validation.xml.gz | 94.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7w2f_validation.cif.gz | 119.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/7w2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/7w2f | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7w2bC 7w2cC 7w2dC 7w2eC 7w2gC 7w2hC 5hk1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25121.682 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopus laevis (African clawed frog) / Gene: sigmar1, oprs1 / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / References: UniProt: Q6DCU6 #2: Chemical | ChemComp-E84 / #3: Sugar | ChemComp-BOG / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.66 Å3/Da / Density % sol: 66.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.1M Na+-HEPES pH 6.5, 28% PEG 300, 0.4mM PRE084 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.97915 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 19, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.1→47.357 Å / Num. obs: 80396 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 73.66 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 418467 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5HK1 Resolution: 3.1→47.357 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 35.62 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 244.96 Å2 / Biso mean: 80.5425 Å2 / Biso min: 24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.1→47.357 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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