PDB-7w2b: The closed conformation of the sigma-1 receptor from Xenopus laevis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w2b

タイトル

The closed conformation of the sigma-1 receptor from Xenopus laevis

要素

Sigma non-opioid intracellular receptor 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / sigma receptor / membrane receptor / S1R / ligand entry

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear inner membrane / lipid transport / nuclear outer membrane / cytoplasmic vesicle / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.203 Å

データ登録者

Meng, F. / Sun, Z. / Zhou, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: An open-like conformation of the sigma-1 receptor reveals its ligand entry pathway.
著者: Meng, F. / Xiao, Y. / Ji, Y. / Sun, Z. / Zhou, X.

履歴

登録	2021年11月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w2b.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w2b.ent.gz	866.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w2b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7w2b_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7w2b_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	7w2b_validation.xml.gz	86.5 KB	表示
CIF形式データ	7w2b_validation.cif.gz	110.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/7w2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/7w2b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7w2cC 7w2dC 7w2eC 7w2fC 7w2gC 7w2hC 5hk1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

C: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

E: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

D: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

F: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

B: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

G: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

H: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

I: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

J: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

K: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

L: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

309 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

C: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

E: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.4 kDa, 3 ポリマー

2

D: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

F: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

B: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.4 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

H: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

I: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.1 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

K: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

L: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
76.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.718, 148.450, 172.137
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.440, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))
2	1	(chain B and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))
3	1	(chain C and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))
4	1	(chain D and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))
5	1	(chain E and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))
6	1	(chain F and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))
7	1	(chain G and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))
8	1	(chain H and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))
9	1	(chain I and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))
10	1	(chain J and (resid 3 through 216 or resid 302))
11	1	(chain K and (resid 3 through 22 or resid 30 through 301))
12	1	(chain L and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	A	3 - 22
1	2	1	(chain A and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	A	30 - 216
1	3	1	(chain A and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	A	302
2	1	1	(chain B and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	B	3 - 22
2	2	1	(chain B and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	B	30 - 216
2	3	1	(chain B and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	B	302
3	1	1	(chain C and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	C	3 - 22
3	2	1	(chain C and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	C	30 - 216
3	3	1	(chain C and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	C	302
4	1	1	(chain D and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	D	3 - 22
4	2	1	(chain D and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	D	30 - 216
4	3	1	(chain D and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	D	302
5	1	1	(chain E and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	E	3 - 22
5	2	1	(chain E and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	E	30 - 216
5	3	1	(chain E and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	E	302
6	1	1	(chain F and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	F	3 - 22
6	2	1	(chain F and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	F	30 - 216
6	3	1	(chain F and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	F	302
7	1	1	(chain G and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	G	3 - 22
7	2	1	(chain G and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	G	30 - 216
7	3	1	(chain G and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	G	302
8	1	1	(chain H and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	H	3 - 22
8	2	1	(chain H and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	H	30 - 216
8	3	1	(chain H and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	H	302
9	1	1	(chain I and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	I	3 - 22
9	2	1	(chain I and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	I	30 - 216
9	3	1	(chain I and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	I	302
10	1	1	(chain J and (resid 3 through 216 or resid 302))	J	0
11	1	1	(chain K and (resid 3 through 22 or resid 30 through 301))	K	3 - 22
11	2	1	(chain K and (resid 3 through 22 or resid 30 through 301))	K	30 - 301
12	1	1	(chain L and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	L	3 - 22
12	2	1	(chain L and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	L	30 - 216
12	3	1	(chain L and (resid 3 through 22 or resid 30 through 216 or resid 302))	L	302

#1: タンパク質

Sigma non-opioid intracellular receptor 1 / Sigma 1-type opioid receptor / Sigma1-receptor / Sigma1R

分子量: 25121.682 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: sigmar1, oprs1 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q6DCU6

#2: 化合物

...
ChemComp-AU / GOLD ION

分子量: 196.967 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au

#3: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.5 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 0.1M NaCl, 0.1M Na+-citrate pH 5.1, 26% PEG 400, 10mM KAu(CN)2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97929 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97929 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.203→48.773 Å / Num. obs: 70446 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 86.94 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.137 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 484523

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
3.203-3.258	7.2	1.129	25503	3533	0.735	0.45	1.216	2	100
8.678-48.773	6.2	0.06	22597	3663	0.997	0.025	0.065	31.8	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	BUILT 20190315	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HK1

5hk1

解像度: 3.203→46.9 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2691	3481	4.95 %
R_work	0.2409	66824	-
obs	0.2423	70305	98.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 171.92 Å² / B_iso mean: 85.7256 Å² / B_iso min: 41.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.203→46.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20469	0	204	0	20673
B_iso mean	-	-	75.06	-	-
残基数	-	-	-	-	2590

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	11649	X-RAY DIFFRACTION	8.009	TORSIONAL
1	2	B	11649	X-RAY DIFFRACTION	8.009	TORSIONAL
1	3	C	11649	X-RAY DIFFRACTION	8.009	TORSIONAL
1	4	D	11649	X-RAY DIFFRACTION	8.009	TORSIONAL
1	5	E	11649	X-RAY DIFFRACTION	8.009	TORSIONAL
1	6	F	11649	X-RAY DIFFRACTION	8.009	TORSIONAL
1	7	G	11649	X-RAY DIFFRACTION	8.009	TORSIONAL
1	8	H	11649	X-RAY DIFFRACTION	8.009	TORSIONAL
1	9	I	11649	X-RAY DIFFRACTION	8.009	TORSIONAL
1	10	J	11649	X-RAY DIFFRACTION	8.009	TORSIONAL
1	11	K	11649	X-RAY DIFFRACTION	8.009	TORSIONAL
1	12	L	11649	X-RAY DIFFRACTION	8.009	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.203-3.2465	0.376	136	0.328	2687	100
3.2465-3.2929	0.3533	163	0.3183	2687	100
3.2929-3.342	0.3014	151	0.3001	2716	100
3.342-3.3942	0.3397	127	0.2965	2697	100
3.3942-3.4498	0.3296	82	0.3251	1596	58
3.4498-3.5093	0.3492	127	0.2923	2733	100
3.5093-3.5731	0.2961	152	0.2911	2679	100
3.5731-3.6418	0.3047	136	0.2632	2711	100
3.6418-3.7161	0.2686	157	0.2534	2676	100
3.7161-3.7969	0.253	156	0.2386	2733	100
3.7969-3.8851	0.2787	154	0.2487	2668	100
3.8851-3.9823	0.3097	171	0.2463	2711	100
3.9823-4.0899	0.2893	132	0.2379	2745	100
4.0899-4.2101	0.2456	152	0.2308	2689	100
4.2101-4.3459	0.2448	131	0.2257	2750	100
4.3459-4.5012	0.2282	136	0.2117	2701	100
4.5012-4.6812	0.2357	103	0.2102	2789	100
4.6812-4.8941	0.2323	136	0.2054	2711	100
4.8941-5.1518	0.2652	136	0.226	2747	100
5.1518-5.4741	0.2925	132	0.2368	2741	100
5.4741-5.896	0.3077	126	0.2716	2741	100
5.896-6.488	0.2854	124	0.2568	2756	100
6.488-7.4236	0.2402	168	0.2261	2718	100
7.4236-9.3408	0.2139	146	0.1954	2748	100
9.3408-46.9	0.267	147	0.2441	2694	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2691	-0.6026	3.6819	3.0898	-0.8572	4.7524	-1.4014	-0.4883	0.0027	-0.3984	-0.2011	-0.0602	0.8703	-2.6256	0.8645	0.6293	-0.3035	0.1204	0.7274	0.0261	0.6317	-63.907	-49.109	-61.622
2	3.3874	-0.784	0.5514	4.8185	0.9384	5.9711	0.1939	-1.0626	0.2476	0.792	-0.4292	0.6273	-0.543	-0.3982	0.2888	0.6996	-0.0803	-0.0529	0.6094	0.0821	0.6215	-45.153	-47.136	-32.139
3	4.063	-0.6038	0.6784	5.357	1.2282	5.2562	0.347	-0.2195	-0.0297	1.6968	-0.2916	0.0962	0	1.1626	0.1158	0.6814	0.0428	-0.0379	0.8418	0.238	0.6886	-36.972	-53.22	-31.171
4	2.2903	0.5588	1.4405	6.8443	-1.8599	3.3386	0.1261	0.4042	-0.6227	0.2623	-0.4141	-0.2986	0.0864	0.2437	0.2166	0.354	0.0174	0.0427	0.5211	-0.031	0.6028	-38.995	-50.242	-44.064
5	1.3638	-2.0607	0.913	5.1095	-0.1537	4.2647	0.3583	-0.0809	-0.2424	0.2551	-0.2553	0.3705	-0.0771	-0.1877	0.0027	0.4254	-0.0542	0.0814	0.5941	0.0149	0.4258	-44.116	-32.794	-42.332
6	0.5285	-1.5119	0.4481	5.2923	-1.3463	6.8105	0.0415	-0.5657	0.3934	0.3733	-0.2998	0.5218	-1.1348	-0.3476	0.3835	0.7199	0.0529	0.0115	0.7044	-0.1229	0.6599	-48.95	-36.181	-39.682
7	1.6009	-2.1129	0.5355	6.0115	-1.0506	6.5499	-0.3916	-0.0479	0.0181	0.7736	-0.2132	-0.731	-0.7605	0.7479	0.5546	0.4913	-0.0395	-0.0066	0.5177	-0.0259	0.458	-40.807	-38.882	-41.286
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49	1.8441	0.5745	-2.2544	4.8883	0.535	3.1814	-0.0657	-0.2383	-0.2333	-0.701	-0.0707	0.2315	0.0302	0.0625	0.3057	0.5526	0.1192	-0.1609	0.5998	-0.1651	0.6558	-20.624	0.932	-19.319
50	2.5364	0.6584	0.9021	0.3256	0.3613	2.7843	-0.3741	0.444	0.3702	-0.1493	-0.3827	0.7686	-0.4167	-0.7343	0.8153	1.0723	0.2204	-0.1188	0.6185	-0.1487	0.5557	-20.561	15.449	-9.556
51	1.3408	-0.0663	-0.0443	1.1201	0.1394	2.9089	0.0481	-0.2702	-0.1225	-0.6505	-0.408	0.1654	0.679	-0.5115	0.5546	0.8842	0.1497	0.0215	0.8123	-0.1891	0.727	-29.726	6.67	0.709

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 3:29 )	A	3 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 30:51 )	A	30 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 52:65 )	A	52 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 66:106 )	A	66 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 107:144 )	A	107 - 144
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 145:156 )	A	145 - 156
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 157:173 )	A	157 - 173
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 174:192 )	A	174 - 192
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 193:217 )	A	193 - 217
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 3:28 )	C	3 - 28
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 29:95 )	C	29 - 95
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 96:217 )	C	96 - 217
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN E AND RESID 3:29 )	E	3 - 29
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN E AND RESID 30:95 )	E	30 - 95
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN E AND RESID 96:173 )	E	96 - 173
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN E AND RESID 174:217 )	E	174 - 217
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID -3:6 )	D	-3 - 6
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 7:28 )	D	7 - 28
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 29:106 )	D	29 - 106
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 107:217 )	D	107 - 217
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN F AND RESID 3:29 )	F	3 - 29
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN F AND RESID 30:106 )	F	30 - 106
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN F AND RESID 107:217 )	F	107 - 217
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN B AND RESID -1:29 )	B	-1 - 29
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN B AND RESID 30:106 )	B	30 - 106
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN B AND RESID 107:173 )	B	107 - 173
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN B AND RESID 174:217 )	B	174 - 217
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN G AND RESID -1:28 )	G	-1 - 28
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN G AND RESID 29:95 )	G	29 - 95
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN G AND RESID 96:217 )	G	96 - 217
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN H AND RESID 3:29 )	H	3 - 29
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN H AND RESID 30:85 )	H	30 - 85
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN H AND RESID 86:217 )	H	86 - 217
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN I AND RESID 1:29 )	I	1 - 29
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN I AND RESID 30:85 )	I	30 - 85
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN I AND RESID 86:217 )	I	86 - 217
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN J AND RESID 1:21 )	J	1 - 21
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN J AND RESID 22:65 )	J	22 - 65
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN J AND RESID 66:106 )	J	66 - 106
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN J AND RESID 107:140 )	J	107 - 140
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN J AND RESID 141:217 )	J	141 - 217
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN K AND RESID 3:29 )	K	3 - 29
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN K AND RESID 30:95 )	K	30 - 95
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN K AND RESID 96:216 )	K	96 - 216
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN L AND RESID 3:29 )	L	3 - 29
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN L AND RESID 30:50 )	L	30 - 50
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN L AND RESID 51:106 )	L	51 - 106
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN L AND RESID 107:144 )	L	107 - 144
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN L AND RESID 145:173 )	L	145 - 173
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN L AND RESID 174:192 )	L	174 - 192
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN L AND RESID 193:217 )	L	193 - 217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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