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- PDB-7vyt: Crystal structure of human TIGIT(23-129) in complex with the scFv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vyt
タイトルCrystal structure of human TIGIT(23-129) in complex with the scFv fragment of anti-TIGIT antibody MG1131
要素
  • MG1131 heavy chain variable region
  • MG1131 light chain variable region
  • T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Immune Checkpoint / TIGIT
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of T cell activation / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-10 production / signaling receptor activity / signaling receptor binding / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell immunoglobulin and ITIM domain receptor / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...T-cell immunoglobulin and ITIM domain receptor / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Jeong, B.-S. / Nam, H. / Kim, M. / Oh, B.-H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Other privateMOGAM institute and GC Pharma 韓国
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2022
タイトル: Structural and functional characterization of a monoclonal antibody blocking TIGIT.
著者: Jeong, B.S. / Nam, H. / Lee, J. / Park, H.Y. / Cho, K.J. / Sheen, J.H. / Song, E. / Oh, M. / Lee, S. / Choi, H. / Yang, J.E. / Kim, M. / Oh, B.H.
履歴
登録2021年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
B: MG1131 heavy chain variable region
T: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
L: MG1131 light chain variable region
H: MG1131 heavy chain variable region
C: MG1131 light chain variable region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3438
ポリマ－76,9656
非ポリマー3782
水6,990388
1
A: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
B: MG1131 heavy chain variable region
C: MG1131 light chain variable region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6724
ポリマ－38,4833
非ポリマー1891
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
T: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
L: MG1131 light chain variable region
H: MG1131 heavy chain variable region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6724
ポリマ－38,4833
非ポリマー1891
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.670, 79.820, 77.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.554, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 25 through 35 or resid 37...
d_2ens_1(chain "T" and (resid 25 through 35 or resid 37...
d_1ens_2(chain "H" and (resid 2 through 12 or resid 14...
d_2ens_2(chain "B" and (resid 2 through 12 or resid 14...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYALAA1 - 11
d_12ens_1LYSLEUA13 - 19
d_13ens_1CYSGLNA21 - 38
d_14ens_1LEUPHEA41 - 57
d_15ens_1ASPGLUA59 - 104
d_21ens_1GLYALAC1 - 11
d_22ens_1LYSLEUC13 - 19
d_23ens_1CYSGLNC21 - 38
d_24ens_1LEUPHEC41 - 57
d_25ens_1ASPGLUC59 - 104
d_11ens_2VALLYSG3 - 13
d_12ens_2PROGLYG15 - 43
d_13ens_2GLYLEUG45 - 87
d_14ens_2SERSERG89 - 121
d_21ens_2VALLYSB2 - 12
d_22ens_2PROGLYB14 - 42
d_23ens_2GLYLEUB44 - 86
d_24ens_2SERSERB88 - 120

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.0889832869727, -0.00770410505748, 0.996003323993), (-0.0176608851662, -0.99980067648, -0.00931130733973), (0.995876532395, -0.0184188510633, 0.0888294891961)-11.4347053778, 160.968170546, 12.4874891734
2given(-0.0657336045095, -0.0113429005643, 0.997772735569), (-0.0178203255276, -0.9997625699, -0.012539530499), (0.997678068936, -0.0186049034889, 0.0655158631927)-12.5064334578, 161.038078765, 13.319999235
3given(-0.146513933408, -0.0189031359242, 0.989027976737), (-0.0307336464689, -0.999247745926, -0.0236513262977), (0.988731060649, -0.0338616850311, 0.145822755408)-7.93451347419, 162.270455887, 10.4410263669

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要素

#1: タンパク質 T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains / V-set and immunoglobulin domain-containing protein 9 / V-set and transmembrane domain-containing protein 3


分子量: 11643.942 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIGIT, VSIG9, VSTM3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q495A1
#2: 抗体 MG1131 heavy chain variable region


分子量: 13277.817 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 MG1131 light chain variable region


分子量: 13560.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: (G4S)4 is a linker. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200mM ammonium citrate, 20% (v/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→29.33 Å / Num. obs: 126325 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 21.01 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06538 / Rsym value: 0.07068 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.53→1.585 Å / Num. unique obs: 12553 / CC1/2: 0.703

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EHV, 3UCR

6ehv

3ucr


解像度: 1.53→29.33 Å / SU ML: 0.1966 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.8121
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 6315 5 %
Rwork0.2012 119998 -
obs0.2021 126313 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→29.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5114 0 26 390 5530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01175252
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19657132
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093782
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5814742
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONNCS constraints0.54177228003
ens_2d_2HX-RAY DIFFRACTIONNCS constraints0.463225853019
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.550.35572080.32923946X-RAY DIFFRACTION99.9
1.55-1.570.35492090.31353979X-RAY DIFFRACTION99.88
1.57-1.580.30842100.29493986X-RAY DIFFRACTION99.9
1.58-1.60.31762100.28133990X-RAY DIFFRACTION99.95
1.6-1.630.25652100.26723984X-RAY DIFFRACTION99.95
1.63-1.650.27572080.25493959X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.670.29132100.2654008X-RAY DIFFRACTION99.95
1.67-1.70.26612120.26314022X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.720.29772080.25163951X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.750.26942100.23463985X-RAY DIFFRACTION99.95
1.75-1.780.272080.21643975X-RAY DIFFRACTION99.9
1.78-1.810.24072100.21323994X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.850.21842110.21414004X-RAY DIFFRACTION99.86
1.85-1.890.22052100.21053989X-RAY DIFFRACTION99.9
1.89-1.930.22462100.21033998X-RAY DIFFRACTION99.95
1.93-1.970.23262090.20763952X-RAY DIFFRACTION99.93
1.97-2.020.22442100.20783992X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.080.24942110.20084007X-RAY DIFFRACTION99.95
2.08-2.140.22732110.21044012X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.210.20882110.19984021X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.290.22952110.20883999X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.380.21862100.20653986X-RAY DIFFRACTION99.95
2.38-2.480.23912120.21034028X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.620.25792090.21523973X-RAY DIFFRACTION99.98
2.62-2.780.21662140.20624060X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.990.24212090.2083975X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.290.19362120.20244033X-RAY DIFFRACTION99.98
3.29-3.770.19552120.18644030X-RAY DIFFRACTION99.81
3.77-4.750.14942130.15164049X-RAY DIFFRACTION100
4.75-29.330.21162170.17084111X-RAY DIFFRACTION99.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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