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- PDB-7n0i: Structure of the SARS-CoV-2 N protein C-terminal domain bound to ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7n0i | ||||||
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Title | Structure of the SARS-CoV-2 N protein C-terminal domain bound to single-domain antibody E2 | ||||||
![]() |
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / nanobody / nucleocapsid / VIRUS / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | ![]() cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / intracellular non-membrane-bounded organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / intracellular non-membrane-bounded organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / RNA stem-loop binding / Interferon alpha/beta signaling / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ye, Q. / Corbett, K.D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Basis for SARS-CoV-2 Nucleocapsid Protein Recognition by Single-Domain Antibodies. Authors: Ye, Q. / Lu, S. / Corbett, K.D. #1: Journal: Biorxiv / Year: 2021 Title: Structural basis for SARS-CoV-2 Nucleocapsid protein recognition by single-domain antibodies. Authors: Ye, Q. / Lu, S. / Corbett, K.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
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Data in CIF | ![]() | 79.2 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7n0rC ![]() 7r98C ![]() 6wzqS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 10820.076 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: C-terminal domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 15434.994 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 20 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM TCEP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: May 14, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→49.69 Å / Num. obs: 129860 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 5.417 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 6374 / CC1/2: 0.344 / Rpim(I) all: 2.282 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6WZQ Resolution: 2.2→49.69 Å / SU ML: 0.3036 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 32.7474 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→49.69 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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