PDB-7vsq: Crystal strcuture of the tandem B-Box domains of CONSTANS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vsq

タイトル

Crystal strcuture of the tandem B-Box domains of CONSTANS

要素

Zinc finger protein CONSTANS

キーワード

PLANT PROTEIN / B-Box / CONSTANS / Photoperiod

機能・相同性

機能・相同性情報

far-red light signaling pathway / regulation of flower development / response to far red light / flower development / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Liu, R. / Lv, X. / Du, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2022
タイトル: Molecular basis of CONSTANS oligomerization in FLOWERING LOCUS T activation.
著者: Zeng, X. / Lv, X. / Liu, R. / He, H. / Liang, S. / Chen, L. / Zhang, F. / Chen, L. / He, Y. / Du, J.

履歴

登録	2021年10月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vsq.cif.gz	120 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vsq.ent.gz	92 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vsq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/7vsq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/7vsq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vspSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7vsp-1 7vsp-3 7vsq-2 7vsp-2 3ngg-d 5eoj-d 2m93-d 2py0-d 2khl-d 4qey-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Zinc finger protein CONSTANS

B: Zinc finger protein CONSTANS

C: Zinc finger protein CONSTANS

ヘテロ分子

33.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Zinc finger protein CONSTANS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Zinc finger protein CONSTANS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Zinc finger protein CONSTANS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.813, 50.813, 97.624
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3

#1: タンパク質	Zinc finger protein CONSTANS 分子量: 11026.373 Da / 分子数: 3 / 断片: tandem B-Box domains / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: CO, At5g15840, F14F8_220 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39057
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate tribasic dehydrate, pH 5.6, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 7733 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.4 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / R_merge(I) obs: 1.053 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 386 / CC_1/2: 0.867

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VSP

7vsp

解像度: 2.7→32.684 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 39.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3048	354	4.62 %
R_work	0.2774	7311	-
obs	0.2787	7665	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 176.09 Å² / B_iso mean: 95.4925 Å² / B_iso min: 34.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→32.684 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1974	0	12	18	2004
B_iso mean	-	-	92.8	58.68	-
残基数	-	-	-	-	262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.762	2717
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	307
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	366
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.996	735

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.7002-3.0907	0.3378	106	0.3294	2387	97
3.0907-3.893	0.3776	132	0.3156	2471	100
3.893-32.68	0.2653	116	0.2488	2453	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8446	2.3722	-0.8933	8.1408	-0.9464	3.1813	-0.3388	-0.0531	-0.1654	0.1604	0.003	-0.2712	0.1595	0.6708	0.3999	0.5131	-0.1004	0.0492	0.8462	-0.1023	0.546	10.5503	-0.7364	-6.6786
2	8.0403	1.6015	6.5708	3.3086	-2.8088	2.0312	1.6343	-1.5315	-0.5638	-0.6408	-0.4393	0.2582	0.6335	-0.4541	1.5917	0.8317	0.1239	0.4411	0.6128	-0.1235	0.3805	4.0429	-6.8736	1.9541
3	4.5947	0.1352	1.673	5.6928	-3.6999	5.2159	0.2875	0.3523	-0.3688	-1.3858	-0.6264	1.1434	0.7066	0.4041	-0.2011	0.4021	0.0451	0.2479	0.7051	0.0573	0.2021	-6.6802	-9.2162	9.7648
4	9.4169	-4.8268	-3.6333	3.9497	-0.9498	6.5006	0.7128	0.5395	-0.9194	0.5465	0.0635	-1.1627	0.2854	1.2228	0.7598	0.7469	-0.03	-0.0629	0.8653	0.0296	1.2153	-14.4466	-22.9461	-0.0111
5	2.2208	0.7261	2.2117	8.0231	-1.7965	8.1101	0.7057	-0.2149	-0.0684	0.4561	-1.1973	0.3459	2.1538	0.5314	0.2685	0.2917	-0.004	0.0671	0.8459	-0.1891	0.5238	-24.4192	-24.1525	4.6193
6	2.3009	2.5348	-2.5761	4.203	-5.2395	7.6801	0.4345	0.2213	-1.7265	-0.4407	-1.1765	-0.4055	-0.3711	1.3351	0.1728	0.5567	0.2063	-0.0374	1.1257	-0.029	0.5808	-17.7384	-7.0468	-12.7583
7	3.8168	-1.1661	-0.5375	4.2624	2.3063	1.2585	-0.0031	0.9974	-0.8964	-0.2076	1.2608	-0.9812	-0.2445	1.5203	0.2319	0.6546	-0.48	0.1643	1.1589	-0.2184	0.7002	-24.922	-3.6929	-10.3382
8	1.993	-5.2671	4.7775	4.2624	-2.3292	2.2882	-0.8325	0.8657	2.7282	-0.5493	0.9251	-2.1603	-1.5805	-1.5631	1.1844	0.9203	-0.1885	-0.006	2.0311	0.3783	1.8196	-6.7263	13.0118	-3.9096
9	8.0131	0.6964	-3.8235	9.2247	3.2398	4.1788	0.413	-2.0944	0.1485	0.7625	0.0935	0.3403	-1.3047	0.1465	-0.0017	1.1239	0.0466	-0.1471	1.2753	-0.054	0.5467	-16.0273	18.1908	-10.7308
10	2.8031	1.531	-3.8696	1.169	-0.6544	2.0035	-1.3273	-0.6778	-0.3062	0.8025	-0.126	-0.7785	2.1918	2.0193	0.6124	1.9853	0.2124	0.3405	2.029	0.2368	0.6627	-17.7929	9.244	0.8406
11	8.0383	5.3168	1.945	5.9544	-1.9311	4.859	-0.4678	1.2723	0.3966	0.1094	0.207	0.54	2.4712	0.1665	-0.2461	1.1219	0.1857	0.0141	0.606	-0.0739	0.7564	-28.861	5.1727	7.6087

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 17 through 58 )	A	17 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 72 )	A	59 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 73 through 105 )	A	73 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 19 through 40 )	B	19 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 41 through 61 )	B	41 - 61
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 62 through 99 )	B	62 - 99
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 100 through 105 )	B	100 - 105
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 20 through 29 )	C	20 - 29
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 30 through 58 )	C	30 - 58
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 59 through 70 )	C	59 - 70
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 71 through 105 )	C	71 - 105

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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