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- PDB-7vsp: Crystal strcuture of the tandem B-Box domains of COL2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vsp
タイトルCrystal strcuture of the tandem B-Box domains of COL2
要素Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 2
キーワードPLANT PROTEIN / B-Box / COL2 / Photoperiod
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of flower development / chloroplast organization / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
CCT domain / Zinc finger protein CONSTANS-like / CCT motif / CCT domain profile. / : / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lv, X. / Liu, R. / Du, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other governmentJCYJ20200109110403829 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2022
タイトル: Molecular basis of CONSTANS oligomerization in FLOWERING LOCUS T activation.
著者: Zeng, X. / Lv, X. / Liu, R. / He, H. / Liang, S. / Chen, L. / Zhang, F. / Chen, L. / He, Y. / Du, J.
履歴
登録2021年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 2
B: Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 2
C: Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,22615
ポリマ－39,4413
非ポリマー78512
水2,126118
1
A: Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4095
ポリマ－13,1471
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4095
ポリマ－13,1471
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4095
ポリマ－13,1471
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.934, 44.478, 99.765
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 2


分子量: 13146.992 Da / 分子数: 3 / 断片: Tandem B-Box domains / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: COL2, At3g02380, F11A12.106, F11A12.7, F16B3.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96502
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 35% 1,4-Dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月4日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 18763 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 28.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.629 / Net I/σ(I): 4.2 / Num. measured all: 124258
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.183.40.3436290.9210.2130.4020.48599.6
2.18-2.263.40.27736200.9370.1740.3280.49699.8
2.26-2.373.40.22435860.9580.1420.2660.51899.8
2.37-2.493.30.1936450.9620.1240.2270.55499.9
2.49-2.653.50.16536390.9730.1030.1950.57199.9
2.65-2.853.50.12935960.9830.080.1520.64199.9
2.85-3.143.40.10436110.9840.0660.1240.65399.9
3.14-3.593.50.08136370.9910.0510.0960.76599.9
3.59-4.523.50.06436340.9920.040.0760.87999.9
4.52-503.50.05235950.9940.0330.0610.7199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→22.93 Å / SU ML: 0.1526 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.3147
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2002 963 5.15 %
Rwork0.1788 17736 -
obs0.1799 18699 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→22.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2004 0 12 118 2134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01222033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23022753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0688317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0107368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4956742
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.210.24421290.19882469X-RAY DIFFRACTION97.63
2.21-2.350.20811190.17772526X-RAY DIFFRACTION99.66
2.35-2.530.19041400.17272528X-RAY DIFFRACTION99.7
2.53-2.790.19071430.17742518X-RAY DIFFRACTION99.85
2.79-3.190.21891380.17412538X-RAY DIFFRACTION99.89
3.19-4.020.19091350.17132557X-RAY DIFFRACTION99.81
4.02-22.930.19581590.1852600X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.5792354218 Å / Origin y: 14.4852484973 Å / Origin z: 73.4568954101 Å
111213212223313233
T0.213664512195 Å2-0.0260109521003 Å20.020415523926 Å2-0.169999239279 Å20.00215028901897 Å2--0.209101352346 Å2
L0.503205937633 °2-0.202465609001 °2-0.334894847436 °2-0.0906961153621 °20.34089575365 °2--1.25495686384 °2
S0.0073892172942 Å °-0.0188483189291 Å °-0.00372062859165 Å °-0.0319246365108 Å °-0.0231851328086 Å °-0.0375758538156 Å °-0.0655626017576 Å °-0.0431667713 Å °0.0182997740366 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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