PDB-7vn4: Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vn4

タイトル

Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning TCCACGTGGA

要素

DNA (5'-D(*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription factor-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

plant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space / DNA-binding transcription factor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia sp. (バクテリア)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Nosaki, S. / Tanokura, M. / Miyakawa, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2022
タイトル: Brassinosteroid-induced gene repression requires specific and tight promoter binding of BIL1/BZR1 via DNA shape readout.
著者: Nosaki, S. / Mitsuda, N. / Sakamoto, S. / Kusubayashi, K. / Yamagami, A. / Xu, Y. / Bui, T.B.C. / Terada, T. / Miura, K. / Nakano, T. / Tanokura, M. / Miyakawa, T.

履歴

登録	2021年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vn4.cif.gz	853.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vn4.ent.gz	620.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vn4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vn4_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vn4_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	7vn4_validation.xml.gz	67.1 KB	表示
CIF形式データ	7vn4_validation.cif.gz	93.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vn4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vn2C 7vn3C 7vn5C 7vn6C 7vn7C 7vn8C 5zd4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #119 - 2009年11月人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal) 類似性 (1) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (6) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (6) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (5) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#180 - 2014年12月
TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#8 - 2000年8月
制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (6)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (6)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (3)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (5)
#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#138 - 2011年6月
グルカン分解酵素 (Glucansucrase)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

D: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

G: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

H: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

A: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

B: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

E: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

214 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

D: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

G: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

H: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

B: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

E: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.624, 93.646, 112.486
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.461, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質

Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1 / Protein BIN2 SUBSTRATE 2

分子量: 48419.836 Da / 分子数: 4 / 変異: D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fused Maltose binding protein is derived from Escherichia coli O157:H7
由来: (組換発現)

Serratia sp. (strain FS14) (バクテリア), (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: FS14 / 遺伝子: malE, JW3994, BZR1, BIS2, At1g75080, F9E10_7 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LXE0, UniProt: Q8S307

#2: DNA鎖

DNA (5'-D(*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

分子量: 4593.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→46.82 Å / Num. obs: 121611 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 33.24 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 121611 / CC_1/2: 0.889

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18_3855	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZD4

5zd4

解像度: 2.1→43.05 Å / SU ML: 0.2436 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.5876
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2452	6099	5.03 %
R_work	0.2178	115268	-
obs	0.2192	121367	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13592	1220	120	402	15334

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0086	15393
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.847	21130
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0695	2306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	2526
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.1723	5755

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.3668	208	0.2847	3835	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.12-2.15	0.2721	200	0.269	3865	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.15-2.18	0.2883	213	0.2654	3843	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.18-2.2	0.2712	223	0.2603	3805	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.2-2.23	0.3063	189	0.2639	3884	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.23-2.26	0.3263	207	0.257	3769	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.26-2.29	0.2995	207	0.2588	3879	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.29-2.33	0.272	205	0.2524	3816	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.33-2.37	0.3148	200	0.2567	3824	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.37-2.4	0.3114	199	0.262	3901	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.4-2.45	0.2985	222	0.2596	3818	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.45-2.49	0.3008	188	0.2419	3843	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.49-2.54	0.2762	205	0.2432	3844	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.54-2.59	0.2523	192	0.241	3828	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.59-2.65	0.2724	204	0.2385	3863	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.65-2.71	0.2937	201	0.2386	3861	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.71-2.77	0.2331	213	0.2466	3864	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.78-2.85	0.3125	183	0.2551	3864	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.85-2.93	0.284	233	0.2611	3820	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.93-3.03	0.2894	202	0.249	3849	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.03-3.14	0.284	206	0.2487	3851	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.14-3.26	0.2807	178	0.237	3819	X-RAY DIFFRACTION	98.64
3.26-3.41	0.2492	190	0.2309	3862	X-RAY DIFFRACTION	99.07
3.41-3.59	0.2433	207	0.2159	3835	X-RAY DIFFRACTION	99.07
3.59-3.82	0.2076	228	0.2024	3823	X-RAY DIFFRACTION	99.09
3.82-4.11	0.2077	172	0.1843	3868	X-RAY DIFFRACTION	98.9
4.11-4.52	0.1807	190	0.1651	3844	X-RAY DIFFRACTION	98.46
4.52-5.18	0.169	224	0.1671	3841	X-RAY DIFFRACTION	98.98
5.18-6.52	0.2201	207	0.187	3856	X-RAY DIFFRACTION	98.64
6.52-43.05	0.2028	203	0.1673	3794	X-RAY DIFFRACTION	94.6

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.66976119885	-0.368674819479	-0.254131454052	1.69089570883	-0.0259878733963	1.5927078138	0.0577210839369	-0.159009397208	0.0186566374722	-0.0305137809444	-0.0100379930785	0.047072070116	-0.120774314157	0.0512261466978	-0.0431454945154	0.244528352853	-0.0232590447069	0.0401549711271	0.179780767123	0.0247760976485	0.1485243846	-2.65092209603	13.9697455548	11.009927602
2	3.28834472498	-1.92345906553	1.19337339831	4.03530499554	-1.42212079394	2.90488850474	0.0203850222063	-0.208330987622	-0.264636045811	0.116973859037	0.09206147729	-0.15213828853	0.777338432062	-0.0561550553663	-0.0894803844169	0.419940050231	-0.0165508524274	-0.0217265983196	0.174740899371	-0.0183843303095	0.240257404762	-7.05969530065	-37.2082410455	28.5591257952
3	2.9036015838	0.639080175979	0.124648962722	1.33333959831	0.0218825480552	1.57943077932	-0.00591985768372	0.150523470579	-0.0535708038697	0.134686315781	0.0729296469325	-0.0965319443032	-0.0487606888158	-0.0679560806831	-0.0605715303773	0.28918403685	0.0442772412966	0.0125452604571	0.219520498859	-0.0146529108077	0.160799370905	-7.8182478394	14.0224696304	44.5553694416
4	1.92160925146	1.34508080428	0.555423466646	3.65326143575	1.7649538446	2.9511036116	0.0244231778966	0.0182126328031	-0.239315832825	0.0353435501698	0.0719549097962	-0.0800186038767	0.766751106008	-0.112019451109	-0.0820855085541	0.413453694268	-0.0166588825318	-0.0381395321497	0.168631911166	0.0540905232938	0.251093815308	-2.61749443324	-37.2766552562	26.3876419408
5	1.70413627104	0.359477577537	-2.46565494895	1.4524968759	-0.704343722921	7.48741441067	0.233474808727	0.034100555729	0.0219154286607	0.199366703105	0.0820586205666	-0.0239503955142	0.223105395689	-0.42737184257	-0.305904147721	0.247810867464	-0.00395241658657	-0.044810543687	0.174912018179	0.0170194998004	0.19562222582	-6.55316012942	-24.318520975	29.5762583906
6	1.29793417407	-0.406371204713	-0.647206741934	3.05832924998	3.33208525391	6.3416969701	0.276514768644	-0.270003374825	0.141591422891	-0.0876953438648	0.276891307483	-0.207990693782	0.112857868569	0.50947977403	-0.487835274731	0.193416104163	0.0193586447469	-0.0201015215165	0.223193122597	-0.0291712510747	0.204370360505	-3.26899912767	-24.3293508504	25.3728938954
7	4.64539831676	-0.158182181819	0.081119468217	1.06315191907	-0.103469096488	0.839132841279	0.106647763807	0.22070831484	0.249940489909	-0.0338847727409	-0.146956108518	-0.0384886582724	-0.0105215844228	0.317237145585	0.0446387351902	0.240393392566	0.0358843164333	0.0128160594331	0.342495210281	0.0169805256861	0.15480479872	39.6700647192	-14.0486803836	44.1469457939
8	2.15318264686	-2.25927047769	1.37557316853	4.55418342583	-4.13759576628	4.13502916073	-0.0517134623364	0.28142212441	-0.276467538814	0.0930412256992	0.263181958247	0.351458588153	-0.412092276858	-0.572197444391	-0.194567270449	0.684500078633	-0.0615088876945	-0.0337124423117	0.7403638175	-0.179046021583	0.447914796223	45.6667186751	29.2086664074	29.9718635203
9	3.17399381612	-0.129468544578	-0.309676615815	1.3187035709	-0.10474316242	2.59135369551	0.0411624215981	0.102820968337	0.0894828544857	-0.082826627852	-0.0106242399024	0.211810389595	0.161456688057	-1.04604753449	-0.0265029578024	0.223213172508	-0.0953736513556	-0.00290858929668	0.649187537782	0.026051672516	0.208710469793	53.0670639123	-15.4873733205	11.2567600753
10	2.54458091903	1.91935699332	1.76127383279	4.47623438567	3.10692886089	2.60430284545	-0.0925395882528	-0.0797585139916	-0.148275204393	0.388869458245	0.209181042326	-0.617658392837	-0.191789294788	0.476909803597	-0.126292385785	0.7952459925	0.000323562663303	-0.00838514625207	0.841119714033	0.214160967326	0.413646061792	46.8090838365	29.0222568291	25.7757798101
11	0.965511996995	0.890981976175	1.46084834227	1.90508822707	2.85529883276	2.02248088239	0.622398686054	0.146988932578	-0.146999303038	0.495583463029	-0.069550038113	-0.107389505781	2.09331450231	0.155451574436	-0.476723258986	0.946031190931	0.0722819910633	-0.137103251307	1.05738054022	0.0456083522452	0.397085263621	46.8121840415	23.4936415823	30.0516633022
12	0.203529185659	-0.0357550408748	-0.566413184865	0.0925815353953	-0.537933412218	5.05315269269	0.432056779692	-0.00809176928253	-0.319390401892	-0.196798337103	-0.100075272224	0.0841158205476	1.61947874924	-0.0150719758847	-0.29968815865	0.854420785834	0.0478380460049	-0.134753768828	0.985620072818	-0.0183581118068	0.455238773307	45.3656591962	23.4754367664	25.5054873678

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid -348 through 26 )	C	A	-348 - 26	1 - 375
2	2	chain 'C' and (resid 27 through 88 )	C	A	27 - 88	376 - 437
3	3	chain 'D' and (resid -348 through 26 )	D	C	-348 - 26	1 - 375
4	4	chain 'D' and (resid 27 through 88 )	D	C	27 - 88	376 - 437
5	5	chain 'G' and (resid -3 through 11 )	G	E	-3 - 11
6	6	chain 'H' and (resid -3 through 11 )	H	F	-3 - 11
7	7	chain 'A' and (resid -347 through 3 )	A	G	-347 - 3	1 - 351
8	8	chain 'A' and (resid 4 through 88 )	A	G	4 - 88	352 - 436
9	9	chain 'B' and (resid -347 through 4 )	B	I	-347 - 4	1 - 352
10	10	chain 'B' and (resid 5 through 88 )	B	I	5 - 88	353 - 436
11	11	chain 'E' and (resid -3 through 11 )	E	K	-3 - 11
12	12	chain 'F' and (resid -3 through 11 )	F	L	-3 - 11

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)