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Yorodumi- PDB-7vn8: Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7vn8 | |||||||||
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| Title | Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning GTCACGTGAC | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / Transcription factor-DNA complex | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationplant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / cell envelope / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space ...plant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / cell envelope / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Serratia sp. (bacteria)![]() synthetic construct (others) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.04 Å | |||||||||
Authors | Nosaki, S. / Tanokura, M. / Miyakawa, T. | |||||||||
| Funding support | Japan, 2items
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Citation | Journal: Nat.Plants / Year: 2022Title: Brassinosteroid-induced gene repression requires specific and tight promoter binding of BIL1/BZR1 via DNA shape readout. Authors: Nosaki, S. / Mitsuda, N. / Sakamoto, S. / Kusubayashi, K. / Yamagami, A. / Xu, Y. / Bui, T.B.C. / Terada, T. / Miura, K. / Nakano, T. / Tanokura, M. / Miyakawa, T. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7vn8.cif.gz | 851.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7vn8.ent.gz | 619.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7vn8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7vn8_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7vn8_full_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | |
| Data in XML | 7vn8_validation.xml.gz | 63.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 7vn8_validation.cif.gz | 87.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vn8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vn8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7vn2C ![]() 7vn3C ![]() 7vn4C ![]() 7vn5C ![]() 7vn6C ![]() 7vn7C ![]() 5zd4S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 48419.836 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The fused Maltose binding protein is derived from Escherichia coli O157:H7 Source: (gene. exp.) Serratia sp. (strain FS14) (bacteria), (gene. exp.) ![]() Strain: FS14 / Gene: malE, JW3994, BZR1, BIS2, At1g75080, F9E10_7 / Production host: ![]() #2: DNA chain | Mass: 4593.011 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.42 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NE3A / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 17, 2020 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.98→47.85 Å / Num. obs: 146131 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 34.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.9 |
| Reflection shell | Resolution: 1.98→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 7248 / CC1/2: 0.635 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5ZD4 Resolution: 2.04→37.01 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.119 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 47.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.04→37.01 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Serratia sp. (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Japan, 2items
Citation






PDBj




















































