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- PDB-7vn2: Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vn2
タイトルCrystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning ATCACGTGAT
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*A)-3')
  • Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / cell envelope / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space ...plant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / cell envelope / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
BZR family / BES1/BZR1 plant transcription factor, N-terminal / BES1/BZR1 plant transcription factor, N-terminal / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / DNA / DNA (> 10) / Maltodextrin-binding protein / Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia sp. (バクテリア)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Nosaki, S. / Tanokura, M. / Miyakawa, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17H05835, 19H04855, 19K23658, 21H02114 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101077 日本
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2022
タイトル: Brassinosteroid-induced gene repression requires specific and tight promoter binding of BIL1/BZR1 via DNA shape readout.
著者: Nosaki, S. / Mitsuda, N. / Sakamoto, S. / Kusubayashi, K. / Yamagami, A. / Xu, Y. / Bui, T.B.C. / Terada, T. / Miura, K. / Nakano, T. / Tanokura, M. / Miyakawa, T.
履歴
登録2021年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
G: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*A)-3')
A: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
E: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,95710
ポリマ－106,0244
非ポリマー9336
水77543
1
C: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
G: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子

C: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
G: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,95710
ポリマ－106,0244
非ポリマー9336
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area9820 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area41120 Å2
手法PISA
2
A: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
E: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1
E: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,95710
ポリマ－106,0244
非ポリマー9336
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area9020 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area42070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.596, 94.206, 102.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1 / Protein BIN2 SUBSTRATE 2


分子量: 48419.836 Da / 分子数: 2 / 変異: D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fused Maltose binding protein is derived from Escherichia coli O157:H7
由来: (組換発現) Serratia sp. (strain FS14) (バクテリア), (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: FS14 / 遺伝子: malE, JW3994, BZR1, BIS2, At1g75080, F9E10_7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LXE0, UniProt: Q8S307
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*A)-3')


分子量: 4592.022 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→45.11 Å / Num. obs: 39829 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 45.61 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.42→2.51 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4191 / CC1/2: 0.881

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZD4

5zd4


解像度: 2.42→35.87 Å / SU ML: 0.341 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.8134
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 1997 5.02 %
Rwork0.2228 37811 -
obs0.224 39808 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→35.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6796 610 62 43 7511
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01227698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.007710566
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08511153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00621263
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.98312878
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.480.3461340.30622734X-RAY DIFFRACTION99.9
2.48-2.550.34621360.29932711X-RAY DIFFRACTION99.79
2.55-2.620.31321660.28982722X-RAY DIFFRACTION99.93
2.62-2.710.28821690.27732634X-RAY DIFFRACTION99.86
2.71-2.80.30661500.27942698X-RAY DIFFRACTION99.75
2.8-2.920.29991310.29322751X-RAY DIFFRACTION99.9
2.92-3.050.29931660.28122680X-RAY DIFFRACTION99.72
3.05-3.210.31521560.26312686X-RAY DIFFRACTION99.68
3.21-3.410.29541280.24382716X-RAY DIFFRACTION99.41
3.41-3.670.25071330.24072702X-RAY DIFFRACTION98.75
3.67-4.040.24061290.20572723X-RAY DIFFRACTION98.75
4.04-4.630.19561250.17942688X-RAY DIFFRACTION97.88
4.63-5.820.19491410.17742677X-RAY DIFFRACTION97.64
5.82-35.870.18861330.16952689X-RAY DIFFRACTION95.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.968326581320.0528826347533-0.3494148440011.504947877630.4312306407193.807576474170.0319667828753-0.191766208057-0.3191657994810.0239794043403-0.006519548733310.01668685251180.07588061757820.190290757465-0.03031353237610.179046010498-0.02580982537550.0006947284372740.238313352910.04327055641510.375067309855-16.9450722596-13.7788490006-0.363048889368
22.275431499260.7607815220730.04684839073783.866525614530.7127328029132.20035816994-0.270273664399-0.05558173746220.9635154665330.02411287046350.1653733214280.0383731724448-0.3087078128770.2170931223340.1117943344970.3268980448940.0274100764956-0.07214896895450.233849056099-0.0008395431912980.6181524272841.4398157919337.6102908137-1.95181415453
34.433411426841.509952391661.233984741490.5136546074440.5520067827880.565185937908-0.5089922784340.611631117110.259445664167-0.04764158043750.3091324369-0.0351591442871-0.0122684386292-0.01449727693770.1618076023120.262999867048-0.0170801157481-0.00728285400140.2667475487530.05372105355480.4164017754332.0367528471724.5900881895-1.2405295448
42.13578900711-0.4922141840360.2908313623622.92936158158-0.06192846665413.06949087033-0.000799574319444-0.88564924950.17487524027-0.279114583939-0.1433879300610.3979369117380.0517701506538-1.210696128880.1680898565820.3275042185850.09634435014370.03378283203530.902903033165-0.2206491701920.4123235248093.5488319989212.255335435631.3393139187
51.97357681010.8440912184070.2073639439271.174319962141.346453722254.493704683870.0683577857856-1.234413596550.283531740240.254818686725-0.6406359811190.04872961411330.110821675023-1.134306381490.4112690348720.3260103716430.01751574363840.04552696636591.31185796858-0.305775717840.4339756078039.369642718415.318794174851.6237012563
61.463287308181.88104006114-0.6174127942474.061379311820.5578918301132.93698176637-0.1309635536020.301571503063-0.285951459818-0.1981827533780.280498420310.395139785723-0.1350446205320.0142877478886-0.1632930097330.4636567411970.0930110009793-0.1172175110950.757146627540.08048832968960.860933855145-7.16904249051-28.757624436750.3026309855
75.08803137167-2.293420724711.255033991691.00405866032-0.4428031253260.667937836443-0.3130574508190.1923056483250.918373147952-0.0102494510637-0.308288305416-0.137794364371-0.2818554378740.05448524104870.6136050923580.489260636086-0.0138781239509-0.07401578884841.321431177930.0708241726950.907349724065-7.829283632-23.338738564151.4813821151
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid -348 through 26 )CA-348 - 261 - 375
22chain 'C' and (resid 27 through 88 )CA27 - 88376 - 437
33chain 'G' and (resid -3 through 11 )GC-3 - 11
44chain 'A' and (resid -347 through -266 )AD-347 - -2661 - 82
55chain 'A' and (resid -265 through 3 )AD-265 - 383 - 351
66chain 'A' and (resid 4 through 88 )AD4 - 88352 - 436
77chain 'E' and (resid -3 through 11 )EF-3 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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