PDB-7vn3: Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vn3

タイトル

Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning CACACGTGTG

要素

DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')
Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription factor-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

plant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space / DNA-binding transcription factor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia sp. (バクテリア)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Nosaki, S. / Tanokura, M. / Miyakawa, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2022
タイトル: Brassinosteroid-induced gene repression requires specific and tight promoter binding of BIL1/BZR1 via DNA shape readout.
著者: Nosaki, S. / Mitsuda, N. / Sakamoto, S. / Kusubayashi, K. / Yamagami, A. / Xu, Y. / Bui, T.B.C. / Terada, T. / Miura, K. / Nakano, T. / Tanokura, M. / Miyakawa, T.

履歴

登録	2021年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb7vn3.ent.gz	629.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vn3_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vn3_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
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CIF形式データ	7vn3_validation.cif.gz	95 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vn3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vn3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vn2C 7vn4C 7vn5C 7vn6C 7vn7C 7vn8C 5zd4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
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グルカン分解酵素 (Glucansucrase)
類似性 (1)
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アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

D: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

G: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

H: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

A: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

B: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

E: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

214 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

D: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

G: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

H: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

B: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

E: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.656, 92.905, 111.935
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.333, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質

Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1 / Protein BIN2 SUBSTRATE 2

分子量: 48419.836 Da / 分子数: 4 / 変異: D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fused Maltose binding protein is derived from Escherichia coli O157:H7
由来: (組換発現)

Serratia sp. (strain FS14) (バクテリア), (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: FS14 / 遺伝子: malE, JW3994, BZR1, BIS2, At1g75080, F9E10_7 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LXE0, UniProt: Q8S307

#2: DNA鎖

DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

分子量: 4593.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→47.37 Å / Num. obs: 152181 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 34.02 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.94→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 7525 / CC_1/2: 0.77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	1.18_3855	データ削減
PHENIX	1.18_3855	精密化
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZD4

5zd4

解像度: 1.94→35.5 Å / SU ML: 0.2162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.8323
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2307	7618	5.01 %
R_work	0.2018	144466	-
obs	0.2032	152084	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→35.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13592	1220	120	458	15390

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052	15417
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6531	21164
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0468	2308
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	2532
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.1512	5769

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.96	0.3024	244	0.2725	4776	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.96-1.99	0.2716	254	0.2669	4804	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.99-2.01	0.2975	259	0.27	4848	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.01-2.03	0.3068	246	0.2688	4798	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.03-2.06	0.3138	277	0.2647	4832	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.06-2.09	0.2966	248	0.252	4770	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.09-2.12	0.3043	253	0.2532	4816	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.12-2.15	0.2733	243	0.241	4867	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.15-2.18	0.2904	264	0.2401	4783	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.18-2.22	0.2644	238	0.2295	4842	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.22-2.26	0.2693	251	0.2354	4825	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.26-2.3	0.2589	230	0.2294	4843	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.3-2.34	0.24	254	0.2303	4847	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.34-2.39	0.2417	255	0.225	4815	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.39-2.44	0.2414	254	0.2257	4809	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.44-2.5	0.269	260	0.2341	4832	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.5-2.56	0.2885	264	0.2343	4794	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.56-2.63	0.2479	273	0.2228	4830	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.63-2.71	0.2433	278	0.2193	4774	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.71-2.8	0.2439	252	0.229	4830	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.8-2.9	0.2721	264	0.2281	4813	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.9-3.01	0.2794	267	0.2336	4823	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.01-3.15	0.2701	234	0.2233	4791	X-RAY DIFFRACTION	98.88
3.15-3.32	0.2238	271	0.2147	4832	X-RAY DIFFRACTION	99.09
3.32-3.52	0.231	269	0.1956	4733	X-RAY DIFFRACTION	98.68
3.52-3.8	0.223	247	0.1896	4836	X-RAY DIFFRACTION	99.03
3.8-4.18	0.1939	236	0.1678	4824	X-RAY DIFFRACTION	98.6
4.18-4.78	0.1636	252	0.1502	4798	X-RAY DIFFRACTION	98.54
4.78-6.02	0.1833	243	0.1625	4831	X-RAY DIFFRACTION	98.24
6.02-35.5	0.1841	238	0.16	4850	X-RAY DIFFRACTION	96.6

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4127032227	-0.561087979939	-1.54702090631	2.76824894216	0.392949239701	2.84571664941	0.0844638817325	-0.384586088942	0.126018176387	0.052153980977	-0.0401296293163	0.0185786913124	-0.203736666302	0.224461877026	-0.0316876569523	0.300942368337	-0.0546642756461	0.0355634266985	0.227270033834	0.0210070445478	0.191896643298	-54.0231267266	14.0036686315	11.2994435446
2	3.53561440984	-1.37649861032	0.385719040127	3.25898585577	-0.251014117153	2.62302699912	0.0311417832013	-0.328676358108	-0.579209296068	0.487572406556	0.140369763013	-0.118999209709	0.890147923047	-0.214598052415	-0.121019100971	0.544338086621	-0.06510749749	-0.098763312396	0.200471972812	0.0196582359506	0.35658667715	-57.8333854777	-37.1045453666	28.0219494989
3	0.759245082695	0.238155105061	0.812308665533	1.67775554966	0.506967223407	2.84875587128	-0.338052280684	0.0658621778143	-0.0117976781575	0.640643580059	0.64276365003	-1.2697720205	-0.00297497850482	0.816268162594	-0.294370976397	0.712688720843	0.241860292916	-0.342935161854	1.11111131045	-0.527304048361	1.02279900387	-44.4125960463	13.0209988896	44.6962518988
4	2.11890793153	0.415370478754	-0.223550396172	3.52655590731	0.50840665291	2.57525061552	-0.143237818025	-0.020729600293	0.0661042270165	0.823124632911	0.501986649645	-0.306994564377	-0.295518632998	0.268413216814	-0.320810979584	0.561930189531	0.18764736047	-0.0542992122424	0.521248433119	-0.10695959646	0.273166831452	-65.6124782207	17.3014711801	44.7020995085
5	1.23870484713	0.107617362783	-0.428519059305	1.89705044186	-0.637193913504	1.33997150819	-0.298137963722	0.0216609988222	-0.134287333177	0.886821762255	0.561050416007	-0.42190650318	0.235854886681	0.177596319281	-0.260235195083	0.590998855653	0.27023975203	-0.0894158949334	0.557614132855	-0.144668807683	0.400302146291	-65.8383124412	3.36256067113	45.8616874124
6	2.67943270147	1.79376253928	0.546440615755	3.15629137355	1.01032813119	2.1984690532	0.0535180489209	0.161809349013	-0.40515255026	-0.0525641334786	0.159383738328	0.00550193387616	0.866120231932	-0.0918108365347	-0.171560574893	0.528648035162	-0.0471714900098	-0.1188969739	0.212089982694	0.036593292037	0.363568303664	-53.5922847629	-37.0743692253	25.8131728448
7	0.483693366639	0.11062107668	0.602885746513	3.20469830235	-2.67427012637	7.51067410504	0.327155112485	-0.120626099338	-0.0560859709031	0.522305947299	0.097066996438	0.0741324225093	0.553399763306	-0.909759955563	-0.390949456495	0.291528202216	-0.136353931525	-0.0247377620481	0.329346232755	0.0246813879236	0.280611276292	-57.4469450468	-24.0607297327	28.8500822493
8	1.30533857897	0.233062033963	0.0196444713377	3.17503051756	2.15934279126	2.9691748745	0.222413331148	-0.211546989846	-0.0501915563103	0.179902071842	0.119579779324	-0.310046196127	0.377884157807	0.176851065697	-0.251833178651	0.272984605288	-0.0135247287793	-0.0578475542963	0.230451449853	0.00928452574259	0.233737362572	-54.3200769093	-24.0645727748	25.0145413538
9	3.72811688273	0.271103333101	-0.900025556655	1.10038727604	-0.224539477074	1.56433063261	0.112535048826	-0.37539148122	0.0772849166983	0.107891699156	-0.141231269558	-0.0732845471577	-0.0194720002545	0.573202759145	0.0286664036382	0.260422937211	0.00394397630168	-0.0181671973406	0.41335144705	-0.00194933733643	0.146504689312	-11.6249020014	-13.5464124443	43.8385611606
10	1.23909913767	-1.32555450292	0.36658907631	6.40281972046	-5.21850826668	4.60973726187	-0.100426018968	0.156239847452	0.081613293994	0.266409320602	0.245756691869	0.188082336957	-0.515820021129	-0.772369574751	-0.1109609754	0.743348525614	-0.104543936969	-0.0712654530512	0.792081940196	-0.20934545721	0.392548378084	-5.60833470594	29.3300443209	29.9235157824
11	3.66482794149	-0.464229051574	-0.629416666558	1.32809808829	-0.276421728771	2.18386061449	-0.00946420716641	0.222717532667	0.0496670945937	-0.0798283310478	0.0575723129225	0.120013850519	0.022877216307	-0.49307463288	-0.0388526162946	0.234611593798	-0.0289860598737	-0.0109817840921	0.266998044586	0.0102378546572	0.155478557159	1.90829265785	-15.4592695719	11.0254783414
12	1.60758830827	2.24197550482	0.899834766988	6.99325334289	4.53059865682	3.20017335903	0.0707939995864	-0.135985820606	-0.070483277378	0.345426282696	0.153514632493	-0.440128680977	-0.278987695776	0.477015649029	-0.206513064118	0.810095193694	0.11289498546	-0.085266492826	0.74519963059	0.229670880334	0.472440605712	-4.48013547032	28.6882793386	25.6154437053
13	0.0464896935049	-0.165429763821	-0.551883019888	0.70529395206	2.33612884824	7.35898931538	0.0639042897449	-0.018105674357	-0.0950530330346	0.27331745154	0.19112491093	0.0849181069234	1.82459330316	0.0497089693916	-0.226603679793	0.881557813247	0.0552635278151	-0.0678915236965	0.982665782981	0.0498439863093	0.385899772764	-4.49062159885	23.4129787969	29.8958193804
14	0.0995835231217	0.288275763805	-0.810948846025	0.861496215031	-2.70382011388	8.52823984833	0.103922280165	-0.409930547082	-0.0745018308157	-0.0985107413002	0.27617825209	-0.0935780077668	2.0502041687	-0.0198380335352	-0.329107018138	0.879896324758	0.00283267523761	-0.0683105148433	0.927188238792	0.0370208260192	0.380635520074	-6.05564452836	23.3676104586	25.6853625621

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid -368 through 26 )	C	A	-368 - 26	1 - 376
2	2	chain 'C' and (resid 27 through 88 )	C	A	27 - 88	377 - 438
3	3	chain 'D' and (resid -367 through -263 )	D	C	-367 - -263	1 - 105
4	4	chain 'D' and (resid -262 through -54 )	D	C	-262 - -54	106 - 314
5	5	chain 'D' and (resid -53 through 26 )	D	C	-53 - 26	315 - 374
6	6	chain 'D' and (resid 27 through 88 )	D	C	27 - 88	375 - 436
7	7	chain 'G' and (resid -3 through 11 )	G	E	-3 - 11
8	8	chain 'H' and (resid -3 through 11 )	H	F	-3 - 11
9	9	chain 'A' and (resid -368 through -17 )	A	G	-368 - -17	1 - 353
10	10	chain 'A' and (resid -16 through 88 )	A	G	-16 - 88	354 - 438
11	11	chain 'B' and (resid -367 through -17 )	B	I	-367 - -17	1 - 351
12	12	chain 'B' and (resid -16 through 88 )	B	I	-16 - 88	352 - 436
13	13	chain 'E' and (resid -3 through 11 )	E	K	-3 - 11
14	14	chain 'F' and (resid -3 through 11 )	F	L	-3 - 11

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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