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- PDB-7vjq: Pectobacterium phage ZF40 apo-aca2 complexed with 26bp DNA substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vjq
タイトルPectobacterium phage ZF40 apo-aca2 complexed with 26bp DNA substrate
要素
  • (DNA (27-MER)) x 2
  • anti-CRISPR-associated protein Aca2
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / anti-crispr / Aca2 / anti-crispr-associated protein / crispr / repression / complex / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性Protein of unknown function DUF1870 / Domain of unknown function (DUF1870) / YdiL domain superfamily / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / metal ion binding / DNA / DNA (> 10) / DUF1870 family protein
機能・相同性情報
生物種Pectobacterium phage ZF40 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Liu, Y.H. / Zhang, L.S. / Wu, B.X. / Huang, H.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for anti-CRISPR repression mediated by bacterial operon proteins Aca1 and Aca2.
著者: Liu, Y. / Zhang, L. / Guo, M. / Chen, L. / Wu, B. / Huang, H.
履歴
登録2021年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2021年10月20日ID: 7CQA
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: anti-CRISPR-associated protein Aca2
B: anti-CRISPR-associated protein Aca2
C: DNA (27-MER)
D: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,79612
ポリマ－44,0964
非ポリマー7008
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8350 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.310, 168.473, 41.492
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-203-

CL

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 anti-CRISPR-associated protein Aca2


分子量: 13752.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium phage ZF40 (ファージ)
遺伝子: ZF40_0030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9C180

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8297.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8293.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 44分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 1.6M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→40 Å / Num. obs: 21080 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 44.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.91
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 1712 / CC1/2: 0.918

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000v705cデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CQ9

7cq9
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.79→38.48 Å / SU ML: 0.2025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.1706
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 841 4.79 %
Rwork0.1901 16716 -
obs0.1916 17557 79.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→38.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1922 1101 38 36 3097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00293229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54824598
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0326501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.9672806
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.79-2.970.34760.26521759X-RAY DIFFRACTION50.21
2.97-3.20.2951790.24712170X-RAY DIFFRACTION61.31
3.2-3.520.2341250.21012609X-RAY DIFFRACTION75.07
3.52-4.020.23221940.17953260X-RAY DIFFRACTION94.42
4.03-5.070.20592010.16783439X-RAY DIFFRACTION98.89
5.07-38.480.18491660.18113479X-RAY DIFFRACTION97.98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.060852957881.4293824094-0.3610487332518.579075398294.318659306363.32855569062-0.009012045413580.210492540490.398219167126-0.542862990666-0.01582202998030.279053335751-0.5634808406040.11796829721-0.2518380932550.202920524573-0.1589037434760.02388921179720.1165395315710.01380301422490.19911580465316.715255213514.2457442335-2.55319798443
21.738933432710.77521224389-0.3596915905771.77165581681-0.3392390433020.764234903428-0.06279236681640.1671308466150.1282910123170.009493770845770.00185951254616-0.103970114546-0.2242766540050.09113579022560.05085584393280.323258170996-0.242499792631-0.0695786038661-0.002660556297590.005003954488470.19244667319616.35721971736.91672281023-9.10261013901
32.910709490421.74416188282-2.932179865186.03687124209-5.11287128197.37197506801-0.2816785191540.0688381749827-0.3846161779580.2492641805770.00842408744631-0.2661872959641.093663171790.2777099711140.3090655111990.3094469166670.0723662055012-0.0007891014865270.10608103665-0.03228226436360.16882459043418.8806254677-10.2033658005-12.5522902593
40.4849081540320.0726809907648-0.4110000115640.659042727266-0.1862379921161.249879791270.0151503480056-0.0124190819869-0.1689137083460.226560133025-0.0706779526910.0718189638922-0.161863547247-0.06601716408120.009126068932660.2567931085560.0335683422825-0.01792631182970.05239710175410.02700719505210.23756460774813.5697261567-5.67612703761-7.94691722266
54.30805005394-1.981291052976.262290737020.939347822892-2.882219374249.1032928599-0.318995105683-0.61666303188-1.44891072880.299058337163-0.7511467496970.8406642858973.07193477786-1.94245457291.192240440280.823127112292-0.1467190334690.1358210786150.464159780548-0.08633510083440.56102841391913.1855001302-18.84361455285.71613254532
60.876995617923-0.5453958561860.4784175721651.2474691731-0.1355066187080.566962902362-0.144645310634-0.0578853688497-0.001477283835620.0616312277141-0.00665222793727-0.3579878910930.2592694299830.195686941151-0.2123004748250.3701259710510.252193518190.1138952149630.07597455139130.02185722893150.32763293308823.9663077185-9.96051100536.17139809855
74.88430718984-3.095095564680.8313132926922.56985826754-0.3766288418471.01318080489-0.304360533896-0.424512453615-0.3061665127690.6959334596860.3859378069750.1450448659150.279315652166-0.0736310664139-0.02949329618210.3234033469030.05434269300050.05034911547050.1361158150010.01756654919240.1203018307118.16150274069-2.4156058416210.9121042979
83.10585865470.918227990512.552242598892.2012437987-2.196440202626.60984530562-0.136796041978-0.485015252470.7532507424390.3973205607960.153199880274-0.135149160746-0.801417226755-0.8585660118680.1903342672370.602009989090.20270587994-0.06643584028770.287379526278-0.0658554566950.4830855580580.40808231734416.248145386.99142390296
98.31729774201-7.361730924274.624387466518.92531599881-3.068858947278.14872065901-0.923928786737-0.1551540150821.130523885180.4859609827170.343716175485-0.625168284293-0.781672156383-0.07390947118260.3272177457250.546056035134-0.0255372338837-0.088041620260.1754357402950.01703800074330.26678510355316.596764047713.62680023059.1794510953
101.35084728559-1.669967006813.170549041035.32668564016-1.408006333129.373547767070.6356062561420.2781881810320.827421897311-0.0158220833649-0.317141502599-0.767479901232-1.113156837050.653580042620.2850446308980.245939548002-0.00841048405220.1323725672810.1335905269050.019808608650.25906187343522.20456873110.339270791815.9929349082
111.295107122750.2884047143480.7079129085321.10731180476-0.5673217123821.725723513330.0375998631863-0.01557723552110.243453200461-0.129700010505-0.1034084300070.03489962673090.1325407367560.006490948786390.06613620950220.260967874211-0.04684782100920.002457776839790.06183308839110.004175288384010.19438624198213.69078083337.834721894498.24366116534
120.899805271596-0.7147743668020.5242665053350.7160424019290.06078206599561.82234256181-0.1433026518650.138841677395-1.75668358312-1.00828604199-0.272439842241-0.8678288592921.735373606090.852909066825-0.7063297736611.118881092550.1837481676290.2240105889460.4868199075130.130205842291.2318218104434.4049817638-25.85146195489.33610589355
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -3 through 12 )AA-3 - 121 - 16
22chain 'A' and (resid 13 through 74 )AA13 - 7417 - 78
33chain 'A' and (resid 75 through 88 )AA75 - 8879 - 92
44chain 'A' and (resid 89 through 116 )AA89 - 11693 - 120
55chain 'B' and (resid -3 through 2 )BB-3 - 21 - 6
66chain 'B' and (resid 3 through 43 )BB3 - 437 - 47
77chain 'B' and (resid 44 through 69 )BB44 - 6948 - 73
88chain 'B' and (resid 70 through 74 )BB70 - 7474 - 78
99chain 'B' and (resid 75 through 81 )BB75 - 8179 - 85
1010chain 'B' and (resid 82 through 87 )BB82 - 8786 - 91
1111chain 'B' and (resid 88 through 116 )BB88 - 11692 - 120
1212chain 'C' and (resid 1 through 10 )CC1 - 10
1313chain 'C' and (resid 11 through 27 )CC11 - 27
1414chain 'D' and (resid 1 through 5 )DD1 - 5
1515chain 'D' and (resid 6 through 15 )DD6 - 15
1616chain 'D' and (resid 16 through 25 )DD16 - 25
1717chain 'D' and (resid 26 through 27 )DD26 - 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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