PDB-7vjp: Selenomethionine-derived Pectobacterium phage ZF40 apo-Aca2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vjp

タイトル

Selenomethionine-derived Pectobacterium phage ZF40 apo-Aca2

要素

anti-CRISPR-associated protein Aca2

キーワード

TRANSCRIPTION / anti-crispr / Aca2 / anti-crispr-associated protein / crispr / repression

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pectobacterium phage ZF40 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.594 Å

データ登録者

Liu, Y.H. / Zhang, L.S. / Wu, B.X. / Huang, H.D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for anti-CRISPR repression mediated by bacterial operon proteins Aca1 and Aca2.
著者: Liu, Y. / Zhang, L. / Guo, M. / Chen, L. / Wu, B. / Huang, H.

履歴

登録	2021年9月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2021年10月20日	ID: 7CQ9
改定 1.0	2021年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vjp.cif.gz	116.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vjp.ent.gz	89.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vjp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/7vjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/7vjp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fa3C 7vjmC 7vjnC 7vjoC 7vjqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7b5j-d 5vgy-d 7vjo-d 2uwb-2 1s4k-d 6sbm-d 6rs5-d 5j4r-d 6oze-d 2uwa-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: anti-CRISPR-associated protein Aca2

B: anti-CRISPR-associated protein Aca2

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.650, 67.150, 42.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.920, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	anti-CRISPR-associated protein Aca2 分子量: 13986.978 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pectobacterium phage ZF40 (ファージ) 遺伝子: ZF40_0030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9C180
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Sodium Hepes pH 7.5, 2% PEG 400, 2.0M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→67.15 Å / Num. obs: 28345 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1.59→1.68 Å / Num. unique obs: 4100 / CC_1/2: 0.774

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.594→32.96 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.188	1365	4.82 %
R_work	0.152	26939	-
obs	0.1536	28304	99.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.01 Å² / B_iso mean: 19.6162 Å² / B_iso min: 5.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.594→32.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1889	0	10	272	2171
B_iso mean	-	-	33.94	31.55	-
残基数	-	-	-	-	238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1952
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.767	2646
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	287
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	344
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.568	1184

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.594-1.651	0.2241	148	0.1858	2670	100
1.651-1.7171	0.1983	149	0.1815	2657	99
1.7171-1.7952	0.2241	148	0.1782	2647	98
1.7952-1.8899	0.2079	114	0.1622	2722	99
1.8899-2.0083	0.1803	131	0.1649	2688	99
2.0083-2.1633	0.2032	148	0.1497	2650	99
2.1633-2.3809	0.1743	138	0.1425	2712	100
2.3809-2.7253	0.1822	135	0.1531	2703	99
2.7253-3.433	0.1839	137	0.1467	2713	99
3.433-32.96	0.1764	117	0.1408	2777	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9478	1.4306	-4.2955	3.1489	-1.558	3.223	0.2388	-0.0434	0.2355	0.2448	-0.022	0.1569	-0.5701	-0.3701	-0.2471	0.0973	0.0135	0.0042	0.1133	-0.0043	0.0899	-26.7338	48.3525	20.6467
2	4.1611	-4.278	-1.4799	7.5474	-0.7828	4.8636	0.0953	-0.4603	0.0649	0.318	-0.0776	-0.1488	-0.1367	-0.0018	-0.0146	0.0991	-0.0491	-0.0041	0.158	-0.0098	0.0725	-24.9075	43.3747	29.7478
3	2.2759	0.1432	0.8053	2.6656	-2.1887	2.1167	-0.0218	-0.1116	-0.0842	-0.0782	0.0453	0.1719	0.2381	-0.0413	-0.0284	0.1422	-0.0429	-0.0119	0.1295	0.0117	0.139	-28.2399	36.1066	20.9643
4	3.265	-0.5528	-3.1093	2.521	0.1978	3.0133	0.1903	-0.2083	-0.1107	0.2732	0.0739	-0.1251	0.9565	-0.2572	-0.2705	0.2382	-0.0529	-0.0559	0.1272	0.009	0.1351	-29.3715	40.1228	-0.868
5	2.4409	-0.7861	-0.4872	3.4792	3.5686	5.6186	0.2028	0.1682	0.0045	-0.2942	0.0372	-0.0332	-0.2666	-0.2737	-0.1384	0.1284	-0.0102	-0.0041	0.1011	0.0365	0.1053	-27.7684	51.3542	-0.9717
6	3.789	-0.4732	-0.4438	0.8462	-0.7465	1.7	0.3935	0.9495	0.6506	-0.0373	0.0472	0.1286	-0.3209	-0.4121	-0.1759	0.0414	0.1211	0.0938	0.3817	0.1488	0.235	-36.4129	54.0613	10.2188
7	6.3587	-1.2643	-6.1399	1.2276	0.2036	9.4782	0.1092	-0.0829	0.0881	-0.0658	0.0797	-0.0036	0.047	0.0683	-0.1487	0.07	-0.0027	-0.0302	0.0677	0.0027	0.0823	-25.3203	48.3705	7.9678
8	2.8948	-4.8243	-1.4555	8.0215	2.4706	7.0309	0.0655	0.351	-0.0107	-0.3356	-0.1871	0.0637	0.3508	0.0984	0.0277	0.1761	-0.0068	0.0231	0.1518	0.0086	0.1405	-21.6853	48.938	-2.555
9	1.9765	0.4053	0.045	4.0233	0.8116	2.5476	-0.03	0.0981	0.1007	-0.0882	0.0289	-0.1734	-0.1161	0.043	0.0126	0.0401	-0.0008	0.0047	0.0724	0.0071	0.0891	-13.501	58.6548	9.5069
10	3.9842	-2.7145	-0.249	8.0226	-0.4284	2.7422	0.071	0.075	0.4315	-0.3529	0.0124	-0.1999	-0.2855	0.0204	-0.0525	0.1479	-0.0003	0.0327	0.1066	0.002	0.1129	-9.5116	56.0068	2.9872
11	6.1411	-0.6795	3.6518	2.3898	2.7229	6.4914	0.1911	0.0256	-0.3919	-0.2062	0.0807	-0.2527	0.5211	-0.0531	-0.1411	0.2201	0.005	0.0375	0.1259	-0.0394	0.1857	-7.504	31.1926	6.307
12	3.8546	1.2379	0.8119	3.3861	-0.5315	2.9169	0.0484	0.0199	-0.3702	-0.042	-0.0013	-0.1189	0.2271	-0.0216	-0.0438	0.0557	0.0214	0.0051	0.0652	0.0014	0.0968	-9.1023	39.6929	16.7345
13	4.3569	0.4467	-0.2468	2.4933	0.2106	4.7057	0.0421	-0.3014	-0.4606	0.1043	-0.0665	-0.0912	0.4134	0.1059	0.0543	0.0726	0.0038	-0.0063	0.1007	0.027	0.1406	-20.6511	36.711	21.3767

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 13 through 23 )	B	13 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 24 through 37 )	B	24 - 37
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 38 through 58 )	B	38 - 58
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 59 through 69 )	B	59 - 69
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 70 through 81 )	B	70 - 81
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 82 through 93 )	B	82 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 94 through 109 )	B	94 - 109
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 110 through 116 )	B	110 - 116
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid -2 through 37 )	A	-2 - 37
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 38 through 58 )	A	38 - 58
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 59 through 74 )	A	59 - 74
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 75 through 116 )	A	75 - 116
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid -2 through 12 )	B	-2 - 12

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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