PDB-7aba: The structure of the Bottromycin biosynthetic protein SalCYP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aba

タイトル

The structure of the Bottromycin biosynthetic protein SalCYP

要素

(SalCYP) x 2

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Bottromycin / cytochrome / P450

機能・相同性

Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / HEME C

機能・相同性情報

生物種

Salinispora tropica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85002316788 Å

データ登録者

Adam, S. / Koehnke, J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Characterization of the Stereoselective P450 Enzyme BotCYP Enables the In Vitro Biosynthesis of the Bottromycin Core Scaffold.
著者: Adam, S. / Franz, L. / Milhim, M. / Bernhardt, R. / Kalinina, O.V. / Koehnke, J.

履歴

登録	2020年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7aba.cif.gz	571.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7aba.ent.gz	392.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7aba.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/7aba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/7aba	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7abbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vr2-d 4z2l-d 3j4s-d 3nhb-d 2rim-d 5x0v-2 4dni-d 6lqo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
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タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SalCYP

B: SalCYP

ヘテロ分子

91 kDa, 2 ポリマー
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1

A: SalCYP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SalCYP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.448, 97.403, 93.285
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.575, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	SalCYP 分子量: 44896.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salinispora tropica (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	SalCYP 分子量: 44896.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salinispora tropica (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1087 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.738 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.738 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→48.825 Å / Num. obs: 74132 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 28.7 % / B_iso Wilson estimate: 13.9747877323 Å² / R_merge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / R_merge(I) obs: 0.699 / Num. unique obs: 7163

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85002316788→48.8245361591 Å / SU ML: 0.15868485607 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3364675622 / 位相誤差: 16.9464273921
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.175735614349	3674	4.956893644 %
R_work	0.141481864079	70445	-
obs	0.143185800858	74119	99.6089235318 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.7389141152 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85002316788→48.8245361591 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6294	0	0	1087	7381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00519940387775	6487
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.778763506845	8871
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0459405566595	919
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00530337306021	1186
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.5619486509	3803

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85003-1.8744	0.246788183359	118	0.199024043739	2524	X-RAY DIFFRACTION	92.0236851271
1.8744-1.9	0.203974658039	118	0.169568259633	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.2925362575
1.9-1.9272	0.209268316834	131	0.160493017436	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.964838256
1.9272-1.956	0.204627150714	142	0.157910009932	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.8950314906
1.956-1.9865	0.196958744914	151	0.156424055981	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9865-2.0191	0.190609788493	122	0.150529977504	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.8963014172
2.0191-2.0539	0.240761886027	123	0.14389662003	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.9290276792
2.0539-2.0913	0.19926605775	146	0.142950053263	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.9649859944
2.0913-2.1315	0.179454196487	147	0.139715201454	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.9647763297
2.1315-2.175	0.176444012824	148	0.140904070343	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.8948106592
2.175-2.2223	0.154909451222	167	0.13716789472	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.9648999649
2.2223-2.274	0.172458736546	131	0.138483231276	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.8605299861
2.274-2.3308	0.170872421508	152	0.134666779098	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.9652052888
2.3308-2.3939	0.175886304351	134	0.132829934835	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3939-2.4643	0.189881971763	153	0.129617476284	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.9647390691
2.4643-2.5438	0.159522551166	141	0.132185660508	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.9653379549
2.5438-2.6347	0.161521038272	155	0.132882983195	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6347-2.7402	0.187407384636	158	0.134425187518	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.9650716032
2.7402-2.8649	0.180927664523	153	0.137916119114	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.9300454704
2.8649-3.016	0.15759138101	131	0.132712413729	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.016-3.2049	0.160317605878	128	0.133293373024	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2049-3.4523	0.162536127519	140	0.134972468249	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4523-3.7996	0.139961829314	146	0.128470593369	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.9653259362
3.7996-4.3491	0.141908043311	146	0.127360375082	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3491-5.4782	0.166762687195	145	0.134374609976	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.9655884377
5.4782-48.823	0.238404613132	148	0.196253535618	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.6255956433

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.898512935796	0.832591855648	0.851986719221	0.79532259909	0.37681755961	1.12140827436	-0.0919165936779	0.381831089635	-0.0279623418651	-0.154635146449	0.0181332726836	0.0723008740661	-0.105622959245	-0.124790931048	0.0508736277953	0.128933301221	0.0231986086843	-0.0106598324422	0.232826509314	-0.00844588977393	0.0971597348165	-21.3935641083	56.6483430809	47.3368240711
2	6.12965790478	0.512369471224	1.03266481174	4.80967618522	0.854187062269	5.74839878087	0.124128557203	0.140256207018	-0.187808930092	-0.0471217612988	-0.0179455387038	0.286842423765	0.351405121796	-0.232843190007	-0.00687772850716	0.0818902887546	0.00035111187075	-0.00567639925785	0.0515017166957	0.0167265417911	0.116438585744	-23.3121405159	44.9787588055	73.8322616554
3	0.79982814549	0.0672635661427	0.0382447986032	1.04353299282	0.0309719242873	0.695217587899	-0.0129070774303	-0.0330003557035	-0.112836882934	0.0217101924786	0.0237563140304	0.0357035805511	0.106314892539	0.00929060172378	-0.0050198397791	0.08445928355	0.00339755166848	-0.00304810645773	0.05238549336	0.0125425192845	0.0752059201336	-4.18394905891	43.7140306477	75.3866670719
4	1.47737294733	0.21667694421	0.431052076801	0.426079826861	0.114847539935	0.936030265315	-0.0371938297305	0.142181365652	0.0992859245423	-0.0332036848949	0.0076462367366	-0.0305781965368	-0.126189231155	0.0558247384633	0.0153667365591	0.0920383611816	-0.00800370185126	0.00243070285975	0.051335269678	0.0141636780312	0.0723803262479	-5.39775489082	61.6371056699	65.217938513
5	3.07753999498	-1.23591218943	-3.57420302944	2.40943564609	0.881356386585	4.30345385833	-0.681754782281	0.182347335107	-0.0324439650977	-0.102994415052	0.338888575074	-0.601356748683	0.157185627882	1.31695527305	0.300796514562	0.459933868848	0.012397831331	-0.0492441541627	0.838399550596	-0.108371114943	0.894791857419	-32.9755841628	42.9180710535	144.824771282
6	3.14163164125	-1.41820445067	-0.473175043951	2.44557793289	1.00393717705	4.42044459233	-0.0247622017863	-0.529024844529	0.112219508057	0.116159666647	0.030441406915	-0.0825149199985	0.0322984602175	-0.0732636542783	-0.0109657788934	0.0888261181326	-0.0268253664349	-0.00931850534839	0.185078834894	-0.00261897146741	0.0629093433225	-12.2403927034	49.5516303143	131.718793532
7	1.20274250113	0.122220242811	-0.246754273728	0.374686226437	-0.0886309230516	0.667092238552	0.037169797735	-0.0175309092733	0.110034084315	-0.017243282762	-0.0162057583824	0.0243200089714	-0.0288595837977	-0.0155431415492	-0.0233409719626	0.0758469086375	0.00483141895084	-0.00178537989364	0.0311552131015	-0.0106767392718	0.0704409570242	-8.25325965049	55.78487328	104.328168375
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10	1.74680573916	-0.609465743484	0.141493282176	1.66017467075	-0.319516037017	0.752352784038	0.00690324366628	-0.00973442765936	-0.0528515506237	-0.0325190359805	-0.0262155737936	-0.209192883969	0.0708351300086	0.060725613603	0.0175046479011	0.0735064516952	-0.00299461451563	0.019474151107	0.0445118491263	0.00206771916662	0.0498655608321	-1.27142441177	47.7059271535	107.985461222
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12	3.18547473133	-0.47086001375	-0.196941411833	0.622146154887	0.150251306365	0.816060739708	-0.00842434194315	-0.154409192338	-0.0280198637239	0.0326326762041	0.0108921937963	-0.0792791835996	0.049671020159	0.100867233553	-0.0132923816484	0.0845281152788	-0.00102100981536	0.00239046963092	0.0302140540918	0.0135892569702	0.0676447885868	3.30365761658	47.8182910842	109.414215104

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 88 through 111 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 112 through 265 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 266 through 400 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 20 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 21 through 60 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 61 through 162 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 163 through 193 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 194 through 233 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 234 through 290 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 291 through 344 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 345 through 400 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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