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Yorodumi- PDB-5x0v: Reduced form of regulatory domain of OxyR2 from Vibrio vulnificus -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5x0v | ||||||
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Title | Reduced form of regulatory domain of OxyR2 from Vibrio vulnificus | ||||||
Components | LysR family transcriptional regulator | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / LysR-type transcription regulator / LTTR / OxyR / H2O2 | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio vulnificus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Jo, I. / Ha, N.-C. | ||||||
Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2017 Title: The hydrogen peroxide hypersensitivity of OxyR2 in Vibrio vulnificus depends on conformational constraints Authors: Jo, I. / Kim, D. / Bang, Y.-J. / Ahn, J. / Choi, S.H. / Ha, N.-C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5x0v.cif.gz | 189.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5x0v.ent.gz | 151 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5x0v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5x0v_validation.pdf.gz | 452.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5x0v_full_validation.pdf.gz | 455.3 KB | Display | |
Data in XML | 5x0v_validation.xml.gz | 22.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5x0v_validation.cif.gz | 33.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/5x0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/5x0v | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24147.844 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 86-301 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio vulnificus (bacteria) / Strain: MO6-24/O / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A087I947 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CIT / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.2M ammonium citrate (pH 6.5), 14% (w/v) PEG 3350, 2mM TCEP (Tris(2-carboxyethyl)phosphine), 5mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 29, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 62093 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 18.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 2958 / Rpim(I) all: 0.164 / % possible all: 95.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.6→48.736 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / Phase error: 17.74
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→48.736 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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