+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5x0q | ||||||
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Title | OxyR2 E204G variant (Cl-bound) from Vibrio vulnificus | ||||||
Components | LysR family transcriptional regulator | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / LysR-type transcription regulator / LTTR / OxyR / H2O2 | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio vulnificus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.55 Å | ||||||
Authors | Jo, I. / Ha, N.-C. | ||||||
Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2017 Title: The hydrogen peroxide hypersensitivity of OxyR2 in Vibrio vulnificus depends on conformational constraints Authors: Jo, I. / Kim, D. / Bang, Y.-J. / Ahn, J. / Choi, S.H. / Ha, N.-C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5x0q.cif.gz | 195.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5x0q.ent.gz | 154.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5x0q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/5x0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/5x0q | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5b70C 5b7dSC 5x0vC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24075.781 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 86-301 / Mutation: E204G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio vulnificus (bacteria) / Strain: MO6-24/O / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A087I947 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CIT / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.2M ammonium citrate (pH 6.5), 14% PEG 3350, 2mM TCEP (Tris(2carboxyethyl)phosphine), 5mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 1.0082 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 8, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0082 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.55→50 Å / Num. obs: 69247 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 19.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.58 Å / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / Num. unique all: 3289 / Rpim(I) all: 0.163 / % possible all: 96 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5B7D Resolution: 1.55→19.868 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / Phase error: 16.92
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→19.868 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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