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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aba | ||||||
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タイトル | The structure of the Bottromycin biosynthetic protein SalCYP | ||||||
要素 | (SalCYP) x 2 | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Bottromycin / cytochrome (シトクロム) / P450 (シトクロムP450) | ||||||
機能・相同性 | HEME C 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Salinispora tropica (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85002316788 Å | ||||||
データ登録者 | Adam, S. / Koehnke, J. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020 タイトル: Characterization of the Stereoselective P450 Enzyme BotCYP Enables the In Vitro Biosynthesis of the Bottromycin Core Scaffold. 著者: Adam, S. / Franz, L. / Milhim, M. / Bernhardt, R. / Kalinina, O.V. / Koehnke, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7aba.cif.gz | 567.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7aba.ent.gz | 403.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7aba.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/7aba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/7aba | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44896.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salinispora tropica (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 44896.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salinispora tropica (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Calcium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.738 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.738 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→48.825 Å / Num. obs: 74132 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 28.7 % / Biso Wilson estimate: 13.9747877323 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.699 / Num. unique obs: 7163 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85002316788→48.8245361591 Å / SU ML: 0.15868485607 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3364675622 / 位相誤差: 16.9464273921 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.7389141152 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85002316788→48.8245361591 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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