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- PDB-7vjl: The crystal structure of FGFR4 kinase domain in complex with N-(5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vjl
タイトルThe crystal structure of FGFR4 kinase domain in complex with N-(5-cyano-4-((2-methoxyethyl)amino)pyridin-2-yl)-7-(2,2,2-trifluoroacetyl)-3,4-dihydro-1,8-naphthyridine-1(2H)-carboxamide
要素Fibroblast growth factor receptor 4
キーワードTRANSFERASE / fgfr4 / Transferase Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of catalytic activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / fibroblast growth factor receptor activity / positive regulation of DNA biosynthetic process ...FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of catalytic activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / fibroblast growth factor receptor activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / PI-3K cascade:FGFR4 / fibroblast growth factor binding / positive regulation of proteolysis / regulation of lipid metabolic process / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / transport vesicle / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cholesterol homeostasis / Negative regulation of FGFR4 signaling / receptor protein-tyrosine kinase / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / glucose homeostasis / heparin binding / protein autophosphorylation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / endosome / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7IF / Fibroblast growth factor receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.90017299719 Å
データ登録者Zhang, Z.M. / Wang, Y.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Characterization of an aromatic trifluoromethyl ketone as a new warhead for covalently reversible kinase inhibitor design.
著者: Zhang, Z. / Wang, Y. / Chen, X. / Song, X. / Tu, Z. / Chen, Y. / Zhang, Z. / Ding, K.
履歴
登録2021年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年5月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_refine_tls / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_ls_restr / refine_ls_shell / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
解説: Ligand geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 4
B: Fibroblast growth factor receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5094
ポリマ－67,6042
非ポリマー9052
水00
1
A: Fibroblast growth factor receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2542
ポリマ－33,8021
非ポリマー4521
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fibroblast growth factor receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2542
ポリマ－33,8021
非ポリマー4521
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.37, 66.785, 184.174
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 4 / FGFR-4


分子量: 33802.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR4, JTK2, TKF / 発現宿主: Escherichia alba (バクテリア) / 参照: UniProt: P22455, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-7IF / N-[5-(aminomethyl)-4-(2-methoxyethylamino)pyridin-2-yl]-7-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethanoyl]-3,4-dihydro-2H-1,8-naphthyridine-1-carboxamide


分子量: 452.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23F3N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.5m NH4H2PO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 0.97869 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 15232 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 47.6659209837 Å2 / CC1/2: 0.915 / Net I/σ(I): 10.14
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Num. unique obs: 1491 / CC1/2: 0.779

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JPJ

6jpj


解像度: 2.90017299719→37.9076086709 Å / SU ML: 0.371544085451 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37094337122 / 位相誤差: 25.8333953848
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273007589253 1509 10.0046409865 %
Rwork0.204653382216 13574 -
obs0.211575321392 15083 98.8530606895 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.90497332 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.90017299719→37.9076086709 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4122 0 64 0 4186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002996659532344290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7852041655685827
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721141260256637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00333753016453746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.18695767631581
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9002-2.99370.3266912039231360.2740782530561218X-RAY DIFFRACTION99.3396918562
2.9937-3.10070.3338528122081330.2395953735751204X-RAY DIFFRACTION99.5532390171
3.1007-3.22480.3049770522951360.2313057001521219X-RAY DIFFRACTION99.9262536873
3.2248-3.37150.2519149156251360.222140033311225X-RAY DIFFRACTION99.780058651
3.3715-3.54910.3251942134721370.1969683717491237X-RAY DIFFRACTION99.3492407809
3.5491-3.77130.2698286950191360.1935031841591214X-RAY DIFFRACTION98.6842105263
3.7713-4.06210.2539590403031370.1852687475491239X-RAY DIFFRACTION99.7101449275
4.0621-4.47030.2217108622921370.1668794305821243X-RAY DIFFRACTION99.1379310345
4.4703-5.11590.2387473262451370.1797902756331224X-RAY DIFFRACTION98.9098837209
5.1159-6.44030.2830540017261390.2122898127161249X-RAY DIFFRACTION97.9534227241
6.4403-100.2880512716671450.2259327670821302X-RAY DIFFRACTION95.5746367239
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.559013452081.34019344683-0.0369480395965.969807195930.3617028409283.773526218-0.04252992385660.6592847261520.291997775976-0.6648680011510.1458455208390.467656222848-0.527118028619-0.184631133987-0.106795916260.640260246492-0.0670042115733-0.03796735718020.4864689762650.1082550495750.3349780842781.57583179371-3.41251387738-39.0117968318
23.754737801880.430039057127-0.5114063149593.19658762822-1.685883647846.00808831838-0.006554637045030.212359515172-0.0522758076157-0.7636715067040.1538964621230.634144367587-0.105328423014-0.308286029483-0.1387819048250.370110883783-0.0364615628371-0.03418434085910.274924014625-0.04082087149290.3009218315647.34386461117-12.3070500865-25.3469676951
31.482413053820.5712491902270.6610388866075.24567626761.720224470654.775339047840.155565780828-0.1656775420270.1059806564010.232880046702-0.0598777506201-0.03239796373460.007905225054430.00485065090442-0.102613998110.199921076134-0.008573602175090.03158158886260.23485512565-0.004503768854080.23492007840912.3731517179-10.4153897615-8.3782249295
44.530450354370.736131042072-0.8852973895785.19070815130.5044278186145.80847062313-0.1308222255520.12390974522-0.1303614788490.04482301549520.166321372307-0.3782457436480.4471022709990.269950290566-0.002148684974350.2553218496330.00602165779638-0.007752263773880.19121156736-0.02325955074420.2521922650136.111507483418.6596609795-2.20039039466
55.06794732689-4.65484093066-5.947448156654.350593880485.129190825448.30678163943-0.571716377623-0.575127080424-1.256579579510.1700777569660.1076448823410.07643414049141.112082264430.4614741074390.4616745740370.3005365754950.05062282901870.1307783707260.249232196595-0.01365021387240.45094307031440.384357881713.0483179897-8.94737170855
63.07842099043-0.9608960497322.021610334521.90293149896-0.9011987410422.54358983930.0324750031078-0.121641307076-0.15350169393-0.1928077701390.0432946653310.05429051037250.158591658135-0.0879006635711-0.02488292729670.238489058988-0.01107880791070.02162374990750.166800457702-0.07713797058480.15343237802831.897744749623.5092902961-17.2802842241
71.920994737790.4693684753722.475494706626.124710594662.713631690463.90913186956-0.3216865622040.138934920628-0.439844350774-0.6973306874120.426033643819-0.729361894030.01014112011130.391659672335-0.2260284038570.4272981305770.0367151375087-0.01761576634930.213577311494-0.0177167924820.31082360401731.909800173125.1369499369-21.8425126936
85.193613298271.92975921882-0.8556718808652.861767509730.755201965173.7970814125-0.3868181229060.876395402248-0.0147109855734-0.7196809771210.538223433214-0.2465383894880.176209314950.142697821434-0.2047663692820.8665982474820.1081018967560.01065549658330.484403056583-0.04496900025460.31732205708429.887917394527.9341129487-39.5619697404
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 454 through 527 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 528 through 625 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 626 through 753 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 453 through 496 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 497 through 510 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 511 through 605 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 606 through 652 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 653 through 735 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 736 through 753 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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